-
Luzera osoko mRNA sekuentziazioa-Nanopore
RNA-ren sekuentziazioa tresna eskerga izan da transkriptoma-analisi integralerako.Zalantzarik gabe, irakurketa laburreko sekuentziazio tradizionalak garapen garrantzitsu ugari lortu zituen hemen.Hala ere, sarritan mugak aurkitzen ditu luzera osoko isoforma identifikazioetan, kuantifikazioan, PCR alborapenean.
Nanoporoen sekuentziazioa beste sekuentziazio plataformetatik bereizten da, izan ere, nukleotidoak zuzenean irakurtzen dira DNA sintesirik gabe eta irakurketa luzea sortzen duelako hamarnaka kilobasetan.Honek zuzeneko irakurketa ahalbidetzen du luzera osoko transkripzioak gurutzatu eta isoforma mailako ikasketetako erronkei aurre egiteko.
Plataforma:Nanopore PromethION
Liburutegia:cDNA-PCR
-
De novo Luzera osoko Transkriptomaren sekuentziazioa -PacBio
Berrizluzerako transkriptomaren sekuentziazioa, izenez ere ezagunaBerrizIso-Seq-ek PacBio sekuentziadorearen abantailak hartzen ditu irakurketaren luzeran, eta horrek luzera osoko cDNA molekulen sekuentziazioa ahalbidetzen du inolako etenik gabe.Honek transkripzioaren muntaketa-urratsetan sortutako akatsak guztiz saihesten ditu eta isoforma-mailako bereizmenarekin unigene multzoak eraikitzen ditu.Unigeno-multzo honek informazio genetiko indartsua eskaintzen du "erreferentzia genoma" gisa transkriptoma mailan.Horrez gain, hurrengo belaunaldiko sekuentziazio datuekin konbinatuz, zerbitzu honek isoforma-mailako adierazpenaren kuantifikazio zehatza ahalbidetzen du.
Plataforma: PacBio Sequel IILiburutegia: SMRT kanpai liburutegia -
ARNm eukariotoen sekuentziazioa-Illumina
mRNA sekuentziatzeak zeluletatik transkriptutako mRNA guztien profila ahalbidetzen du baldintza zehatzetan.Zenbait prozesu biologikoren gene-adierazpen-profila, gene-egiturak eta mekanismo molekularrak ezagutarazteko teknologia indartsua da.Orain arte, mRNAren sekuentziazioa oso erabilia izan da oinarrizko ikerketan, diagnostiko klinikoan, sendagaien garapenean, etab.
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Erreferentzian oinarritutako mRNA sekuentziazioa-Illumina
mRNA sekuentziatzeak hurrengo belaunaldiko sekuentziazio teknika (NGS) hartzen du, funtzio berezi batzuk aktibatzen ari diren epe jakin batean ARN mezularia (mRNA) eukariotoa harrapatzeko.Splizatutako transkripzio luzeena 'Unigene' deitzen zen eta ondorengo analisirako erreferentzia-sekuentzia gisa erabili zen, hau da, espeziearen mekanismo molekularra eta erregulazio-sarea erreferentziarik gabe aztertzeko baliabide eraginkorra.
Transcriptomaren datuen muntaketa eta unigenearen oharpen funtzionalaren ondoren
(1)SNP analisia, SSR analisia, CDS iragarpena eta gene-egitura egingo dira.
(2)Lagin bakoitzean adierazpen unigenearen kuantifikazioa egingo da.
(3)Laginen (edo taldeen) arteko modu ezberdinean adierazitako unigenes-en adierazpen unigenoan oinarrituta aurkituko dira
(4) Diferentzialki adierazitako unigenesen multzokatzea, oharpen funtzionala eta aberaste-analisia egingo da.
-
Koderik gabeko sekuentziazio luzea-Illumina
Kodetzen ez diren RNA luzeak (lncRNA) 200 nt-tik gorako luzera duten RNA molekula mota bat dira, kodetze potentzial oso baxua dutenak.LncRNA, RNA ez-kodetzaileetan funtsezko kide gisa, batez ere nukleoan eta plasman aurkitzen da.Sekuentziazio-teknologiaren eta bioinformtikaren garapenak lncRNA berri ugari identifikatu eta funtzio biologikoekin lotzen ditu.Ebidentzia metatuek iradokitzen dute lncRNAk erregulazio epigenetikoan, transkripzioaren erregulazioan eta transkripzio osteko erregulazioan parte hartzen duela.
-
RNA txikiaren sekuentziazioa-Illumina
RNA txikiak 200 nt baino gutxiagoko luzera izan ohi duten kodetzen ez den RNA molekulen klaseari deritzo, mikro RNA (miRNA), interferentzia RNA txikia (siRNA) eta piwi-interakting RNA (piRNA) barne.
MikroRNA (miRNA) 20-24nt inguruko luzera duen RNA txiki endogenoen klase bat da, eta zeluletan hainbat funtzio erregulatzaile garrantzitsu betetzen ditu.miRNA bizi-prozesu askotan parte hartzen du, ehuna (espezifikoa eta etapa) adierazpen espezifikoa eta oso kontserbatuta espezie ezberdinetan.
-
circRNA sekuentziazioa-Illumina
Transkriptoma osoko sekuentziazioa RNA molekula mota guztiak profilatzeko diseinatuta dago, kodetzaileak (mRNA) eta kodetzen ez diren RNAak (lncRNA, circRNA eta miRNA barne), zelula zehatzek une jakin batean transkribatzen dituztenak barne.Transkriptoma osoko sekuentziazioak, "RNA osoa sekuentziazioa" izenez ere ezagutzen dena, transkriptoma mailan erregulazio-sare integralak agerian uztea du helburu.NGS teknologia aprobetxatuz, transkriptoma produktu osoen sekuentziak eskuragarri daude ceRNA analisirako eta RNA baterako analisirako, eta horrek karakterizazio funtzionalaren lehen urratsa ematen du.circRNA-miRNA-mRNA oinarritutako ceRNA-ren erregulazio-sarea agerian jartzea.
-
Transcriptoma osoko sekuentziazioa - Illumina
Transkriptoma osoko sekuentziazioa RNA molekula mota guztiak profilatzeko diseinatuta dago, kodetzaileak (mRNA) eta kodetzen ez diren RNAak (lncRNA, circRNA eta miRNA barne), zelula zehatzek une jakin batean transkribatzen dituztenak barne.Transkriptoma osoko sekuentziazioak, "RNA osoa sekuentziazioa" izenez ere ezagutzen dena, transkriptoma mailan erregulazio-sare integralak agerian uztea du helburu.NGS teknologia aprobetxatuz, transkriptoma produktu osoen sekuentziak eskuragarri daude ceRNA analisirako eta RNA baterako analisirako, eta horrek karakterizazio funtzionalaren lehen urratsa ematen du.circRNA-miRNA-mRNA oinarritutako ceRNA-ren erregulazio-sarea agerian jartzea.
-
RNA prokariotoen sekuentziazioa
RNA prokariotoen sekuentziazioak hurrengo belaunaldiko sekuentziazioa (NGS) erabiltzen du une jakin batean RNAren presentzia eta kantitatea agertzeko, aldatzen ari den transkriptoma zelularra aztertuz.Gure konpainiaren RNA prokariotoaren sekuentziazioa, erreferentziazko genomak dituzten prokariotoei zuzenduta dago bereziki, transkriptomaren profila, gene-egituraren analisia, etab. Oinarrizko zientzia-ikerketetan, sendagaien ikerketan eta garapenean, etab.
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranskripziomen sekuentziazioa
Metatranskripzio-sekuentziazioak mikrobioen gene-adierazpena identifikatzen du (bai eukariotoak bai prokariotoak) ingurune naturalen barruan (hau da, lurzorua, ura, itsasoa, gorotzak eta tripa). Zehazki, zerbitzu honek mikrobio-komunitate konplexuen gene-espresioaren profil osoa lortzeko aukera ematen du, analisi taxonomikoa. espezieen, modu ezberdinean adierazitako geneen aberaste funtzionalaren analisia, etab.
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
