16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
مزایای خدمات
● خواندن طولانی که دنباله تمام طول 16S/18S/ITS را نشان می‌دهد
● تماس پایه بسیار دقیق با توالی حالت PacBio CCS
● وضوح در سطح گونه در حاشیه نویسی OTU/ASV
● آخرین QIIME2 تجزیه و تحلیل جریان با تجزیه و تحلیل های متنوع از نظر پایگاه داده، حاشیه نویسی، OTU/ASV.
● برای مطالعات مختلف جامعه میکروبی قابل استفاده است
● BMK دارای تجربه گسترده با بیش از 100000 نمونه در سال، پوشش خاک، آب، گاز، لجن، مدفوع، روده، پوست، آبگوشت تخمیر، حشرات، گیاهان و غیره است.
● BMKCloud تفسیر داده‌ها را تسهیل می‌کند که شامل ۴۵ ابزار تحلیل شخصی‌شده است
مشخصات خدمات
| ترتیب دهیسکو | کتابخانه | داده های توصیه شده | زمان چرخش |
| PacBio Sequel II | زنگ SMRT | 5K/10K/20K برچسب ها | 44 روز کاری |
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک
● کنترل کیفیت داده های خام
● OTU Clustering/De-noise (ASV)
● حاشیه نویسی OTU
● تنوع آلفا
● تنوع بتا
● تحلیل بین گروهی
● تحلیل ارتباط در برابر عوامل تجربی
● پیش بینی عملکرد ژن
نمونه مورد نیاز و تحویل
نمونه مورد نیاز:
برایعصاره های DNA:
| نوع نمونه | میزان | تمرکز | خلوص |
| عصاره های DNA | ＞ 1 میکروگرم | ＞ 20 نانوگرم در میکرولیتر | OD260/280= 1.6-2.5 |
برای نمونه های محیطی:
| نوع نمونه | روش نمونه گیری توصیه شده |
| خاک | مقدار نمونه برداری: تقریبا5 گرم؛مواد پژمرده باقیمانده باید از سطح جدا شوند.قطعات بزرگ را آسیاب کرده و از فیلتر 2 میلی متری عبور دهید.نمونه ها را در لوله EP یا سیرو تیوب استریل برای رزرو به مقدار کافی تقسیم کنید. |
| مدفوع | مقدار نمونه برداری: تقریبا5 گرم؛نمونه ها را در لوله EP یا کرایوتوب استریل برای رزرو جمع آوری کنید. |
| محتویات روده | نمونه ها باید تحت شرایط آسپتیک پردازش شوند.شستشوی بافت جمع آوری شده با PBS.PBS را سانتریفیوژ کرده و رسوب دهنده را در لوله های EP جمع آوری کنید. |
| لجن | مقدار نمونه برداری: تقریبا5 گرم؛نمونه لجن را در لوله EP یا کرایوتوب استریل برای رزرو جمع آوری و به مقدار کافی تقسیم کنید. |
| بدنه آبی | برای نمونه با مقدار محدود میکروبی مانند آب لوله کشی، آب چاه و غیره، حداقل 1 لیتر آب جمع آوری کنید و از فیلتر 0.22 میکرومتر عبور دهید تا میکروبی روی غشاء غنی شود.غشا را در لوله استریل نگهداری کنید. |
| پوست | با دقت سطح پوست را با سواب پنبه ای یا تیغه جراحی استریل خراش دهید و آن را در لوله استریل قرار دهید. |
تحویل نمونه توصیه شده
نمونه ها را به مدت 3-4 ساعت در نیتروژن مایع منجمد کرده و در نیتروژن مایع یا 80- درجه تا رزرو طولانی مدت نگهداری کنید.حمل و نقل نمونه با یخ خشک مورد نیاز است.
جریان کار خدمات
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
1. نرخ حاشیه نویسی پروفایل جامعه میکروبی مبتنی بر V3+V4 (Illumina) در مقابل پروفایل مبتنی بر تمام طول (PacBio).
(داده های 30 پروژه به صورت تصادفی انتخاب شده برای آمار استفاده شد)
2. نرخ حاشیه نویسی توالی آمپلیکون تمام قد در سطح گونه در انواع مختلف نمونه
3. توزیع گونه
4. درخت فیلوژنتیک
کیس BMK
قرار گرفتن در معرض آرسنیک باعث آسیب به سد روده و در نتیجه فعال شدن محور روده-کبد می شود که منجر به التهاب و پیروپتوز کبد در اردک می شود.
منتشر شده:علم کل محیط زیست،2021
استراتژی توالی:
نمونه ها: کنترل در مقابل گروه در معرض 8 میلی گرم بر کیلوگرم ATO
بازده داده های توالی یابی: در مجموع 102583 توالی CCS خام
کنترل: 747 ± 54518 CCS موثر
در معرض ATO: 1675 ± 45050 CCS موثر
نتایج کلیدی
تنوع آلفا:قرار گرفتن در معرض ATO به طور قابل توجهی غنای میکروبی روده و تنوع را در اردک ها تغییر داد.
تجزیه و تحلیل متاستات:
در سطح شاخه: 2 فیلا باکتری فقط در گروه های کنترل شناسایی شد
در سطح جنس: 6 جنس از نظر فراوانی نسبی تفاوت معنی داری داشتند
در سطح گونه: در مجموع 36 گونه شناسایی شد که 6 گونه از آنها از نظر فراوانی مجدد تفاوت معنی داری داشتند.
ارجاع
Thingholm، LB، و همکاران."افراد چاق با و بدون دیابت نوع 2 ظرفیت و ترکیب عملکرد میکروبی روده متفاوتی از خود نشان می دهند."میزبان سلولی و میکروب26.2 (2019).
