مونتاژ ژنوم مبتنی بر Hi-C
Hi-C روشی است که برای ثبت پیکربندی کروموزوم با ترکیب تعاملات مبتنی بر مجاورت کاوش و توالییابی با توان عملیاتی بالا طراحی شده است. اعتقاد بر این است که شدت این تعاملات با فاصله فیزیکی روی کروموزومها همبستگی منفی دارد. بنابراین، از دادههای Hi-C برای هدایت خوشهبندی، مرتبسازی و جهتدهی توالیهای مونتاژ شده در یک ژنوم پیشنویس و اتصال آنها به تعداد مشخصی از کروموزومها استفاده میشود. این فناوری، مونتاژ ژنوم در سطح کروموزوم را در غیاب نقشه ژنتیکی مبتنی بر جمعیت امکانپذیر میکند. هر ژنوم به یک Hi-C نیاز دارد.
ویژگیهای خدمات
● تعیین توالی روی Illumina NovaSeq با PE150.
● این سرویس به جای اسیدهای نوکلئیک استخراج شده، به نمونههای بافتی نیاز دارد تا با فرمالدئید پیوند عرضی برقرار کرده و برهمکنشهای DNA-پروتئین را حفظ کند.
● آزمایش Hi-C شامل محدود کردن و ترمیم انتهای چسبنده با بیوتین و به دنبال آن حلقهای کردن انتهای صاف حاصل با حفظ برهمکنشها است. سپس DNA با مهرههای استرپتاویدین کشیده شده و برای تهیه کتابخانه بعدی خالصسازی میشود.
مزایای خدمات
نمای کلی از Hi-C
(لیبرمن-آیدن ای و همکاران،علم، ۲۰۰۹)
●حذف نیاز به دادههای ژنتیکی جمعیت:Hi-C جایگزین اطلاعات ضروری مورد نیاز برای لنگر انداختن کانتیگ میشود.
●تراکم بالای نشانگر:که منجر به نسبت لنگراندازی کانتیگ بالای ۹۰٪ میشود.
●سوابق تخصصی و انتشارات گسترده:BMKGene تجربه گستردهای در زمینه بیش از ۲۰۰۰ مورد مونتاژ ژنوم Hi-C از ۱۰۰۰ گونه مختلف و ثبت اختراعات متنوع دارد. بیش از ۲۰۰ مورد منتشر شده، ضریب تأثیر تجمعی بیش از ۲۰۰۰ دارند.
●تیم بیوانفورماتیک بسیار ماهر:با داشتن حق ثبت اختراع و کپیرایت نرمافزار داخلی برای آزمایشهای Hi-C و تجزیه و تحلیل دادهها، نرمافزار تجسم دادههای توسعهیافته توسط خود شرکت، امکان جابجایی، معکوس کردن، لغو و انجام مجدد بلوکها را به صورت دستی فراهم میکند.
●پشتیبانی پس از فروش:تعهد ما فراتر از تکمیل پروژه است و شامل یک دوره خدمات پس از فروش ۳ ماهه میشود. در این مدت، ما پیگیری پروژه، کمک در رفع مشکلات و جلسات پرسش و پاسخ را برای رسیدگی به هرگونه سوال مربوط به نتایج ارائه میدهیم.
●حاشیهنویسی جامعما از چندین پایگاه داده برای حاشیهنویسی عملکردی ژنها با تغییرات شناساییشده و انجام تجزیه و تحلیل غنیسازی مربوطه استفاده میکنیم و بینشهایی را در مورد پروژههای تحقیقاتی متعدد ارائه میدهیم.
مشخصات خدمات
| آماده سازی کتابخانه | استراتژی تعیین توالی | خروجی داده توصیه شده | کنترل کیفیت |
| کتابخانه Hi-C | ایلومینا نواسک PE150 | ۱۰۰ برابر | Q30 ≥ 85% |
الزامات نمونه
| بافت | مقدار مورد نیاز |
| احشاء حیوانات | ≥ ۲ گرم |
| عضله حیوانات | |
| خون پستانداران | ≥ ۲ میلیلیتر |
| خون مرغ/ماهی | |
| گیاه - برگ تازه | ≥ ۳ گرم |
| سلولهای کشتشده | ≥ ۱x۱۰7 |
| حشره | ≥ ۲ گرم |
جریان کار خدمات
طراحی آزمایش
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
توالییابی
تحلیل دادهها
خدمات پس از فروش
۱) کنترل کیفیت دادههای خام
۲) کنترل کیفیت کتابخانه Hi-C: تخمین برهمکنشهای معتبر Hi-C
۳) مونتاژ Hi-C: خوشهبندی کانتیگها در گروهها، و به دنبال آن مرتبسازی کانتیگها در هر گروه و تعیین جهت کانتیگها
۴) ارزیابی Hi-C
کنترل کیفیت کتابخانه Hi-C - تخمین جفتهای برهمکنش معتبر Hi-C
مونتاژ Hi-C - آمار
ارزیابی پس از مونتاژ - نقشه حرارتی شدت سیگنال بین سطلها
پیشرفتهای حاصل از خدمات مونتاژ Hi-C شرکت BMKGene را از طریق مجموعهای منتخب از نشریات، بررسی کنید.
تیان، تی. و همکاران (2023) «مونتاژ ژنوم و تشریح ژنتیکی یک ژرمپلاسم ذرت مقاوم به خشکی برجسته»، Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
وانگ، زیال و همکاران (۲۰۲۰) «مجموعهای در مقیاس کروموزومی از ژنوم زنبور عسل آسیایی Apis cerana»، Frontiers in Genetics، ۱۱، صفحه ۵۲۴۱۴۰. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
ژانگ، ف. و همکاران (2023) «آشکارسازی تکامل بیوسنتز آلکالوئیدهای تروپان با تجزیه و تحلیل دو ژنوم در خانواده Solanaceae»، Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
ژانگ، ایکس. و همکاران. (2020) «ژنومهای درخت انجیر و زنبور گردهافشان، بینشهایی در مورد تکامل مشترک زنبور انجیر ارائه میدهند»، سلول، 183(4)، صفحات 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
