-
توالی یابی متاژنومیک (NGS)
متاژنوم به مجموعه ای از کل مواد ژنتیکی یک جامعه مختلط از موجودات، مانند متاژنوم محیطی، متاژنوم انسانی و غیره اشاره دارد که شامل ژنوم های میکروارگانیسم های قابل کشت و غیرقابل کشت است.توالی متاژنومیک ابزار مولکولی است که برای تجزیه و تحلیل مواد ژنومی مخلوط استخراج شده از نمونه های محیطی استفاده می شود که اطلاعات دقیقی در مورد تنوع و فراوانی گونه ها، ساختار جمعیت، رابطه فیلوژنتیکی، ژن های عملکردی و شبکه همبستگی با عوامل محیطی ارائه می دهد.
سکو:Illumina NovaSeq6000
-
توالی متاژنومیک - نانوحفره
متاژنومیکس یک ابزار مولکولی است که برای تجزیه و تحلیل مواد مخلوط ژنومی استخراج شده از نمونه های محیطی استفاده می شود که اطلاعات دقیقی در مورد تنوع و فراوانی گونه ها، ساختار جمعیت، رابطه فیلوژنتیکی، ژن های عملکردی و شبکه همبستگی با عوامل محیطی و غیره ارائه می دهد. پلت فرم های توالی یابی نانوحفره اخیراً معرفی شده است. به مطالعات متاژنومیکعملکرد فوق العاده آن در طول خواندن تا حد زیادی تجزیه و تحلیل متاژنومی پایین جریان، به ویژه مونتاژ متاژنوم را افزایش داد.مطالعه متاژنومی مبتنی بر نانوحفره با بهره‌گیری از مزایای طول خواندن، می‌تواند به مونتاژ پیوسته‌تری در مقایسه با متاژنومیکس تفنگ ساچمه‌ای دست یابد.منتشر شده است که متاژنومیکس مبتنی بر نانوپور با موفقیت ژنوم های باکتریایی کامل و بسته را از میکروبیوم ها تولید کرد (Moss, EL, et. al.,بیوتکنولوژی طبیعت، 2020)
سکو:نانوپور PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
زیرواحد روی 16S و 18S rRNA حاوی هر دو ناحیه بسیار حفاظت شده و فوق متغیر یک اثر انگشت مولکولی عالی برای شناسایی موجودات پروکاریوتی و یوکاریوتی است.با بهره گیری از توالی یابی، این آمپلیکون ها را می توان بر اساس بخش های حفاظت شده هدف قرار داد و مناطق فوق متغیر را می توان به طور کامل برای شناسایی میکروبی مشخص کرد که در مطالعاتی که تجزیه و تحلیل تنوع میکروبی، طبقه بندی، فیلوژنی و غیره را پوشش می دهد. تک مولکولی در زمان واقعی (SMRT) ) توالی پلت فرم PacBio به دست آوردن خوانش های طولانی بسیار دقیق را امکان پذیر می کند، که می تواند آمپلیکون های تمام طول (تقریباً 1.5 کیلوبایت) را پوشش دهد.دید گسترده از میدان ژنتیکی وضوح در حاشیه نویسی گونه ها را در جامعه باکتری ها یا قارچ ها افزایش داد.
سکو:PacBio Sequel II
-
توالی آمپلیکون 16S/18S/ITS-NGS
هدف توالی‌یابی آمپلیکون 16S/18S/ITS آشکار کردن فیلوژنی، طبقه‌بندی، و فراوانی گونه‌ها در یک جامعه میکروبی با بررسی محصولات PCR نشانگرهای ژنتیکی خانه‌داری است که شامل بخش‌های بسیار متغییر و متغییر هستند.معرفی این اثر انگشت مولکولی کامل توسط Woeses و همکاران (1977) پروفایل میکروبیوم بدون جداسازی را تقویت می کند.تعیین توالی 16S (باکتری)، 18S (قارچ) و فاصله‌گذار رونویسی شده داخلی (ITS، قارچ) امکان شناسایی گونه‌های فراوان و همچنین گونه‌های نادر و ناشناس را می‌دهد.این فناوری به یک ابزار پرکاربرد و اصلی در شناسایی ترکیبات میکروبی متمایز در محیط های مختلف مانند دهان انسان، روده، مدفوع و غیره تبدیل شده است.
سکو:Illumina NovaSeq6000
-
توالی یابی مجدد کل ژنوم باکتریایی و قارچی
توالی یابی مجدد کل ژنوم باکتری ها و قارچ ها ابزاری حیاتی برای تکمیل ژنوم باکتری ها و قارچ های شناخته شده و همچنین مقایسه ژنوم های متعدد یا نقشه برداری از ژنوم موجودات جدید است.تعیین توالی کل ژنوم باکتری ها و قارچ ها به منظور تولید ژنوم های مرجع دقیق، انجام شناسایی میکروبی و سایر مطالعات مقایسه ای ژنوم از اهمیت بالایی برخوردار است.
پلتفرم: Illumina NovaSeq 6000
-
ژنوم قارچ
فناوری‌های نشانگر زیستی بسته به هدف تحقیقاتی خاص، بررسی ژنوم، ژنوم ظریف و ژنوم کامل قارچ را ارائه می‌دهند.توالی یابی ژنوم، مونتاژ و حاشیه نویسی عملکردی را می توان با ترکیب توالی یابی نسل بعدی + توالی یابی نسل سوم برای دستیابی به مونتاژ ژنوم در سطح بالا به دست آورد.همچنین می‌توان از فناوری Hi-C برای تسهیل مونتاژ ژنوم در سطح کروموزوم استفاده کرد.
سکو:PacBio Sequel II
نانوپور PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
ژنوم کامل باکتری
Biomarker Technologies خدمات توالی یابی در ساخت ژنوم کامل باکتری ها با فاصله صفر ارائه می دهد.گردش کار اصلی ساخت ژنوم کامل باکتری ها شامل توالی یابی نسل سوم، مونتاژ، حاشیه نویسی عملکردی و تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک پیشرفته است که اهداف تحقیقاتی خاص را برآورده می کند.یک پروفایل جامع تر از ژنوم باکتری ها آشکارسازی مکانیسم های اساسی فرآیندهای بیولوژیکی آنها را تقویت می کند، که می تواند مرجع ارزشمندی برای تحقیقات ژنومی در گونه های یوکاریوتی بالاتر باشد.
سکو:نانوپور PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Sequel II
