توالییابی DNA/RNA – توالییاب نانوحفره
جزئیات خدمات ویژگیها
| پلتفرم | اندازه کتابخانه | بازده دادههای نظری (به ازای هر سلول) | دقت تک پایه | کاربردها |
| نانوحفره | ۸ کیلوبایت، ۱۰ کیلوبایت، ۲۰ کیلوبایت، فوق بلند، cDNA-PCR | 70-90 گیگابایت/سلول | ۸۵-۹۲٪ | فراخوانی SV، De novo، توالییابی کامل، Iso-Seq، حاشیهنویسی ژن، تشخیص متیلاسیون DNA |
مزایای خدمات
● بیش از ۵ سال تجربه در پلتفرم توالییابی PacBio با هزاران پروژهی خاتمهیافته با گونههای مختلف.
● BMKGENE شریک رسمی Oxford Nanopore است و دارای گواهینامه دو پلتفرم RNA/DNA میباشد.
● مدلهای رایجی از توالییابها با تجهیزات کامل و توان عملیاتی کافی برای توالییابی وجود دارد.
● بر اساس پلتفرم نانوپور، بیش از ۱۰ تحقیق حیوانی و گیاهی دنووو در مجلات معتبر بینالمللی منتشر شده است.
الزامات نمونه
| نوع نمونه | مبلغ | غلظت (کیوبیت®) | حجم | خلوص | دیگران |
| دیانای ژنومی | بستگی به نیاز داده دارد | ≥20 نانوگرم در میکرولیتر | ≥15 میکرولیتر | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5 پیک واضح در 260 نانومتر، بدون آلودگی | غلظت باید توسط کیوبیت و کیوبیت/نانوپور ≤ ۲ اندازهگیری شود |
| کل RNA | ≥1.2 میکروگرم | ≥100 میکروگرم در میکرولیتر | ≥15 میکرولیتر | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230 = 0.5-2.5 ； بدون آلودگی | مقدار RIN ≥7.5 |
گردش کار خدمات
آمادهسازی نمونه
ساخت کتابخانه
توالییابی
تحلیل دادهها
تحویل پروژه
ارزیابی کیفیت دادهها از نمونه DNA
جدول 1. آمار مربوط به دادههای پاک.
| بیامکیدی | شماره سریال خام | پایگاه داده rawSumBase | شماره سریال تمیز | cleanSumBase | تمیزN50Len | تمیزN90Len | cleanMeanLen | کلین مکس لن | cleanMeanQual |
| DNA_BMK01 | ۱,۲۱۸,۲۳۹ | ۲۶.۳۷ | ۱,۱۲۱,۷۳۶ | ۲۵.۹۰ | ۲۸,۰۱۴ | ۱۵,۷۶۴ | ۲۳,۰۹۰ | ۱۴۳,۱۸۱ | 9 |
ارزیابی کیفیت دادهها از نمونه RNA
جدول 1. آمار مربوط به دادههای پاک.
| نام فایل | شناسه مشتری | شماره خوانده شده | شماره پایه | N50 | میانگین طول | حداکثر طول | میانگین کیواسکور |
| RNA_BMK001 | C2 | ۸,۹۴۷,۷۰۸ | ۴,۰۴۷,۲۳۰,۰۸۳ | ۳۹۸ | ۴۵۲ | ۱۲۹,۲۲۷ | سوال ۱۲ |
شکل ۱. توزیع طول خواندن
شکل ۲. توزیع امتیاز کیفیت دادههای پاک
شکل ۳. توزیع طول و امتیاز کیفیت دادههای پاک
