RNA Txikien Sekuentziazioa-Illumina
Ezaugarriak
● Tamaina hautatzeko liburutegiaren prestaketa.
● miRNAren iragarpenean eta jomugetan oinarritutako analisi bioinformatikoa.
Zerbitzuaren abantailak
●Esperientzia zabala300 lagin baino gehiago prozesatu ditugu, lagin mota askotarikoak barne. Esperientzia aberastasuna ekartzen diogu proiektu bakoitzari.
●Kalitate Kontrol ZorrotzaOinarrizko kontrol puntuak ezartzen ditugu etapa guztietan, laginen prestaketatik hasi eta liburutegiaren prestaketara, sekuentziaziora eta bioinformatikara arte. Gure jarraipen zorrotzak kalitate handiko emaitzak etengabe lortzen direla bermatzen du.
●Bioinformatika analisi integrala:miRNA ezagunak zein berriak identifikatzea, miRNA jomugak identifikatzea eta dagokion anotazio funtzionala eta hainbat datu-baserekin (KEGG, GO) aberastea ahalbidetzen du.
●Salmenta osteko laguntzaBadakigu zein garrantzitsua den bertan egotea, horregatik gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzuarekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.
Laginaren eskakizunak eta entrega
| Liburutegia | Plataforma | Gomendatutako datuak | Datuen Kalitate Kontrola |
| Hautatutako tamaina | Illumina SE50 | 10M-20M irakurketa | Q30≥85% |
Laginaren eskakizunak:
Nukleotidoak:
| Kontzentrazioa (ng/μl) | Kopurua (μg) | Garbitasuna | Osotasuna |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Proteina edo DNA kutsadura mugatua edo batere ez da agertzen gelean. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; oinarrizko kota mugatua edo batere ez |
● Landareak:
Sustraia, zurtoina edo petaloa: 450 mg
Hostoa edo hazia: 300 mg
Fruta: 1,2 g
● Animalia:
Bihotza edo hestea: 450 mg
Erraiak edo garuna: 240 mg
Muskulu-masa: 600 mg
Hezurrak, ilea edo azala: 1,5 g
● Artropodoak:
Intsektuak: 9g
Krustazeoak: 450 mg
● Odol osoa2 hodi
● Zelulak: 106 zelulak
● Seruma eta plasma:6 ml
Gomendatutako lagin-bidalketa
Ontzia: 2 ml-ko zentrifugazio-hodia (ez da gomendatzen eztainu-papera erabiltzea)
Laginaren etiketatzea: Taldekatu+erreplikatu, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: Laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNA egonkortzeko hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean (adibidez, RNAstable®) lehortu eta giro-tenperaturan bidali daitezke.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika
● Datu gordinaren kalitatearen kontrola
● RNA txikien sailkapena
● miRNAren adierazpena eta adierazpen diferentzialaren analisia
● miRNA helburu-genea eta adierazpen desberdineko miRNA helburu-genearen anotazioa
● Helburu-genearen anotazioa eta miRNA geneen funtzioen aberastea, adierazpen desberdina dutenak
miRNAren identifikazioa: egitura eta sakonera
miRNAren adierazpen diferentziala – multzokatze hierarkikoa
Adierazpen desberdineko miRNAen jomugaren anotazio funtzionala
Arakatu BMKGene-ren sRNA sekuentziazio zerbitzuek erraztutako ikerketa aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Chen, H. et al. (2023) 'Birusen infekzioek saponinen biosintesia eta fotosintesia inhibitzen dituzte Panax notoginseng-en',Landareen Fisiologia eta Biokimika, 203, 108038 or. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) 'Landarearen FYVE domeinua duen FREE1 proteina mikroprozesadoreen osagaiekin lotzen da miRNAren biogenesia erreprimitzeko',EMBO txostenak, 24.(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) 'Ame-Bantam-3p mikroRNAk larben pupa-garapena kontrolatzen du Apis mellifera erlearen 8. genea (megf8) zuzenduz'.Nazioarteko Zientzia Molekularreko Aldizkaria, 24(6), 5726. or. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) 'Haragiaren kalitatearekin lotutako MiRNA eta geneen analisi integratuak agerian uzten du Gga-MiR-140-5p-k oilaskoen gihar barneko gantz metaketan eragina duela',Zelulen Fisiologia eta Biokimika, 46(6), 2421-2433 or. doi: 10.1159/000489649.
