سنجش کروماتین قابل دسترس برای ترانسپوزاز با توالییابی با توان عملیاتی بالا (ATAC-seq)
ویژگیهای خدمات
● این سرویس به جای اسیدهای نوکلئیک استخراج شده، به نمونههای بافتی نیاز دارد تا تعاملات DNA-پروتئین حفظ شود.
● روش ATAC شامل تفکیک بافت و به دنبال آن جداسازی هسته، تیمار و خالصسازی Tn5، تکثیر PCR، انتخاب اندازه و تعیین توالی است.
● تعیین توالی در Illumina NovaSeq
مزایای خدمات
●حساسیت بالا:تعداد کم سلولهای اولیه برای تهیه کتابخانه و تعیین توالی کافی است.
●تکنیک بسیار آموزنده: به طور همزمان مکانهای ژنومی کروماتین باز و عناصر تنظیمی فعال مانند جایگاههای اتصال فاکتور رونویسی را آشکار میکند.
●تکرارپذیری تجربی خوبتکرارپذیری فنی، تکرارپذیری بسیار خوبی را نشان میدهد.
●تخصص گستردهبا صدها پروژه توالییابی ATAC که با موفقیت به پایان رسیدهاند، BMKGENE بیش از یک دهه تجربه، یک تیم تجزیه و تحلیل بسیار ماهر، محتوای جامع و پشتیبانی عالی پس از فروش را به ارمغان میآورد.
●امکان همکاری با آنالیز رونوشتها: امکان تجزیه و تحلیل یکپارچه توالییابی ATAC با سایر دادههای اومیکس مانند RNA-seq را فراهم میکند.
● تجزیه و تحلیل جامع بیوانفورماتیکاین روش نه تنها شناسایی نواحی باز کروماتین و عملکرد مربوط به آنها (پروموتر، UT، اگزون، اینترون) را ممکن میسازد، بلکه تجزیه و تحلیل تفاوتهای بین نواحی باز کروماتین در بین نمونهها را نیز امکانپذیر میسازد.
مشخصات خدمات
| کتابخانه | استراتژی تعیین توالی | خروجی داده توصیه شده | کنترل کیفیت |
| توالی ATAC | ایلومینا PE150 | > 20 میلیون بار خوانده شده بسته به اندازه ژنوم (انسان: ۵۰ میلیون مطالعه) | Q30≥85٪ |
الزامات نمونه
نوع نمونه: بافت، سلولهای زنده یا منجمد، خون
● شماره سلول: ≥ ۱۰6سلولها
● وزن بافت: ≥ ۲۰۰ میلیگرم بافت تازه
● خون: ≥ ۴ میلیلیتر
جریان کار خدمات
طراحی آزمایش
تحویل نمونه
استخراج DNA
ساخت کتابخانه
توالییابی
تحلیل دادهها
خدمات پس از فروش
شامل تحلیلهای زیر است:
● کنترل کیفیت دادههای خام؛
● فراخوانی اوج بر اساس نگاشت به ژنوم مرجع؛
● حاشیهنویسی ژن روی مکان پیک؛
● تحلیل موتیف: شناسایی جایگاههای اتصال فاکتور رونویسی (TFBS)؛
● تحلیل و حاشیهنویسی پیک تفاضلی.
۱. نقشه حرارتی روی توزیع خوانشهای ATAC در TSS و مناطق مجاور (±۳ کیلوبایت)
۲. توزیع ناحیه کروماتین باز در اجزای مختلف ژنوم
۳. اوجگیری تفاضلی بین گروهها
پیشرفتهای تحقیقاتی حاصل از خدمات توالییابی ATAC شرکت BMKGene را از طریق مجموعهای منتخب از نشریات، بررسی کنید.
فو، آ.و همکاران(2023) «مونتاژ ژنوم تلومر به تلومر خربزه تلخ (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) ویژگیهای ژنتیکی رشد، ترکیب و رسیدن میوه را آشکار میکند»،تحقیقات باغبانی، 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
گونگ، بی.و همکاران(2023) 'فعالسازی اپیژنتیکی و رونویسی کیناز ترشحی FAM20C به عنوان یک انکوژن در گلیوما'،مجله ژنتیک و ژنومیک، 50 (6)، ص 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
سلام.و همکاران(۲۰۲۳) «بوتیرات با القای سرکوب xCT وابسته به c-Fos، مقاومت به فروپتوز را در سرطان روده بزرگ معکوس میکند»،زیستشناسی ردوکس، ۶۵، ص. ۱۰۲۸۲۲. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
