T2T Genomaren Muntaketa | Sekuentziazio Ultra Luzea
Zerbitzuaren Ezaugarriak
•Telomerotik telomerorako genomaren muntaia zehaztasun handikoa, jarraitasun handikoa eta osotasun handikoa eskaintzen du.
•Eskualde zentromeriko eta oso errepikakorretan muntaketa-erronkak gainditzen ditu.
•Zentromero eta telomero bezalako eskualde konplexuetan egitura-aldaketak aztertzen ditu.
•Kromosomen jatorria eta etxekotzea aztertzen ditu, eta sexua zehazten duten gene nagusiak identifikatzen ditu.
Zerbitzuaren abantailak
•Erauzketatik sekuentziaziora bitarteko talde profesional ultraluzea, hainbat espezietan esperientzia arrakastatsua duena.
•PacBio eta Nanopore irakurketa luzeko plataformetarako sarbidea, errendimendu handiko eta sekuentziazio estrategia malguekin.
•Genomaren muntaketan eta bioinformatika-analisi pertsonalizatuan esperientzia duen taldea, T2T genomaren proiektuetan trebea.
•200 genoma proiektu arrakastatsu baino gehiago eta 2000 inpaktu faktore metatu baino gehiago.
•Copyright eta patenteek babestutako irtenbide esperimental eta bioinformatiko integratuak.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Genomaren azterketa | Genomaren muntaketa | Kromosoma mailan | Hutsuneak betetzea | Genomaren oharra |
| 50X Illumina NovaSeq PE150 | 30X PacBio CCS HiFi irakurketak | 100X Hi-C | 40-100X ONT Irakurketa ultra luzeak | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (aukerakoa) RNA-seq osoa PacBio 40 Gb edo Nanopore 12 Gb |
Zerbitzu-eskakizunak
Survey, PacBio CCS, Hi-C eta transkriptomaren (anotazioetarako) sekuentziazio laginetarako, jo ezazu “kromosoma-mailangenomaren muntaketa laginaren eskakizunak".
ONT sekuentziazio ultraluzearentzat, ehun-laginak gomendatzen dira, ultra-HMW DNAren erauzketa laguntzeko kalitate-estandar handiagoekin.
Laginak prestatzeko argibide eta eskakizun zehatzak lortzeko, jarri harremanetan gure salmenta-taldearekin espeziearen araberako irtenbide pertsonalizatua lortzeko.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
DNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Analisi nagusien artean daude:
1) T2T Genomaren Muntaketa
● T2T genomak “0 hutsune” dituen genoma bati egiten dio erreferentzia, non gutxienez kromosoma bat telomero batetik bestera guztiz muntatuta dagoen.
● Zehaztasun handiko CCS irakurketak eta ONT irakurketa ultra-luzeak erabiliz:
* Sortu contig v1 genoma hifiasm (v0.25.0) erabiliz hibrido muntaketaren bidez.
* Kendu plastidoak eta kutsatutako sekuentziak BLAST bidez NT datu-basetik.
* Eskafoldo-kontingeak kromosoma-eskalako muntaketan lotzen dira Hi-C datuak 3D-DNArekin erabiliz.
* Bete falta diren telomeroak tokiko muntaketaren bidez ONT irakurketekin T2T genoma osoa lortzeko.
2) Muntaiaren ebaluazioa
● BUSCOren ebaluazioa
BUSCO v5.2.1-ek (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) eboluzio-lerro nagusietarako kopia bakarreko gene-multzoak eraikitzen ditu OrthoDB 10 datu-basean oinarrituta. Muntatutako genoma gene-multzo honen aurkako lerrokatze bidez ebaluatzen da, bat etortze-erlazioan eta osotasunean oinarrituta.
"BUSCO osoen" proportzio handiagoak genomaren muntaketa-osotasun handiagoa adierazten du.
● Mapak irakurtzen ditu
Lerrokatu hurrengo belaunaldiko sekuentziazioko irakurketa laburrak (adibidez, Illumina) genoma muntatuarekin bwa erabiliz. Lerrokatu hirugarren belaunaldiko irakurketa luzeak genoma muntatuarekin Minimap2 erabiliz.
Muntatutako genomaren osotasuna eta sekuentziazio-estalduraren uniformetasuna mapatze-tasaren, genomaren estaldura-erlazioaren eta sakonera-banaketaren arabera ebaluatzen dira.
● Genomaren QC ebaluazioa
Ebaluatu muntaketa Merqury erabiliz, zehaztasun handiko sekuentziazio irakurketak k-mer-ak genomaren muntaketarekin alderatuz, adostasun kalitatea (QV) lortzeko.
Kalitate-balio altuagoek muntatutako genomaren zehaztasun handiagoa adierazten dute.
● Genomaren LAI ebaluazioa
LAI-k (LTR Assembly Index) genomaren muntaketa-osotasuna ebaluatzen du LTR retrotransposoi sekuentzia osoen eta LTR sekuentzia guztien arteko erlazio gisa. LTR-RT sekuentzia hautagaiak identifikatzen dira LTR_FINDER (1.0.7 bertsioa) eta LTRharvest (1.5.9 bertsioa) erabiliz, eta ondoren iragazi eta integratzen dira LTR_retriever (2.8 bertsioa) erabiliz konfiantza handiko LTR retrotransposoiak lortzeko eta LAI kalkulatzeko.
LAI garatzailearen argitalpenaren arabera, LAI balioak hiru mailatan sailkatzen dira:
Zirriborroa (0 ≤ LAI < 10), Erreferentzia (10 ≤ LAI < 20) eta Urrea (LAI ≥ 20).
● Telomeroen eta zentromeroen identifikazioa
Identifikatu genoman dauden telomeroen errepikapen unitate potentzialak TIDK erabiliz. Detektatu telomeroen sekuentziak eta lortu posizio-informazioa FindTelomeres erabiliz errepikapen-motiboetan oinarrituta.
Identifikatu zentromeriko errepikapen potentzialak Centromics erabiliz hirugarren belaunaldiko irakurketa luzeekin, eta ondoren berriro mapatu genomarekin zentromeroen posizioak eta sekuentziak lortzeko.
1) Genomaren kromosoma mapa
2)Telomeroen posizioak genoman
| Chr | Chr Luzera (bp) | Goiko_ibarraren_hasiera(bp) | Goiko_ibai_amaiera (bp) | Goiko_Ibai_Luzera(bp) | Beheko_ibilguaren_hasiera(bp) | Beheko_ibilguaren_amaiera (bp) | Beheko_Ibarreko_Luzera(bp) |
| Chr01 | 55.340.768 | 53 | 2.036 | 1.984 | 55.338.794 | 55.340.768 | 1.975 |
| Chr02 | 56.588.289 | 1 | 2.760 | 2.760 | 56.584.191 | 56.588.289 | 4.099 |
| Chr03 | 46.886.733 | 20 | 3.001 | 2.982 | 46.881.994 | 46.886.733 | 4.740 |
| Chr04 | 49.401.798 | 1 | 2.143 | 2.143 | 49.399.160 | 49.401.798 | 2.639 |
| Chr05 | 45.855.317 | 10 | 3.043 | 3.034 | 45.852.809 | 45.855.317 | 2.509 |
| Chr06 | 45.285.625 | 1 | 3.268 | 3.268 | 45.283.427 | 45.285.625 | 2.199 |
| Chr07 | 48.122.726 | 1 | 2.317 | 2.317 | 48.120.519 | 48.122.726 | 2.208 |
Nota:
Chr: Kromosomaren IDa
Chr_Length (bp): Kromosomaren luzera
Upstream_Start (bp): Kromosoman goiko telomeroaren hasierako posizioa
Upstream_End (bp): Kromosoman goiko telomeroaren amaierako posizioa
Goranzko_luzera (bp): Kromosomaren goiko telomeroaren luzera
Downstream_Start (bp): Kromosoman beheranzko telomeroaren hasierako posizioa
Beheko_amaiera (bp): Kromosoman beheranzko telomeroaren amaierako posizioa
Beheko_luzera (bp): Kromosomaren beheko telomeroaren luzera
3)Zentromeroen posizioak genoman
| Chr | Chr_Length(bp) | Centromics_Start(bp) | Zentromika_Amaiera(bp) |
| Chr01 | 55.340.768 | 18.943.204 | 23.005.555 |
| Chr02 | 56.588.289 | 28.114.720 | 30.677.916 |
| Chr03 | 46.886.733 | 24.487.558 | 24.929.326 |
| Chr04 | 49.401.798 | 20.976.875 | 22.563.388 |
| Chr05 | 45.855.317 | 18.578.095 | 19.715.924 |
| Chr06 | 45.285.625 | 19.398.436 | 19.950.173 |
| Chr07 | 48.122.726 | 26.390.720 | 27.913.284 |
Oharra:
Chr: Kromosomaren IDa
Chr_Length (bp): Kromosomaren luzera
Zentromeroaren_Hasiera (bp): Zentromeroaren hasierako posizioa kromosoman
Zentromeroaren_amaiera (bp): Zentromeroaren amaierako posizioa kromosoman
4) Muntaketa Emaitzen Hutsuneen Estatistikak
| Taldea | Hutsune_zenbakia | Len |
| Chr01 | 0 | 55.340.768 |
| Chr02 | 0 | 56.588.289 |
| Chr03 | 0 | 46.886.733 |
| Chr04 | 0 | 49.401.798 |
| Chr05 | 0 | 45.855.317 |
| Chr06 | 0 | 45.285.625 |
| Chr07 | 0 | 48.122.726 |
| Guztira (erlazioa %) | 0 | 347.481.256 (100,00) |
Nota:
Taldea: Kromosoma IDa
Hutsune_zenbakia: Kromosoman dauden hutsune kopurua
Len (bp): Kromosomaren luzera
5) Genomaren LAI ebaluazioa
| Chr | Chr Luzera (bp) | Osorik | Guztira | gordina_LAI | LAI |
| genoma_osoa | 347.481.256 | 0,046 | 0,36 | 12,94 | 15.18 |
Oharra: LAI garatzaileek argitaratutakoaren arabera, LAI balioak hiru kategoriatan sailkatzen dira: Zirriborroa (0 ≤ LAI < 10), Erreferentzia (10 ≤ LAI < 20) eta Urrezkoa (LAI ≥ 20).
Chr Luzera (bp): Kromosomaren luzera
Osorik: Genoman dauden LTR-RT osoriken proportzioa
Guztira: Genomako LTR guztien proportzioa
raw_LAI = Osorik / Guztira × 100
LAI: Zuzendutako LAI balioa
Arakatu BMKGene-ren de novo genomaren muntaketa zerbitzuek ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez:
T2T Genome
Liu, Shoucheng et al."Telomerotik telomerorako genomaren muntaia batek, datu multiomikoekin batera, ogi-gari hexaploidearen eboluzioari buruzko informazioa ematen du."Naturaren genetika liburukia 57,4 (2025): 1008-1020. doi:10.1038/s41588-025-02137-x
Yao, Xue-Feng et al."Zhonghua 11 arroz japonica barietatearen genomaren muntaketa osoa."Landareen komunikazioak 6. liburukia, 10 (2025): 101463. doi:10.1016/j.xplc.2025.101463
Lv, Zhiyuan eta beste batzuk."Camellia pitardii-ren telomerotik telomerora ia lortutako genomaren muntaketa."Datu zientifikoak liburukia 12,1 1422. 2025eko abuztuaren 14a, doi:10.1038/s41597-025-05764-5
Du, Haiyuan eta beste batzuk."Fragaria iinumae-ren genomaren ia muntaketa osoa."BMC genomika liburukia 26,1 253. 2025eko martxoaren 14a, doi:10.1186/s12864-025-11440-0
Chen, Weikai et al."Nicotiana benthamiana-ren genoma osoaren muntaketak zentromeroen paisaia genetiko eta epigenetikoa agerian uzten du."Naturako landareak liburukia 10,12 (2024): 1928-1943. doi:10.1038/s41477-024-01849-y
Haplotipo bidez ebatzitako T2T genoma
Khan, Falak Sher et al. “Cabernet Sauvignon mahatsondo barietatearen haplotipo bidez ebatzitako T2T hutsune gabeko genomak.”Datu zientifikoak, 10.1038/s41597-026-06910-3. 2026ko otsailaren 26a, doi:10.1038/s41597-026-06910-3
T2T Genoma + Genoma Konparatiboa
Hong, Lin et al. “Bi laranja gozoren telomero-telomero genomaren eraikuntza eta azterketa: Longhuihong eta Newhall (Citrus sinensis).”GigaZientzia13. liburukia (2024): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084
Li, Xiao-Jie et al. “TXH4 azenario gorriaren telomero-telomero genomaren analisiak DcLCYE eta DcLCYB1-en zeregina argitzen du azenarioan likopenoaren metaketan.”Lorezaintza ikerketaliburukia 12,11 uhaf192. 2025eko uztailaren 29a, doi:10.1093/hr/uhaf192
T2T Genoma + Pangenoma
Wang, Xiaojing et al. “T2T genoma, genoma anitzeko analisia eta bero-estresaren erantzun-genak Rododendro espezieetan”.iMetaliburukia 4,2 e70010. 2025eko martxoaren 5a, doi:10.1002/imt2.70010
