مونتاژ ژنوم مبتنی بر Hi-C
مزایای خدمات
نمای کلی Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,علوم پایه، 2009)
● عدم نیاز به ساخت جمعیت ژنتیکی برای لنگر انداختن contig.
● چگالی نشانگر بالاتر که منجر به نسبت لنگر زدن بیشتر در بالای 90 درصد می شود.
● ارزیابی و اصلاحات روی مجموعه های ژنوم موجود را فعال می کند.
● زمان چرخش کوتاه تر با دقت بالاتر در مونتاژ ژنوم.
● تجربه فراوان با بیش از 1000 کتابخانه Hi-C که برای بیش از 500 گونه ساخته شده است.
● بیش از 100 مورد موفق با ضریب تأثیر تجمعی منتشر شده بیش از 760؛
● مونتاژ ژنوم مبتنی بر Hi-C برای ژنوم پلی پلوئید، نرخ لنگر 100٪ در پروژه قبلی به دست آمد.
● پتنت های داخلی و حق نسخه برداری نرم افزار برای آزمایش های Hi-C و تجزیه و تحلیل داده ها.
● نرم‌افزار تنظیم داده‌های تجسم‌شده که خود توسعه یافته است، حرکت دستی بلوک، معکوس کردن، لغو و انجام مجدد را امکان‌پذیر می‌سازد.
مشخصات خدمات
|
نوع کتابخانه
|
سکو | طول را بخوانید | پیشنهاد استراتژی |
| سلام-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک
● کنترل کیفیت داده های خام
● کنترل کیفیت کتابخانه Hi-C
● مجموعه ژنوم مبتنی بر Hi-C
● ارزیابی پس از مونتاژ
نمونه مورد نیاز و تحویل
نمونه مورد نیاز:
| حیوان | قارچ | گیاهان
|
| بافت منجمد: 1-2 گرم در هر کتابخانه سلول ها: 1×10^7 سلول در هر کتابخانه | بافت منجمد: 1 گرم در هر کتابخانه | بافت منجمد: 1-2 گرم در هر کتابخانه
|
| *ما اکیداً توصیه می کنیم حداقل 2 مقدار (هر کدام 1 گرم) برای آزمایش Hi-C ارسال شود. | ||
تحویل نمونه توصیه شده
ظرف: لوله سانتریفیوژ 2 میلی لیتری (فیل قلع توصیه نمی شود)
برای اکثر نمونه ها، توصیه می کنیم در اتانول نگهداری نشود.
برچسب زدن نمونه: نمونه ها باید به وضوح برچسب گذاری شده و با فرم اطلاعات نمونه ارسالی یکسان باشند.
حمل و نقل: یخ خشک: نمونه ها باید ابتدا در کیسه های بسته بندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
جریان کار خدمات
طراحی آزمایش
تحویل نمونه
استخراج DNA
ساخت کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
*نتایج آزمایشی نشان داده شده در اینجا همه از ژنوم های منتشر شده با Biomarker Technologies هستند
1.Hi-C برهمکنش نقشه حرارتیCamptotheca acuminataژنومهمانطور که در نقشه نشان داده شده است، شدت برهمکنش ها با فاصله خطی همبستگی منفی دارد که نشان دهنده یک مجموعه بسیار دقیق در سطح کروموزوم است.(نسبت لنگر: 96.03%)
کانگ ام و همکاران،ارتباطات طبیعت، 2021
2.Hi-C اعتبار سنجی وارونگی بین را تسهیل می کندگوسیپیوم هیرسوتومL. TM-1 A06 وG. aboreumChr06
یانگ زی و همکاران،Nature Communications، 2019
3. مونتاژ و تمایز دو آللی ژنوم کاساوا SC205.نقشه حرارتی Hi-C شکاف واضح در کروموزوم های همولوگ را نشان می دهد.
هو دبلیو و همکاران،گیاه مولکولی، 2021
4. نقشه حرارتی Hi-C روی مجموعه ژنوم دو گونه فیکوس:F.microcarpa(نسبت لنگر: 99.3%) وF.hispida (نسبت لنگر: 99.7%)
ژانگ ایکس و همکاران،سلول، 2020
کیس BMK
ژنوم درخت بانیان و زنبور گرده افشان اطلاعاتی در مورد تکامل همزمان انجیر و زنبور ارائه می دهد
منتشر شده: سلول، 2020
استراتژی توالی:
F. microcarpa ژنوم: تقریبا84 X PacBio RSII (36.87 گیگابایت) + Hi-C (44 گیگابایت)
F. hispidaژنوم: تقریبا97 X PacBio RSII (36.12 گیگابایت) + Hi-C (60 گیگابایت)
Eupristina verticillataژنوم: تقریبا170 X PacBio RSII (65 گیگابایت)
نتایج کلیدی
1. دو ژنوم درخت بانیان و یک ژنوم زنبور گرده افشان با استفاده از توالی یابی PacBio، Hi-C و نقشه پیوند ساخته شد.
(1)F. microcarpaژنوم: مجموعه ای از 426 مگابایت (97.7٪ از اندازه ژنوم تخمینی) با Contig N50 908 Kb، امتیاز BUSCO 95.6٪ ایجاد شد.در مجموع توالی‌های 423 مگابایتی توسط Hi-C به 13 کروموزوم متصل شدند.حاشیه نویسی ژنوم 29416 ژن کد کننده پروتئین را به همراه داشت.
(2)اف هیسپیداژنوم: مجموعه ای از 360 مگابایت (97.3٪ از اندازه ژنوم تخمینی) با Contig N50 492 Kb و امتیاز BUSCO 97.4٪ عملکرد داشت.در مجموع توالی های 359 مگابایتی بر روی 14 کروموزوم توسط Hi-C و بسیار مشابه با نقشه پیوندی با چگالی بالا لنگر انداختند.
(3)Eupristina verticillataژنوم: مجموعه ای از 387 مگابایت (اندازه تخمینی ژنوم: 382 مگابایت) با Contig N50 3.1 Mb و امتیاز BUSCO 97.7٪ ایجاد شد.
2. تجزیه و تحلیل ژنومیک مقایسه ای تعداد زیادی از تغییرات ساختاری بین دو را نشان دادفیکوسژنوم ها، که منبع ژنتیکی ارزشمندی را برای مطالعات تکامل تطبیقی فراهم می کند.این مطالعه، برای اولین بار، بینش هایی را در مورد تکامل همزمان انجیر و زنبور در سطح ژنومی ارائه کرد.
 نمودار سیرکوس در مورد ویژگی های ژنومی دوفیکوسژنوم ها، از جمله کروموزوم ها، تکرارهای سگمنتال (SDs)، ترانسپوزون ها (LTR، TEs، DNA TEs)، بیان ژن و synteny |  شناسایی کروموزوم Y و ژن کاندید تعیین جنسیت |
ژانگ، X.، و همکاران.ژنوم درخت بانیان و زنبور گرده‌افشان، بینش‌هایی را در مورد تکامل همزمان انجیر و زنبور فراهم می‌کند.سلول 183.4 (2020).
