توالی یابی ژنوم گیاهی/حیوانی De Novo
مزایای خدمات
توسعه سکوهای توالی یابی و بیوانفورماتیک دراز نومجموعه ژنوم
(Amarasinghe SL و همکاران،زیست شناسی ژنوم، 2020)
● ساخت ژنوم های جدید و بهبود ژنوم های مرجع موجود برای گونه های مورد علاقه.
● دقت، تداوم و کامل بودن بیشتر در مونتاژ
● ساختن منبع بنیادی برای تحقیق در پلی مورفیسم توالی، QTLها، ویرایش ژن، اصلاح نژاد و غیره.
● مجهز به طیف کامل پلتفرم های توالی یابی نسل سوم: راه حل مونتاژ ژنوم یک مرحله ای
● استراتژی های توالی یابی و مونتاژ انعطاف پذیر که ژنوم های متنوع با ویژگی های مختلف را برآورده می کند
● تیم بیوانفورماتیک بسیار ماهر با تجربه زیاد در مجموعه های پیچیده ژنومی از جمله پلی پلوئیدها، ژنوم های غول پیکر و غیره.
● بیش از 100 مورد موفق با ضریب تأثیر انباشته منتشر شده بیش از 900
● زمان چرخش به سرعت 3 ماه برای مونتاژ ژنوم در سطح کروموزوم.
● پشتیبانی فنی جامد با یک سری حق چاپ و حق چاپ نرم افزار در بخش تجربی و بیوانفورماتیک.
مشخصات خدمات
|
محتوا
|
سکو
|
طول را بخوانید
|
پوشش
|
| بررسی ژنوم
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| توالی یابی ژنوم
| PacBio Revio
| خواندن HiFi 15 کیلوبایت
| ≥ 30X
|
| سلام-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
جریان کار
نمونه مورد نیاز و تحویل
نمونه مورد نیاز:
| گونه ها | بافت | برای PacBio | برای نانوپور |
| حیوانات | اندام های احشایی (کبد، طحال و ...) | ≥ 1.0 گرم | ≥ 3.5 گرم |
| ماهیچه | ≥ 1.5 گرم | ≥ 5.0 گرم | |
| خون پستانداران | ≥ 1.5 میلی لیتر | ≥ 5.0 میلی لیتر | |
| خون ماهی یا پرنده | ≥ 0.2 میلی لیتر | ≥ 0.5 میلی لیتر | |
| گیاهان | برگ های تازه | ≥ 1.5 گرم | ≥ 5.0 گرم |
| گلبرگ یا ساقه | ≥ 3.5 گرم | ≥ 10.0 گرم | |
| ریشه یا دانه | ≥ 7.0 گرم | ≥ 20.0 گرم | |
| سلول ها | کشت سلولی | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
تحویل نمونه توصیه شده
ظرف: لوله سانتریفیوژ 2 میلی لیتری (فیل قلع توصیه نمی شود)
برای اکثر نمونه ها، توصیه می کنیم در اتانول نگهداری نشود.
برچسب زدن نمونه: نمونه ها باید به وضوح برچسب گذاری شده و با فرم اطلاعات نمونه ارسالی یکسان باشند.
حمل و نقل: یخ خشک: نمونه ها باید ابتدا در کیسه های بسته بندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
جریان کار خدمات
طراحی آزمایش
تحویل نمونه
استخراج DNA
ساخت کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
*نتایج آزمایشی نشان داده شده در اینجا همه از ژنوم های منتشر شده با Biomarker Technologies هستند
1.سیرکوس روی مجموعه ژنومی در سطح کروموزومG. rotundifoliumتوسط پلت فرم توالی یابی نانوپور
وانگ ام و همکاران،زیست شناسی مولکولی و تکامل، 2021
2.آمار مجموعه ژنوم چاودار Weining و حاشیه نویسی
لی جی و همکاران،ژنتیک طبیعت، 2021
3. پیش بینی ژنسیکیوم ادولهژنوم، مشتق شده از سه روش پیش‌بینی:نوپیش‌بینی، پیش‌بینی مبتنی بر همسانی و پیش‌بینی مبتنی بر داده‌های RNA-Seq
فو آ و همکاران،تحقیقات باغبانی، 2021
4. شناسایی تکرارهای بلند دست نخورده در سه ژنوم پنبه
وانگ ام و همکاران،زیست شناسی مولکولی و تکامل، 2021
5.Hi-C نقشه حرارتی ازC. acuminataژنومی که برهمکنش های همه جانبه ژنومی را نشان می دهد.شدت فعل و انفعالات Hi-C متناسب با فاصله خطی بین contigs است.یک خط مستقیم تمیز در این نقشه حرارتی نشان دهنده لنگر انداختن بسیار دقیق کانتیگ ها بر روی کروموزوم ها است.(نسبت انکرینگ Contig: 96.03%)
کانگ ام و همکاران،ارتباطات طبیعت،2021
کیس BMK
یک مجموعه ژنومی با کیفیت بالا ویژگی های ژنومی چاودار و ژن های مهم زراعی را برجسته می کند.
منتشر شده: ژنتیک طبیعت، 2021
استراتژی توالی:
مونتاژ ژنوم: حالت PacBio CLR با کتابخانه 20 کیلوبایتی (497 گیگابایت، تقریباً 63×)
تصحیح توالی: NGS با کتابخانه DNA 270 جفت باز (430 گیگابیت، تقریباً 54×) روی پلت فرم Illumina
لنگر انداختن Contigs: کتابخانه Hi-C (560 گیگابایت، تقریباً 71×) روی پلت فرم Illumina
نقشه نوری: (779.55 گیگابایت، تقریباً 99×) در Bionano Irys
نتایج کلیدی
1. مجموعه ای از ژنوم چاودار Weining با اندازه کل ژنوم 7.74 Gb (98.74٪ از اندازه ژنوم برآورد شده توسط فلوسیتومتری) منتشر شد.داربست N50 این مجموعه به 1.04 گیگابایت رسید.93.67% از کانتیگ ها با موفقیت روی 7 شبه کروموزوم لنگر انداختند.این مجموعه با استفاده از نقشه پیوند، LAI و BUSCO مورد ارزیابی قرار گرفت که در تمامی ارزیابی‌ها امتیاز بالایی کسب کرد.
2. مطالعات بیشتر در زمینه ژنومیک مقایسه ای، نقشه پیوند ژنتیکی، مطالعات رونویسی بر اساس این ژنوم انجام شد.مجموعه‌ای از ویژگی‌های ژنومی مربوط به صفات از جمله تکثیر ژنی در کل ژنوم و تأثیر آن‌ها بر ژن‌های بیوسنتز نشاسته آشکار شد.سازماندهی فیزیکی جایگاه‌های پیچیده پرولامین، ویژگی‌های بیان ژن زیربنایی صفت عنوان اولیه و مناطق کروموزومی مرتبط با اهلی‌سازی و جایگاه‌های موجود در چاودار.
 نمودار سیرک در مورد ویژگی های ژنومی ژنوم چاودار Weining |  تجزیه و تحلیل سینتنی تکاملی و کروموزوم ژنوم چاودار |
لی، جی، وانگ، ال.، یانگ، جی.و همکارانیک مجموعه ژنومی با کیفیت بالا ویژگی های ژنومی چاودار و ژن های مهم زراعی را برجسته می کند.نات ژنت 53،574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
