Errepresentazio Murriztuko Bisulfito Sekuentziazioa (RRBS)
Errepresentazio murriztuko bisulfito sekuentziazioa (RRBS) CpG uharteetan aberatsak diren eskualdeen aberastasunean oinarritzen da MspI ebakiduraren bidez, eta ondoren 200-500/600 bps zatien tamaina hautatzea. Ondorioz, CpG uharteetatik hurbil dauden eskualdeak bakarrik sekuentziatzen dira, eta urruneko CpG uharteak dituztenak analisietatik kanpo uzten dira. Prozesu honek, bisulfito sekuentziazioarekin konbinatuta, DNA metilazioa bereizmen handiko detekzioa ahalbidetzen du, eta sekuentziazio-metodoak, PE150-k, txertatzeen muturretan zentratzen da erdialdean baino gehiago, metilazio-profilaketaren eraginkortasuna handituz.
Teknika hau DNA metilazio ikerketan Genoma Osoko Bisulfito Sekuentziazioaren (WGBS) alternatiba kostu-eraginkor eta eraginkor gisa agertu da. WGBS-k informazio zabala eskaintzen duen arren genoma osoa base bakarreko bereizmenean aztertuz, bere kostu handia faktore mugatzailea izan daiteke, eta RRBS-k estrategikoki arintzen du erronka hori genomaren zati adierazgarri bat selektiboki aztertuz. Metodologia hau tresna baliotsua da, DNA metilazio ikerketa kostu-eraginkorra ahalbidetzen duena eta mekanismo epigenetikoen ezagutza aurreratzen duena.
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● Sekuentziazioa Illumina NovaSeq-en.
● Erreferentziazko genoma bat behar du.
● Lambda DNA bisulfitoaren bihurketa-eraginkortasuna kontrolatzeko erabiltzen da.
● MspI digestio-eraginkortasuna ere kontrolatzen da.
● Landare-laginetarako entzima bikoitzeko digestioa.
Zerbitzuaren abantailak
●WGBSren alternatiba kostu-eraginkorra eta eraginkorra: Analisia kostu txikiagoan eta lagin-behar txikiagoak erabiliz egitea ahalbidetzen du.
●Plataforma osoa:Laginen prozesamendutik, liburutegien eraikuntzatik eta sekuentziaziotik hasi eta bioinformatika analisietaraino zerbitzu bikaina eskaintzen dugu.
●Esperientzia zabalaEspezie sorta zabal batean arrakasta dugu. BMKGENEk hamarkada bat baino gehiagoko esperientzia, analisi talde oso trebea, eduki osoa eta salmenta osteko laguntza bikaina eskaintzen ditu.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Liburutegia | Sekuentziazio Estrategia | Gomendatutako datu-irteera | Kalitate kontrola |
| MspI digeritutako eta bisulfitoz tratatutako liburutegia | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ %85 Bisulfitoaren bihurketa > % 99 MspI ebaketa-eraginkortasuna % 95 baino gehiago |
Laginaren eskakizunak
| Kontzentrazioa (ng/µL) | Kopuru osoa (µg) |
| |
| DNA genomikoa | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradazio edo kutsadura mugatua |
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
BI analisiak honako hauek barne hartzen ditu:
● Sekuentziazio gordinaren kalitate-kontrola;
● Erreferentziazko genomaren mapaketa;
● 5mC-ko base metilatuen detekzioa eta motiboen identifikazioa;
● Metilazioaren banaketaren azterketa eta laginen konparaketa;
● Eskualde Diferentzialki Metilatuen (DMR) azterketa;
● DMR-ekin lotutako geneen anotazio funtzionala.
Kalitate-kontrola: digestio-eraginkortasuna (genomaren mapaketan)
Kalitate-kontrola: bisulfitoaren bihurketa (metilazio-informazioaren erauzketan)
Metilazio mapa: 5mC metilazio banaketa genoma osoan
Laginaren konparaketa: Osagai Nagusien Analisia
Eskualde Diferentzialki Metilatuen (DMR) analisia: bero-mapa
Arakatu BMKGene-ren genoma osoko bisulfito sekuentziazio zerbitzuek erraztutako ikerketa aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Li, Z. et al. (2022) 'Leydig itxurako zeluletan fideltasun handiko birprogramazioa CRISPR aktibazioaren eta faktore parakrinoen bidez',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Txinako biki monozigotikoen gorputz-konposizioaren DNA metilazio-analisi genoma osoan',Ikerketa Klinikoen Europako Aldizkaria, 53(11), or. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNAren metilazioa eta gerri-aldaka erlazioa: epigenoma osoko asoziazio-azterketa txinatar biki monozigotikoetan',Endokrinologia Ikerketaren Aldizkaria, 45(12), 2365–2376 or. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
