Loku Espezifikoan Anplifikatutako Zati Sekuentziazioa (SLAF-Seq)
Lan-fluxua
Zerbitzuak in silico aurre-diseinu batzuk ditu liburutegia prestatzean entzima optimoa hautatzea bermatzeko.
Eskema Teknikoa
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● Sekuentziazioa NovaSeq-en PE150-rekin.
● Liburutegiaren prestaketa barra-kode bikoitzarekin, 1000 lagin baino gehiago biltzea ahalbidetuz.
● Erreferentziazko genomarekiko independentea:
Erreferentziazko genomarekin: SNP eta InDel aurkikuntza
Erreferentziazko genomarik gabe: laginen multzokatzea eta SNP aurkikuntza
● -nin silicoDiseinu aurreko fasean, hainbat murrizketa-entzima konbinazio aztertzen dira genoman zehar SLAF etiketen banaketa uniformea sortzen dutenak aurkitzeko.
● Aurre-esperimentuan, hiru entzima-konbinazio probatzen dira 3 laginetan 9 SLAF liburutegi sortzeko, eta informazio hori erabiltzen da proiekturako murrizketa-entzima konbinazio optimoa aukeratzeko.
Zerbitzuaren abantailak
●Markatzaile Genetiko Handiaren AurkikuntzaPopulazio handien sekuentziazio aldiberekoa ahalbidetzen duen barra-kode bikoitzeko sistema bat integratzen dugu, eta locus espezifikoko anplifikazio-eraginkortasuna hobetzen dugu, etiketa-zenbakiek ikerketa-galdera desberdinen eskakizun anitzak betetzen dituztela ziurtatuz.
● Genomarekiko menpekotasun txikiaErreferentziazko genoma duten edo ez duten espezieei aplika dakieke.
●Eskema Diseinu MalguaEntzima bakarreko, entzima bikoitzeko, entzima anitzeko digestioa eta hainbat entzima mota hauta daitezke ikerketa-helburu edo espezie desberdinetara egokitzeko.
● Eraginkortasun handia digestio entzimatikoanbaten eroapenain silicoAurre-diseinuak eta aurre-esperimentu batek diseinu optimoa bermatzen dute, SLAF etiketen banaketa uniformearekin kromosoman (1 SLAF etiketa/4Kb) eta sekuentzia errepikakor murriztua (<%5).
●Esperientzia zabalaEsperientzia handia dugu proiektu guztietan, ehunka espezietan 5000 SLAF-Seq proiektu baino gehiago itxi baititugu, besteak beste, landareak, ugaztunak, hegaztiak, intsektuak eta uretako organismoak.
● Norberak garatutako bioinformatika lan-fluxuaSLAF-Seq-erako lan-fluxu bioinformatiko integratu bat garatu dugu azken emaitzaren fidagarritasuna eta zehaztasuna bermatzeko.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Analisi mota | Gomendatutako populazio-eskala | Sekuentziazio estrategia | |
| Etiketa sekuentziazioaren sakonera | Etiketa zenbakia | ||
| Mapa genetikoak | 2 guraso eta 150 ondorengo baino gehiago | Gurasoak: 20x WGS Ugalketa: 10x | Genomaren tamaina: <400 Mb: WGS gomendatzen da <1Gb: 100K etiketak 1-2Gb:: 200K etiketak >2Gb: 300K etiketak Gehienez 500.000 etiketa |
| Genoma Osoko Elkarte Azterketak (GWAS) | ≥200 lagin | 10 aldiz | |
| Eboluzio genetikoa | ≥30 lagin, azpitalde bakoitzeko >10 laginekin | 10 aldiz | |
Zerbitzu-eskakizunak
Kontzentrazioa ≥ 5 ng/µL
Guztirako kopurua ≥ 80 ng
Nanotanta OD260/280=1.6-2.5
Agarosa gela: degradazio edo kutsadurarik ez edo mugatua
Gomendatutako lagin-bidalketa
Ontzia: 2 ml-ko zentrifugazio-hodia
(Lagin gehienentzat, etanolean ez kontserbatzea gomendatzen dugu)
Laginen etiketatzea: Laginak argi eta garbi etiketatuta egon behar dira eta aurkeztutako laginaren informazio-formularioaren berdin-berdinak izan behar dira.
Bidalketa: Izotz lehorra: Laginak lehenik poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren kalitatea
Esperimentu pilotua
SLAF esperimentua
Liburutegiaren Prestaketa
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Gure analisi bioinformatikoak honako hauek ditu barne:
Datuen QC eta datuen mozketa N-an aberatsak diren irakurketak, egokitzaileen irakurketak edo kalitate baxuko irakurketak kentzeko.
Irakurketa garbien bigarren kalitate-kontrola baseen banaketa, sekuentzien kalitatea eta datuen ebaluazioa egiaztatzeko, baina baita digestio-eraginkortasuna eta lortutako txertaketak egiaztatzeko ere.
Irakurketak egiaztatu ondoren, bi aukera daude:
- Erreferentziazko genomaren mapaketa
- Erreferentziazko genomarik gabe: multzokatzea
Ondoren, SLAF etiketen analisia erabiltzen da aldaera-deiak egiteko, markatzaileak aurkitzen laguntzeko: SNP, InDel, SNV, CV deiak eta anotazioak.
SLAF etiketen banaketa kromosometan:
SNPen banaketa kromosometan:
SNP anotazioa
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X eta Shi C (2023) Fruituen heltzean azukre edukiaren QTL mapaketa eta transkriptomaren analisiaPyrus pyrifolia.Aurrealdea. Landare Zientzia.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., eta Sun, L. (2022). St1-en identifikazioak soja-hazkuntzan zehar hazien morfologia eta olio-edukia aldatzen diren hautaketa bat agerian uzten du.Landareen Bioteknologia Aldizkaria, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.eta abar.Karpa arruntaren genomaren sekuentzia eta dibertsitate genetikoaCyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.eta abar.Kakahuete landuaren genomak lekaleen kariotipoei, poliploideen eboluzioari eta laboreen etxekotzeari buruzko informazioa ematen du.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Urtea | Egunkaria | IF | Izenburua | Aplikazioak |
| 2022 | Naturaren komunikazioak | 17.694 | Zuhaitz-peoniaren giga-kromosomen eta giga-genomaren oinarri genomikoa Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Fitologo berria | 7.433 | Etxekotze-aztarnak garrantzi agronomikoa duten eskualde genomikoak ainguratzen dituzte soja-babarrunak | SLAF-GWAS |
| 2022 | Ikerketa Aurreratuen Aldizkaria | 12.822 | Gossypium barbadense-ren genoma osoko introgresio artifizialak G. hirsutum-en Kotoi-zuntzaren kalitatea eta errendimendua aldi berean hobetzeko toki hobeak agerian utzi ezaugarriak | SLAF-Eboluzio-genetika |
| 2019 | Landare molekularra | 10,81 | Populazioen analisi genomikoak eta De Novo muntaketak Weedyren jatorria agerian uzten dute Arroza joko ebolutibo gisa | SLAF-Eboluzio-genetika |
| 2019 | Naturaren Genetika | 31.616 | Cyprinus carpio karpa arruntaren genomaren sekuentzia eta dibertsitate genetikoa | SLAF-Lotura mapa |
| 2014 | Naturaren Genetika | 25.455 | Kakahuete landuaren genomak lekaleen kariotipoei eta poliploideei buruzko informazioa ematen du. eboluzioa eta laboreen etxekotzea. | SLAF-Lotura mapa |
| 2022 | Landareen Bioteknologia Aldizkaria | 9.803 | ST1-en identifikazioak hazien morfologiaren auto-stopa egitea dakarren hautaketa bat agerian uzten du. eta olio-edukia soja-etxekatze garaian | SLAF markatzailearen garapena |
| 2022 | Nazioarteko Zientzia Molekularreko Aldizkaria | 6.208 | Gari-Leymus mollis 2Ns (2D) baten identifikazioa eta DNA markatzaileen garapena Kromosoma disomikoen ordezkapena | SLAF markatzailearen garapena |
| Urtea | Egunkaria | IF | Izenburua | Aplikazioak |
| 2023 | Landare-zientziaren mugak | 6.735 | Pyrus pyrifoliaren fruituen heltzean azukre edukiaren QTL mapaketa eta transkriptomaren analisia | Mapa genetikoa |
| 2022 | Landareen Bioteknologia Aldizkaria | 8.154 | ST1-en identifikazioak soja-hazkuntzan zehar hazien morfologia eta olio-edukia aldatzen diren hautaketa bat agerian uzten du.
| SNP deia |
| 2022 | Landare-zientziaren mugak | 6.623 | Hulless Barely fenotipoen genoma osoko asoziazio-mapazioa lehorte-inguruneetan.
| GWAS |
