Transkriptoma Osoaren Sekuentziazioa – Illumina
Ezaugarriak
● Transkriptoma osoa sekuentziatzeko liburutegi bikoitzaren sorrera: ARNr agortzeko liburutegia eta ARN txikiko liburutegiaren prestaketa.
● mRNA, lncRNA, circRNA eta miRNAren analisi bioinformatiko osoa txosten bioinformatiko bereizietan, gehi RNA espresio guztiaren konbinazioko analisi bateratua, ceRNA sareen analisia barne.
Zerbitzuaren abantailak
●Esperientzia zabala2100 transkriptoma osoko proiektu baino gehiago prozesatu ditugu, lagin mota desberdinak hartzen dituztenak. Esperientzia aberastasuna ekartzen diogu proiektu bakoitzari.
●Kalitate Kontrol ZorrotzaOinarrizko kontrol puntuak ezartzen ditugu etapa guztietan, laginen prestaketatik hasi eta liburutegiaren prestaketara, sekuentziaziora eta bioinformatikara arte. Gure jarraipen zorrotzak kalitate handiko emaitzak etengabe lortzen direla bermatzen du.
●Oharpen osoaHainbat datu-base erabiltzen ditugu Gene Diferentzialki Adieraziak (DEG) funtzionalki anotatzeko eta dagokien aberaste-analisiak egiteko. Ikuspegi integral honek transkriptomaren erantzunaren oinarrian dauden prozesu zelular eta molekularrei buruzko informazioa ematen du, zure esperimentuaren datuei buruzko informazio guztia lortuko duzula ziurtatuz.
●Sare arautzaileen azterketa sakonaceRNA sarearen analisia mRNA, lncRNA, circRNA eta miRNAren sekuentziazio bateratuaren eta bioinformatika-fluxu zehatz baten bidez ahalbidetzen da.
●Salmenta osteko laguntzaBadakigu zein garrantzitsua den bertan egotea, horregatik gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzuarekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.
Laginaren eskakizunak eta entrega
| Liburutegia | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitate Kontrola |
| ARNr agortua | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Hautatutako tamaina | Illumina SE50 | 10-20 milioi irakurketa |
Laginaren eskakizunak:
Nukleotidoak:
| Kontzentrazioa (ng/μl) | Kopurua (μg) | Garbitasuna | Osotasuna |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Proteina edo DNA kutsadura mugatua edo batere ez da agertzen gelean. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; oinarrizko kota mugatua edo batere ez |
Gomendatutako lagin-bidalketa
Ontzia: 2 ml-ko zentrifugazio-hodia (ez da gomendatzen eztainu-papera erabiltzea)
Etiketatze-lagina: Taldekatu+erreplikatu, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: Laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNA egonkortzeko hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean (adibidez, RNAstable®) lehortu eta giro-tenperaturan bidali daitezke.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika
Bakoitzaren analisi guztiaz gain, 4 RNA motak gure analisi bateratuan konbinatzen dira:
- RNA datu mota guztien arteko ko-adierazpen analisia
- RNAren adierazpenaren ikuspegi orokorra
- Adierazpen diferentzialaren ikuspegi orokorra
- CeRNA Sarea
- Bidean integratutako gene nagusiak
- Kontserbazio-analisia
- Harremanak helburu
RNAren adierazpenaren ikuspegi orokorra
Adierazpen desberdineko geneak
ceRNA analisia
Adierazpen desberdineko miRNAk eta erlazionatutako RNAk
Arakatu BMKGene-ren transkriptoma osoaren sekuentziazio zerbitzuek ahalbidetzen dituzten ikerketa aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Dai, Y. et al. (2022) 'Kashin-Beck gaixotasunean mRNA, lncRNA eta miRNA-en adierazpen-profil integralak, RNA-sekuentziazioaren bidez identifikatuak',Omika molekularra, 18(2), 154-166 or. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'Apis cerana-ren hotzarekiko erresistentziaren transkriptoma osoen analisia Changbai mendian neguan zehar'.Genea, 830, 146503–146503 orr. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Biriketako minbizi txikiko zelulan lehian dauden RNA erregulazio-sare endogenoen lehentasuna multi-omika integrazioan oinarrituta: ezaugarri molekularrak eta sendagai hautagaiak',Onkologiako mugak, 12, or. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA espresio-profilen analisi integratuak kakahueteetan erro-korapiloen nematodoen aurkako erantzun-mekanismo potentzialei buruzko ikuspegi berriak agerian uzten ditu',BMC Genomika, 23(1), 1–12 orr. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'RNA transkriptoma osoaren sekuentziazioak brokoliaren uzta osteko kalitatea mantentzearekin lotutako mekanismo molekularrak nabarmentzen ditu LED gorriaren irradiazioaren bidez',Uzta osteko biologia eta teknologia, 188, 111878 or. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
