محصولات

*نتایج آزمایشی نشان داده شده در اینجا، همگی از ژنوم‌های منتشر شده با فناوری‌های نشانگر زیستی هستند.

۱. تخمین زمان درج LTR: شکل، توزیع دووجهی منحصر به فردی را در زمان‌های درج LTR-RTs در ژنوم چاودار وینینگ، در مقایسه با سایر گونه‌ها نشان می‌دهد. جدیدترین اوج حدود ۰.۵ میلیون سال پیش ظاهر شد.

لی گوانگ و همکارانژنتیک طبیعت، ۲۰۲۱

۲. فیلوژنی و تجزیه و تحلیل خانواده ژنی در گیاه چایوت (Sechium edule): با تجزیه و تحلیل چایوت و ۱۳ گونه مرتبط دیگر در خانواده ژنی، مشخص شد که چایوت بیشترین ارتباط را با کدوی مار (Trichosanthes anguina) دارد. چایوت در حدود ۲۷ تا ۴۵ میلیون سال پیش از کدوی مار مشتق شده و تکثیر کل ژنوم (WGD) در چایوت در ۲۵±۴ میلیون سال پیش مشاهده شد که سومین رویداد WGD در خانواده کوکوئیبیتاسه است.

فو آ و همکاران،تحقیقات باغبانی، ۲۰۲۱

۳. تحلیل سینتنی: برخی از ژن‌های مرتبط با هورمون‌های گیاهی در رشد میوه در چایوت، کدوی مار و کدو حلوایی یافت شدند. همبستگی بین چایوت و کدو حلوایی کمی بیشتر از همبستگی بین چایوت و کدوی مار است.

فو آ و همکاران،تحقیقات باغبانی، ۲۰۲۱

۴. آنالیز خانواده ژنی: غنی‌سازی KEGG روی گسترش و انقباض خانواده ژنی در ژنوم‌های G.thurberi و G.davidsonii نشان داد که ژن‌های مرتبط با بیوسنتز استروئید و بیوسنتز براسینواستروئید گسترش یافته‌اند.

یانگ زد و همکاران،زیست‌شناسی BMC، ۲۰۲۱

۵. تحلیل تکثیر کل ژنوم: تحلیل توزیع 4DTV و Ks رویداد تکثیر کل ژنوم را نشان داد. اوج‌های درون گونه‌ای رویدادهای تکثیر را نشان دادند. اوج‌های بین گونه‌ای رویدادهای گونه‌زایی را نشان دادند. این تحلیل نشان داد که در مقایسه با سه گونه نزدیک دیگر، O. europaea اخیراً تکثیر ژن در مقیاس بزرگ را تجربه کرده است.

رائو جی و همکاران،تحقیقات باغبانی، ۲۰۲۱

کیس BMK

گل رز بدون خار: بینش‌های ژنومی مرتبط با سازگاری با رطوبت

منتشر شده: نشریه نشنال ساینس ریویو، ۲۰۲۱

استراتژی تعیین توالی:

«باسی»بی خار' (آر.ویشورائینان) ژنوم:
تقریباً ۹۳ برابر PacBio + تقریباً ۹۰ برابر Nanopore + ۲۶۷ برابر Illumina

نتایج کلیدی

۱. ژنوم با کیفیت بالای R.wichuraiana با استفاده از تکنیک‌های توالی‌یابی با خوانش طولانی ساخته شد که منجر به مجموعه‌ای به طول ۵۳۰.۰۷ مگابایت شد (اندازه ژنوم تخمینی تقریباً ۵۲۵.۹ مگابایت با استفاده از فلوسیتومتری و ۵۲۵.۵ با استفاده از بررسی ژنوم بود؛ هتروزیگوسیتی حدود ۱.۰۳٪ بود). امتیاز تخمینی BUSCO ۹۳.۹٪ بود. در مقایسه با "Old blush" (haploOB)، کیفیت و کامل بودن این ژنوم با دقت تک‌بازی پایه و شاخص مونتاژ LTR (LAI=20.03) تأیید شد. ژنوم R.wichuraiana شامل ۳۲۶۷۴ ژن کدکننده پروتئین است.

۲. تجزیه و تحلیل مشترک چند اُمیکس، شامل ژنومیکس مقایسه‌ای، ترانسکریپتومیکس، تجزیه و تحلیل QTL جمعیت ژنتیکی، گونه‌زایی حیاتی بین R. wichuraiana و Rosa chinensis را نشان داد. همچنین، تغییر بیان ژن‌های مرتبط در QTL احتمالاً با الگوی خارهای ساقه مرتبط بود.

تجزیه و تحلیل ژنومی مقایسه‌ای بین گونه‌های Basye;s Thornless و Rosa chinensis شامل تجزیه و تحلیل سینتنی، خوشه‌بندی خانواده ژنی، تجزیه و تحلیل انبساط و انقباض، تعداد زیادی از تغییرات را نشان داد که مربوط به صفات حیاتی در گل رز بودند. گسترش منحصر به فرد در خانواده ژنی NAC و FAR1/FRS به احتمال زیاد با مقاومت به لکه سیاه مرتبط بود.

ژونگ، م. و همکاران. «رز بدون خار: بینش‌های ژنومی مرتبط با سازگاری با رطوبت»نشریه نشنال ساینس ریویو، ۲۰۲۱؛، nwab092.