BMKCloud Log in
条形banner-03

محصولات

توالی یابی DNA/RNA - PacBio Sequencer

پلتفرم توالی یابی PacBio یک پلت فرم توالی یابی طولانی مدت است که به عنوان یکی از فناوری های توالی یابی نسل سوم (TGS) نیز شناخته می شود.فناوری اصلی، تک مولکولی بلادرنگ (SMRT)، تولید خواندن با طول ده‌ها کیلو پایه را توانمند می‌سازد.بر اساس "توالی بر اساس سنتز"، وضوح تک نوکلئوتیدی توسط موجبر حالت صفر (ZMW) به دست می آید، که در آن تنها حجم محدودی در پایین (محل سنتز مولکول) روشن می شود.علاوه بر این، توالی یابی SMRT تا حد زیادی از تعصب خاص توالی در سیستم NGS جلوگیری می کند، زیرا بیشتر مراحل تقویت PCR در فرآیند ساخت کتابخانه مورد نیاز نیست.

 

پلتفرم: Sequel II, Revio


جزئیات خدمات

نتایج نسخه ی نمایشی

امکانات

دو حالت توالی‌یابی در توالی‌سنج PacBio: خواندن طولانی مداوم (CLR) و خواندن اجماع دایره‌ای (CCS)

حالت توالی اندازه کتابخانه داده های نظریبازده (در هر سلول) تک پایهدقت برنامه های کاربردی
CLR 20 کیلوبایت، 30 کیلوبایت و غیره 80 گیگ تا 130 گیگ تقریبا85% نو، تماس SV و غیره
CCS 15-20 کیلوبایت

14 تا 40 گیگابیت / سلول (دنباله دوم)

70 تا 110 گیگابیت/سلول (Revio)

بستگی به نمونه ها داره

تقریبا99% نو، تماس SNP/Indel/SV، Iso-Seq،

مقایسه عملکرد و ویژگی های Revio و Sequel II

مقررات

سیستم دنباله دوم

سیستم Revio

افزایش دادن

تراکم بالاتر

8 میلیون ZMW

25 میلیون ZMW

3x

مراحل مستقل

1

4

4x

زمان اجرا کوتاه تر

30 ساعت

24 ساعت

1.25 برابر

30 برابر ژنوم انسان HiFi / سال

88

1300

1در کل 5 برابر

مزایای خدمات

● بیش از 8 سال تجربه در پلتفرم توالی یابی PacBio با هزاران پروژه بسته با گونه های مختلف.

● کاملاً مجهز به آخرین پلتفرم‌های PacBio Sequencing، Revio برای تضمین توان عملیاتی توالی کافی.

● زمان چرخش سریع تر، بازده داده بالاتر و داده های دقیق تر.

● در صدها نشریه پر تاثیر مبتنی بر PacBio مشارکت داشته است.

نمونه مورد نیاز


نوع نمونه میزان غلظت (Qubit®) جلد خلوص دیگران
DNA ژنومی به داده مورد نیاز بستگی دارد ≥50 نانوگرم در میکرولیتر ≥15μl OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5;
پیک شفاف در 260 نانومتر،بدون آلودگی
غلظت باید با کیوبیت و کوبیت/نانوپور = 0.8-2.5 اندازه گیری شود.
RNA کل ≥1.2μg ≥120 نانوگرم در میکرولیتر ≥15μl OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5;بدون آلودگی

مقدار RIN ≥7.5

5≥28S/18S≥1

 

گردش کار خدمات

آماده سازی نمونه

آماده سازی نمونه

آماده سازی کتابخانه

ساخت کتابخانه

ترتیب دهی

ترتیب دهی

تحلیل داده ها

تحلیل داده ها

QC نمونه

تحویل پروژه


  • قبلی:
  • بعد:

  • 1. بازده داده های داخلی

    داده های تولید شده از 63 سلول CCS (از 26 گونه)

    داده ها-PacBio-CCS-15 Kb میانگین حداکثر حداقل میانه
    بازده - زیرخوانده ها (گیگابایت) 421.12 544.27 221.38 426.58
    Yiled - CCS (گیگابایت) 25.93 38.59 10.86 25.43
    پلیمراز N50 145651 175,430 118,118 144689
    زیرخوان N50 17,509 23,924 12,485 17584
    CCS N50 14,490 19,034 9,876 14747
    طول متوسط ​​- پلیمراز 67995 89,379 49664 66,433
    طول متوسط-زیر نان 15,866 21,036 11657 16,012
    طول متوسط-CCS 14,489 19,074 8575 14655

    داده های تولید شده از 16 سلول CLR (از 76 گونه)

    DATA-PacBio-CLR-30Kb میانگین حداکثر حداقل میانه
    بازده - زیرخوانده ها (گیگابایت) 142.20 291.40 50.55 142.49
    پلیمراز N50 39,456 121,191 15,389 35231
    زیرخوان N50 28,490 41,012 14,430 29,063
    طول متوسط ​​- پلیمراز 22063 48886 8747 21,555
    طول متوسط-زیر نان 17720 27,225 8293 17779

    2.Data QC - نسخه ی نمایشیآمار مربوط به بازده داده ها

    نمونه

    ccs تعداد را می خواند

    مجموع ccs پایه (bp)

    ccs خواندن N50 (bp)

    ccs میانگین طول (bp)

    ccs طولانی ترین خوانده شده (bp)

    پایه‌های فرعی (bp)

    نرخ سی سی (%)

    PB_BMKxxx

    3,444,159

    54,164,122,586

    15728

    15726

    36110

    863,326,330,465

    6.27

     

    دریافت یک نقل قول

    پیام خود را اینجا بنویسید و برای ما ارسال کنید

    پیام خود را برای ما ارسال کنید: