Errepresentazio murriztuko bisulfitoen sekuentziazioa (RRBS)
Zerbitzuaren zehaztapenak
Plataforma: NovaSeq plataforma, PE150
Liburutegi mota: 200-400bp txertatu bisulfito tratatutako DNA liburutegia
Sekuentziazio estrategia: Paired-End 150 bp
Gomendatu datuen irteera: 10 Gb datu gordina/lagina
Lagin-baldintzak
DNA kantitatea: ≥ 2ug
DNAren kontzentrazioa: ≥ 20ng/μl.
Garbitasuna: OD260/280 = 1,8 eta 2,0 degradaziorik edo RNA kutsatu gabe
Bioinformatikako analisia
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
a.Erreferentzia genomaren lerrokatze-estatistikak
Maparen irakurketen estatistikak
SC gunearen sekuentziazioaren sakoneraren eta estalduraren tatistika
Ametatutako estaldura
Dlagin bakoitzaren igestio-eraginkortasuna
b.Metilazio-guneak hautematea
C guneko metilazio-mailen zerrenda
BS bihurketa
Mzitosina etilatua
Metilazio mailaren banaketa
c.Metilazio mapa
Genoma zabala
Genoma elementua
d.Laginen arteko metilazio-mailen konparaketa
Pairwise CG metilazioaren korrelazioa
PCA-CG metilazioa
CCG metilazioa distira
d.Diferentzialki metilazio-analisia
SDMRren estatistika
DMR luzera banaketa
Hmapa jan
DMR banaketa xede den eskualdean
