Genoma osoaren bisulfito sekuentziazioa (WGBS)
Teknika hau, DNAren bisulfito tratamenduan oinarrituta, zitosina metilatu gabeak urazil (Ctik Ura) bihurtzeko, zitosina metilatuak aldatu gabe utziz, DNAren metilazioa sakon aztertzeko metodologia estandar gisa erabiltzen da, zehazki zitosinaren (5-mC) bosgarren posizioa, geneen adierazpenaren eta zelulen jardueraren erregulatzaile funtsezkoa dena.
Teknika honek base bakarreko bereizmena eskaintzen du, eta horrek ikertzaileei metiloma sakonki ikertzeko eta laginen barruko metilazio-eredu anormalak aurkitzeko aukera ematen die. WGBS erabiliz, zientzialariek genoma osoko metilazio-paisaiei buruzko ikuspegi paregabeak lor ditzakete, prozesu biologiko eta gaixotasun anitzen oinarrian dauden mekanismo epigenetikoen ulermen ñabarduratsua eskainiz.
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● Sekuentziazioa Illumina NovaSeq-en.
● Erreferentziazko genoma bat behar du.
● Lambda DNA gehitzen da bisulfitoaren bihurketa-eraginkortasuna kontrolatzeko.
Zerbitzuaren abantailak
●DNAren metilazio ikerketarako urrezko estandarraTeknologia heldu honek zehaztasun handia eta erreproduzigarritasun ona ditu.
●Estaldura zabala eta oinarri bakarreko bereizmena:Metilazio guneen detekzioa genoma osoko mailan egiten da.
●Plataforma osoa:Laginen prozesamendutik, liburutegiaren eraikuntzatik, sekuentziaziotik hasi eta bioinformatikako analisietaraino zerbitzu integrala eskaintzen dugu.
●Esperientzia zabalaEspezie sorta zabal batean burututako proiektu sorta zabala dugu. BMKGENEk hamarkada bat baino gehiagoko esperientzia, analisi talde oso trebea, eduki osoa eta salmenta osteko laguntza bikaina eskaintzen ditu.
●Transkriptomikaren analisiarekin bat egiteko aukeraWGBS-ren analisi integratua ahalbidetzen du beste omika datu batzuekin, hala nola RNA-seq-ekin.
Laginaren zehaztapenak
| Liburutegia | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datu-irteera | Kalitate kontrola |
| Bisulfitoz tratatua | Illumina PE150 | 30x sakonera | Q30 ≥ %85 Bisulfitoaren bihurketa > % 99 |
Laginaren eskakizunak
| Kontzentrazioa (ng/µL) | Kopuru osoa (ng) | Baldintza gehigarriak | |
| DNA genomikoa | ≥ 1.25 | ≥ 100 | Degradazio edo kutsadura mugatua |
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
DNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Datuen bidalketa
Zerbitzuak honako analisi hauek barne hartzen ditu:
● Sekuentziazio gordinaren kalitate-kontrola;
● Erreferentziazko genomaren mapaketa;
● 5mC-ko metilatutako baseen detekzioa;
● Metilazioaren banaketaren azterketa eta anotazioa;
● Eskualde Diferentzialki Metilatuen (DMR) azterketa;
● DMR-ekin lotutako geneen anotazio funtzionala.
5mC metilazio detekzioa: metilatutako gune motak
Metilazio mapa. 5mC metilazio banaketa genoma osoan
Eskualde oso metilatuen anotazioa
Eskualde desberdinki metilatuak: lotutako geneak
Eskualde Diferentzialki Metilatuak: lotutako geneen anotazioa (Gene Ontologia)
Arakatu BMKGene-ren genoma osoko bisulfito sekuentziazio zerbitzuek ahalbidetzen dituzten ikerketa aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Fan, Y. et al. (2020) 'Ardien hezur-muskuluaren garapenean zehar DNAren metilazio-profilen analisia genoma osoko bisulfito sekuentziazioa erabiliz',BMC Genomika, 21(1), 1-15 or. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Binilo kloruroaren eraginpean dauden langileen azido desoxirribonukleiko metilazio-asaldura berriak',Toxikologia eta Industria Osasuna, 38 (7), 377-388 or. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Tomatearen heltze-fruituan genomaren metilazio, RNA ez-kodetzaileen, mRNAren eta metabolitoen arteko erlazioak',Landareen Aldizkaria, 103(3), 980–994 or. doi: 10.1111/TPJ.14778.
