Proteomika
Ezaugarriak
●Proteomika kualitatiboa: LC-MS/MS erabiltzen du lagin konplexuetan proteinen konposizioa identifikatzeko (SDS-PAGE gel tirak, IP, Co-IP, Pull-down). Abantailak: Lagin kopuru mugarik ez, detekzio azkarra, lagin prozesamendu erraza, errendimendu handia eta ugaritasun txikiko proteinak detektatzeko gaitasuna.
● Etiketarik gabeko Proteomika Kuantitatiborik Gabekoa: Lagin indibidualen detekzioarekin markatu gabeko teknologia. Proteinak kuantifikatzen ditu masa-espektrometriako datuetan peptidoen seinaleen intentsitateak alderatuz. Abantailak: Funtzionamendu sinplea, errendimendu handia (lagin kopuru mugarik gabe) eta aplikazio zabala (espezieen arteko "presentzia/absentzia" proteinen konparazio diferentzialerako egokia).
● DIA Proteomika Kuantitatiboa: Datuekiko independentea den eskuratze (DIA) modua erabiltzen du, ioi guztiak leiho segmentatuetan eskaneatuz ioien informazio osoa jasotzeko. Abantailak: Errepikagarritasun hobea, proteina-estaldura handiagoa eta kuantifikazio zehatzagoa DDA modua baino (TMT/Label Free), lagin handiko ikerketetarako aproposa.
● 4D-Etiketarik Gabeko Proteomika Kuantitatiboa/4D-DIA Proteomika Kuantitatiboa: Bruker timsTOF masa-espektrometroan oinarrituta, ioien mugikortasuna (talka-zeharkako sekzioa) gehituz 3D bereizketa tradizionalari. Abantailak: Ioien erabilera eta zehaztasun hobetua, estaldura-sakoneraren, sentikortasunaren eta errendimenduaren hobekuntza integrala; identifikazio-sakonera handiagoa 3D metodo tradizionala baino.
● Astral Label Free Quantitative Proteomics/Astral DIA Quantitative Proteomics: Orbitrap™ Astral™ bereizmen handiko masa-espektrometroan oinarrituta. Abantailak: Errendimendu handiagoa (100+ lagin/eguneko 8 minutuko gradientearekin), estaldura sakonagoa (8.000+ proteina detektatuak Hela zeluletan 8 minututan) eta sentikortasun handiagoa (lagin gutxiago behar da).
● TMT Proteomika Kuantitatiboa: 18 isotopo-etiketa erabiltzen ditu peptidoak etiketatzeko, 18 lagin aldi berean detektatzeko. Abantailak: Egonkortasun handia (tresnaren egonkortasun-interferentzia minimoa, sistemaren errore txikia) eta sentikortasun handia (frakzionatzeak laginaren konplexutasuna murrizten du, ugaritasun txikiko proteinen detekzioa hobetuz).
● PRM Targeted Proteomics: Bereizmen handiko teknologia zuzendua proteina/peptidoen detekzio selektiborako. Abantailak: Kuantifikazio erlatiboa/absolutua eta proteomika kuantitatiboen egiaztapena ahalbidetzen du; antigorputz murrizketarik ez, Western Blot eta ELISA baino aplikazio zabalagoa.
Abantailak
● Ekipamendu aurreratua: Proteomika plataforma konbentzionalak eta sakonera handiko masa-espektrometro aurreratuak (adibidez, 4D, Astral) hornituta.
● Detekzio egonkorra: Kalitate-kontroleko sistemek proba-prozesu koherente eta egonkorrak bermatzen dituzte.
● Emaitza fidagarriak: Aldibereko analisi kualitatibo eta kuantitatiboak adierazpen erlatiboa, pisu molekularra, ugaritasuna eta beste datu gako batzuk ematen ditu talde bakoitzerako.
● Automatizazio Handia: LC-MS sistema automatizatuek analisi azkarra eta bereizketa-errendimendu bikaina ahalbidetzen dute.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Proteomika Teknika Ez-Zuzendatuen Konparaketa | ||||
| Etiketarik gabe | DIA | TMT | ||
| Etiketatzea | NO | NO | BAI | |
| Datuak eskaneatzeko modua | DDA | DDA | DIA | DDA |
| Erreproduzigarritasuna | Beheko | Altua | Altua | |
| Sentikortasuna | Beheko | Altua | Altua | |
| Multiplexazioa | NO | BAI | NO | BAI |
| Aplikazioa | Proteinen presentzia/gabezia alderatzea | Eskala handiko laginak | Lagin multzo desberdinen analisia | Proteinen adierazpen diferentziala alderatzea espezie eta ehun berean |
| Zehaztasuna | ★ | ★★(4D/Astral DlA ★★★) | ★★ | |
| Detekzio kopurua | ★ | ★★(4D/Astral D|A★★★) | ★★ | |
Laginaren eskakizunak
Zure laginen irizpideak betetzen dituzten ala ez galdetzen ari zara? Egin klik hemen gure informazioa lortzeko.azken lagin-eskakizunak.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Lagin Bilketa
Proteinen erauzketa
Digestio entzimatikoa
Banantzea
Datuen eskurapena
Datuen analisia
Datuen bidalketa
Proteomika kualitatiboa
1. Proteina-soluzioa/gela: emaitza kualitatiboak taula
2. Datu-baseko bilaketaren emaitzak
2.1 Datu-baseko bilaketan bat datozen peptido segmentuen zerrenda
2.2 Datu-baseko bilaketan bat datozen proteinen zerrenda
2.3 Datu-baseko bilaketan bat datozen aldaketen zerrenda (fosforilazioa, ubikitinazioa, etab.)
3. Datu gordinak
Proteomika kuantitatiboa(Etiketarik gabekoa/DIA/TMT)
1. Datuen aurreprozesamendua
1.1 Proteinen datu-basearen bilaketa
2. Proteinen adierazpenaren azterketa
2.1 Osagai Nagusien Analisia (PCA)
2.2 Desbideratze Estandar Erlatiboa (DSE)
2.3 K-batez bestekoen joera banaketa
2.4 Erreproduzigarritasunaren ebaluazioa
2.5 Proteinen Adierazpenaren Bero-mapa
3. Funtzio-anotazioa
3.1 GO Funtzioen Oharpena
3.2 KEGG funtzio-anotazioa
3.3 COG funtzio-anotazioa
3.4 GOslim Funtzioen Oharpena
3.5 Pfam Proteinen Egitura Domeinuaren Oharrak
4. Proteinen analisi diferentziala (erreplika biologikoak ≥ 3)
4.1 Proteinen analisi diferentzialaren emaitzak
4.2 Proteinen tolestura desberdinen (FC) banaketa
4.3 Proteina-kantitate diferentzialaren analisi estatistikoa
4.4 Proteina-sumendi diferentzialaren grafikoa
4.5 Proteina Diferentzialaren Multzokatze Bero-mapa
4.6 GO Proteinaren Funtzionaltasun Diferentzialaren Anotazioa eta Aberastearen Analisia
4.7 Proteinen KEGG funtzio-anotazio eta aberaste diferentzialaren analisia
4.8 Proteina diferentzialaren COG funtzio-anotazioa
4.9 GOslim Proteinen Anotazio eta Aberaste Diferentzialaren Analisia
4.10 Proteinen Egitura Diferentzialaren Domeinuen Oharrak eta Aberaste Azterketa
5. Proteina Sareen Elkarrekintza Azterketa
6. Proteinen erreaktomaren bidearen oharra
7. Seinale peptidoen iragarpena
8. Proteinen lokalizazio subzelularra
Proteomika kuantitatiboa(PRM)
1. PRM Proteinen Kuantifikazio Emaitzak
1.1 Kuantifikazio-emaitzen ikuspegi orokorra
1.2 Peptido segmentuen zatiki-ioien gailur-eremuen banaketa
Proteomika kuantitatiboa
1.Proteinen Adierazpenaren Azterketa
↑Osagai Nagusien Analisia (PCA)↑Desbideratze Estandar Erlatiboa (DSE)
↑K-batez bestekoen joera banaketa ↑KorrelazioaAanalisiaPproteinaEespresioaLmailak
↑ Proteinen Adierazpenaren Bero-mapa
2. Funtzio-anotazioa
↑GO Funtzioen Oharpena↑KEGG Funtzioen Oharpena
↑ COG Funtzio-anotazioa ↑ GOslim Funtzio-anotazioa
↑ Pfam Proteinen Egitura Domeinuaren Oharrak
3.Proteina Sarearen Elkarrekintza Azterketa
↑ Proteina Sareen Elkarrekintza Azterketa
4.Seinale Peptidoen Iragarpena
↑ Seinale peptidoen iragarpena
5. Proteinen lokalizazio subzelularra
↑Proteinen azpizelula lokalizazioa
| 2025 | Zelula ama mesenkimaletatik eratorritako besikula apoptotikoek hipersentikortasun-erantzunak hobetzen dituzte Kaltzio gehiegizko kargarekin eta mitokondrioen disfuntzioarekin CD8+ T zelulen apoptosia eragitearen bidez | Zientzia Aurreratua |
| 2024 | Integrazio anitzeko omikak tumoreen aurkako eraginkortasun hobetua erakusten du | Onkologia Translazionala |
| 2024 | Multi-omika analisiak metabolismo bideen ezaugarri bereizgarriak agerian uzten ditu Kalabaza erraldoiaren fruituaren tamaina eta kolore aldakuntza | Nazioarteko J. Mol. Zientzia. |
| 2024 | Transkriptomaren eta metabolomaren profilak erabilerarik gabeko gihar-atrofiari buruzko ikuspegi berriak eskaintzen ditu Oilaskoan: Gihar-zuntz azkarren potentzialki eginkizuna | Nazioarteko J. Mol. Zientzia. |
| 2023 | Analisi multiomikak tetraziklinak zereal-grasaren sustraien hazkuntzan duen eragina agerian uzten du. | Material arriskutsuen aldizkaria |
