رونوشت فضایی 10x Genomics Visium
امکانات
● وضوح: 100 میکرومولار
● قطر لکه: 55 میکرومولار
● تعداد نقاط: 4992
● منطقه عکسبرداری: 6.5 x 6.5 میلی متر
● هر نقطه بارکد شده با پرایمرهای متشکل از 4 بخش بارگیری می شود:
- دم پلی (dT) برای آغازگر mRNA و سنتز cDNA
- شناسه مولکولی منحصر به فرد (UMI) برای اصلاح بایاس تقویت
- بارکد فضایی
- دنباله اتصال پرایمر توالی خوانی جزئی 1
● رنگ آمیزی H&E مقاطع
مزایای
●سرویس یک مرحله ای: تمام مراحل مبتنی بر تجربه و مهارت، از جمله برش انجمادی، رنگ‌آمیزی، بهینه‌سازی بافت، بارکدگذاری فضایی، آماده‌سازی کتابخانه، توالی‌یابی و بیوانفورماتیک را ادغام می‌کند.
● تیم فنی بسیار ماهر: با تجربه در بیش از 250 نوع بافت و 100+ گونه از جمله انسان، موش، پستاندار، ماهی و گیاه.
●به روز رسانی در زمان واقعی در کل پروژه: با کنترل کامل پیشرفت تجربی.
●بیوانفورماتیک استاندارد جامع:بسته شامل 29 تجزیه و تحلیل و 100+ رقم با کیفیت بالا است.
●تجزیه و تحلیل و تجسم داده های سفارشی: برای درخواست های تحقیقاتی مختلف در دسترس است.
●تجزیه و تحلیل مشترک اختیاری با توالی mRNA تک سلولی
مشخصات فنی
| نمونه مورد نیاز | کتابخانه | استراتژی توالی | داده ها توصیه می شود | کنترل کیفیت |
| نمونه های کریو تعبیه شده در OCT، نمونه های FFPE (قطر بهینه: تقریباً 6x6x6 mm3) 3 بلوک در هر نمونه | کتابخانه cDNA 10X Visium | ایلومینا PE150 | 50 هزار PE خواندن در هر نقطه (60 گیگابایت) | RIN> 7 |
برای جزئیات بیشتر در مورد راهنمای آماده سازی نمونه و گردش کار خدمات، لطفاً با a صحبت کنیدکارشناس BMKGENE
گردش کار خدمات
در مرحله آماده سازی نمونه، یک آزمایش اولیه استخراج RNA حجیم انجام می شود تا اطمینان حاصل شود که یک RNA با کیفیت بالا می تواند به دست آید.در مرحله بهینه سازی بافت، مقاطع رنگ آمیزی و تجسم می شوند و شرایط نفوذپذیری برای آزادسازی mRNA از بافت بهینه می شود.سپس پروتکل بهینه شده در طول ساخت کتابخانه و سپس توالی یابی و تجزیه و تحلیل داده ها اعمال می شود.
گردش کار خدمات کامل شامل به‌روزرسانی‌های بلادرنگ و تأیید مشتری برای حفظ یک حلقه بازخورد پاسخ‌گو و تضمین اجرای روان پروژه است.
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
کنترل کیفیت داده ها:
o توزیع داده های خروجی و امتیاز کیفیت
o تشخیص ژن در هر نقطه
o پوشش بافتی
تجزیه و تحلیل نمونه داخلی:
o غنای ژنی
o خوشه بندی نقطه ای، از جمله تحلیل ابعاد کاهش یافته
o تجزیه و تحلیل بیان افتراقی بین خوشه ها: شناسایی ژن های نشانگر
o حاشیه نویسی عملکردی و غنی سازی ژن های نشانگر
تحلیل بین گروهی
o ترکیب مجدد لکه ها از هر دو نمونه (مثلاً بیمار و شاهد) و خوشه بندی مجدد
o شناسایی ژن های نشانگر برای هر خوشه
o حاشیه نویسی عملکردی و غنی سازی ژن های نشانگر
o بیان دیفرانسیل یک خوشه بین گروه ها
تجزیه و تحلیل نمونه داخلی
خوشه بندی نقطه ای
شناسایی ژن های نشانگر و توزیع فضایی
تحلیل بین گروهی
ترکیب داده‌ها از هر دو گروه و خوشه‌بندی مجدد
ژن های نشانگر خوشه های جدید
پیشرفت‌های تسهیل‌شده توسط سرویس رونویسی فضایی BMKGene توسط 10X Visium را در این انتشارات برجسته کاوش کنید:
چن، دی و همکاران.(2023) 'mthl1، همولوگ بالقوه مگس سرکه از GPCR های چسبندگی پستانداران، در واکنش های ضد توموری به سلول های انکوژنیک تزریقی در مگس ها نقش دارد، مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم ایالات متحده آمریکا، 120(30)، ص.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. و همکاران.(2023) "STEEL ترسیم با وضوح بالا داده‌های رونویسی مکانی-زمانی را امکان‌پذیر می‌سازد"، Briefings in Bioinformatics، 24(2)، صفحات 1-10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
لیو، سی و همکاران.(2022) "اطلس فضایی و زمانی ارگانوژنز در توسعه گلهای ارکیده"، تحقیقات اسیدهای نوکلئیک، 50(17)، صفحات 9724-9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
وانگ، جی و همکاران.(2023) "یکپارچه سازی ترانس کریپتومیکس فضایی و توالی یابی RNA تک هسته ای، استراتژی های درمانی بالقوه برای لیومیوم رحم را نشان می دهد"، مجله بین المللی علوم زیستی، 19(8)، صفحات 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
