-
توالی یابی ژنوم گیاهی/حیوانی De novo
نوتوالی یابی به ساخت کل ژنوم یک گونه با استفاده از فناوری های توالی یابی، به عنوان مثال PacBio، Nanopore، NGS و غیره در غیاب ژنوم مرجع اشاره دارد.بهبود قابل توجه در طول خواندن فن‌آوری‌های توالی‌یابی نسل سوم، فرصت‌های جدیدی را در مونتاژ ژنوم‌های پیچیده، مانند ژنوم‌هایی با هتروزیگوسیته بالا، نسبت بالای مناطق تکراری، پلی پلوئیدها و غیره به ارمغان آورده است. حل عناصر تکراری، مناطق با محتوای GC غیر طبیعی و سایر مناطق بسیار پیچیده.
پلتفرم: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
مونتاژ ژنوم مبتنی بر Hi-C
Hi-C روشی است که برای ثبت پیکربندی کروموزوم با ترکیب برهمکنش‌های مبتنی بر مجاورت و توالی‌یابی با توان بالا طراحی شده است.اعتقاد بر این است که شدت این فعل و انفعالات با فاصله فیزیکی روی کروموزوم ها همبستگی منفی دارد.بنابراین، داده‌های Hi-C می‌توانند خوشه‌بندی، ترتیب و جهت‌یابی توالی‌های مونتاژ شده در یک ژنوم پیش‌نویس را راهنمایی کنند و آن‌ها را روی تعداد مشخصی از کروموزوم‌ها متصل کنند.این فناوری یک مجموعه ژنومی در سطح کروموزوم را در غیاب نقشه ژنتیکی مبتنی بر جمعیت تقویت می کند.هر ژنوم به یک Hi-C نیاز دارد.
پلتفرم: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
ژنتیک تکاملی
ژنتیک تکاملی یک سرویس توالی یابی بسته بندی شده است که برای ارائه تفسیری جامع از اطلاعات تکاملی مواد داده شده بر اساس تغییرات ژنتیکی، از جمله SNPs، InDels، SVs و CNV طراحی شده است.تمام تحلیل‌های بنیادی مورد نیاز برای توصیف تغییرات تکاملی و ویژگی‌های ژنتیکی جمعیت‌ها، مانند ساختار جمعیت، تنوع ژنتیکی، روابط فیلوژنی، و غیره را ارائه می‌دهد. همچنین شامل مطالعاتی در مورد جریان ژن است که تخمین اندازه جمعیت مؤثر، زمان واگرایی را امکان‌پذیر می‌سازد.
-
ژنومیک مقایسه ای
ژنومیک مقایسه ای در لغت به معنای مقایسه توالی ژنوم کامل و ساختار گونه های مختلف است.هدف این رشته آشکار کردن تکامل گونه‌ها، عملکرد ژن، مکانیسم تنظیم ژن در سطح ژنوم با شناسایی ساختارهای توالی و عناصری است که در گونه‌های مختلف حفظ یا تمایز یافته‌اند.مطالعه ژنومیک مقایسه ای معمولی شامل تجزیه و تحلیل در خانواده ژن، تکامل تکاملی، تکثیر کل ژنوم، فشار انتخابی و غیره است.
-
تجزیه و تحلیل تفکیک انبوه
تجزیه و تحلیل تفکیک حجیم (BSA) تکنیکی است که برای شناسایی سریع نشانگرهای ژنتیکی مرتبط با فنوتیپ استفاده می شود.گردش کار اصلی BSA شامل انتخاب دو گروه از افراد با فنوتیپ های بسیار متضاد، ادغام DNA همه افراد برای تشکیل دو قسمت عمده DNA، شناسایی توالی های متفاوت بین دو مخزن است.این تکنیک به طور گسترده در شناسایی نشانگرهای ژنتیکی که به شدت با ژن های هدفمند در ژنوم های گیاهی/حیوانی مرتبط هستند، به کار گرفته شده است.
