RNA txikiaren sekuentziazioa-Illumina
Ezaugarriak
● RNAren tamaina hautatzea liburutegia prestatu aurretik
● Analisi bioinformatikoa miRNAren iragarpenaren eta haien helburuen inguruan zentratua
Zerbitzu Abantailak
●Bioinformatikako analisi integrala:miRNA ezagun eta berrien identifikazioa, miRNA helburuen identifikazioa eta dagozkion oharpen funtzionala eta datu-base anitzekin aberastea (KEGG, GO)
●Kalitate Kontrol zorrotza: oinarrizko kontrol-puntuak ezartzen ditugu fase guztietan, laginak eta liburutegiak prestatzen hasi eta sekuentziazio eta bioinformatikaraino.Jarraipen zorrotz honek kalitate handiko emaitzak etengabe ematea bermatzen du.
●Salmenta osteko laguntza: Gure konpromisoa proiektua amaitzea baino haratago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-epearekin.Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzei lotutako edozein zalantza argitzeko.
●Espezializazio zabala: ikerketa-eremu ezberdinetako 100 espezie baino gehiago biltzen dituzten sRNA proiektu anitzekin arrakastaz itxi izanaren historiarekin, gure taldeak esperientzia handia dakar proiektu guztietara.
Lagin-baldintzak eta entrega
| Liburutegia | Plataforma | Gomendatutako datuak | Datuen QC |
| Tamaina hautatuta | Illumina SE50 | 10M-20M irakurketak | Q30≥85% |
Lagin-baldintzak:
Nukleotidoak:
| Konk. (ng/μl) | Kantitatea (μg) | Garbitasuna | Osotasuna |
| ≥ 80 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Gelan agertzen da proteina edo DNA kutsadura mugatua edo ez. | RIN≥6.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; Oinarrizko kota mugatua edo ez |
● Landareak:
Erroa, zurtoina edo petaloa: 450 mg
Hostoa edo hazia: 300 mg
Fruta: 1,2 g
● Animalia:
Bihotza edo hesteak: 450 mg
Erraiak edo garuna: 240 mg
Muskulua: 600 mg
Hezurrak, ilea edo azala: 1,5 g
● Artropodoak:
Intsektuak: 9g
Krustazeoak: 450 mg
● Odol osoa: 2 hodi
● Zelulak: 106 zelulak
● Seruma eta Plasma:6 ml
Laginaren entrega gomendatua
Edukiontzia:
2 ml zentrifuga-hodi (ez da gomendagarria eztainu-papera)
Laginaren etiketatzea: Taldea+erreplika, adibidez, A1, A2, A3;B1, B2, B3....
Bidalketa:
1.Izotz lehorra: laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2.RNAstable hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodian lehortu daitezke (adibidez, RNAstable®) eta giro-tenperaturan bidal daitezke.
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Esperimentuen diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika
MiRNAren identifikazioa: egitura eta sakonera
MiRNAren adierazpen diferentziala - clustering hierarkikoa
Diferentzialki adierazitako miRNAen xedearen oharpen funtzionala
Arakatu BMKGene-ren sRNA sekuentziazio-zerbitzuek egindako ikerketa-aurrerapenak argitalpen-bilduma zaindu baten bidez.
Chen, H. et al.(2023) "Infekzio biralek saponinaren biosintesia eta fotosintesia inhibitzen dituzte Panax notoginseng-en", Landareen Fisiologia eta Biokimika, 203, or.108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al.(2023) "FYVE domeinua duen landarea FREE1 proteina mikroprozesadorearen osagaiekin lotzen da miRNA biogenesia erreprimitzeko", EMBO txostenak, 24 (1).doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al.(2023) "MikroRNA Ame-Bantam-3p-ek larba-pupalaren garapena kontrolatzen du Epidermal Growth Factor-like Domains 8 Gene (megf8) Honeybee, Apis mellifera-n zuzenduta", International Journal of Molecular Sciences, 24 (6), p. .5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al.(2018) "Haragiaren kalitatearekin lotutako MiRNA eta geneen analisi integratua agerian uzten du Gga-MiR-140-5p-ek oiloetan gantz-gordaketa eragiten duela" , Fisiologia Zelularra eta Biokimika, 46 (6), 2421-2433 orr.doi: 10.1159/000489649.
