توالی بدون کدگذاری طولانی-Illumina
مزایای خدمات
● مزایای خدمات
● خاص سلولی و بافتی
● مرحله خاص تغییر بیان پویا را بیان و ارائه می کند
● الگوهای دقیق بیان زمان و مکان
● تجزیه و تحلیل مشترک با داده های mRNA.
● تحویل نتایج مبتنی بر BMKCloud: داده کاوی سفارشی شده در پلتفرم موجود است.
● خدمات پس از فروش با اعتبار 3 ماه پس از اتمام پروژه
نمونه مورد نیاز و تحویل
| کتابخانه | سکو | داده های توصیه شده | QC داده ها |
| کاهش rRNA | ایلومینا PE150 | 10 گیگ | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | مقدار (μg) | خلوص | تمامیت |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 آلودگی پروتئین یا DNA محدود یا بدون آلودگی روی ژل نشان داده شده است. | برای گیاهان: RIN≥6.5; برای حیوانات: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ارتفاع پایه محدود یا بدون ارتفاع |
نوکلئوتیدها:
بافت: وزن (خشک): ≥1 گرم
*برای بافت کوچکتر از 5 میلی گرم، توصیه می کنیم نمونه بافت منجمد شده (در نیتروژن مایع) را ارسال کنید.
سوسپانسیون سلولی: تعداد سلول = 3×107
*ما توصیه می کنیم لیز سلولی منجمد را ارسال کنید.در صورتی که تعداد آن سلول کوچکتر از 10×5 باشد5، منجمد فلاش در نیتروژن مایع توصیه می شود.
نمونه های خون:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIZol و 2mL خون (TRIzol:Blood=3:1)
تحویل نمونه توصیه شده
ظرف: لوله سانتریفیوژ 2 میلی لیتری (فیل قلع توصیه نمی شود)
برچسب زدن نمونه: گروه + تکرار به عنوان مثال A1، A2، A3.B1، B2، B3...
حمل و نقل:
1. یخ خشک: نمونه ها باید در کیسه های بسته بندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
لوله های پایدار RNA: نمونه های RNA را می توان در لوله تثبیت کننده RNA (به عنوان مثال RNAstable®) خشک کرد و در دمای اتاق حمل کرد.
جریان کار خدمات
طراحی آزمایش
تحویل نمونه
استخراج RNA
ساخت کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
بیوانفورماتیک
1. طبقه بندی LncRNA
LncRNA پیش‌بینی‌شده توسط چهار نرم‌افزار بالا به 4 دسته طبقه‌بندی شد: lincRNA، anti-sense-LncRNA، intronic-LncRNA.حس-LncRNA.طبقه بندی LncRNA در هیستوگرام زیر نشان داده شده است.
طبقه بندی LncRNA
2. ژن‌های هدف‌دار Cis در تجزیه و تحلیل غنی‌سازی DE-lncRNA
ClusterProfiler در تجزیه و تحلیل غنی‌سازی GO بر روی ژن‌های هدف‌گیری سیس lncRNA با بیان متفاوت (DE-lncRNA)، از نظر فرآیندهای بیولوژیکی، عملکردهای مولکولی و اجزای سلولی استفاده شد.تجزیه و تحلیل غنی‌سازی GO فرآیندی برای شناسایی اصطلاحات GO غنی‌شده با هدایت DEG در مقایسه با کل ژنوم است.اصطلاحات غنی شده در هیستوگرام، نمودار حباب و غیره مطابق شکل زیر ارائه شدند.
ژن‌های هدف‌دار سیس تجزیه و تحلیل غنی‌سازی DE-lncRNA - نمودار حباب
3. با مقایسه طول، تعداد اگزون، ORF و میزان بیان mRNA و lncRNA، می‌توانیم تفاوت‌های ساختار، توالی و غیره بین آنها را درک کنیم و همچنین بررسی کنیم که آیا lncRNA جدید پیش‌بینی‌شده توسط ما با ویژگی‌های کلی مطابقت دارد یا خیر.
کیس BMK
نمایه بیان lncRNA تنظیم نشده در آدنوکارسینوم ریه موش با جهش KRAS-G12D و ناک اوت P53
منتشر شده:مجله پزشکی سلولی و مولکولی،2019
استراتژی توالی
ایلومینا
مجموعه نمونه
سلول های NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) و سلول های کنترل منفی (sh-Scr) در روز 6 عفونت ویروسی خاص به دست آمدند.
نتایج کلیدی
این مطالعه به بررسی lncRNA های بیان شده نابجا در آدنوکارسینوم ریه موش با ناک اوت P53 و جهش KrasG12D می پردازد.
1.6424 lncRNA به طور متفاوت بیان شد (≥ 2 برابر تغییر، P <0.05).
2. در میان تمام 210 lncRNA (FC≥8)، بیان 11 lncRNA به ترتیب توسط P53، 33 lncRNA توسط KRAS و 13 lncRNA توسط هیپوکسی در سلول‌های KP اولیه تنظیم شد.
3.NONMMUT015812، که به طور قابل توجهی در آدنوکارسینوم ریه موش تنظیم شده بود و با بیان مجدد P53 تنظیم منفی شد، برای تجزیه و تحلیل عملکرد سلولی آن شناسایی شد.
4. نابودی NONMMUT015812 توسط shRNA ها، توانایی تکثیر و مهاجرت سلول های KP را کاهش داد.NONMMUT015812 یک انکوژن بالقوه بود.
 تجزیه و تحلیل مسیر KEGG ژن‌های بیان شده متفاوت در سلول‌های KP Knockdown NONMMUT015812 |  تجزیه و تحلیل هستی‌شناسی ژن ژن‌های بیان شده متفاوت در سلول‌های KP Knockdown NONMMUT015812 |
ارجاع
نمایه بیان lncRNA تنظیم نشده در آدنوکارسینوم ریه موش با جهش KRAS-G12D و ناک اوت P53 [J].مجله پزشکی سلولی و مولکولی، 2019، 23(10).DOI: 10.1111/jcm.14584
