-
توالی یابی RNA تک هسته ای
پیشرفت در تک سلولی و تکنیک ساخت کتابخانه انفرادی که با توالی یابی با توان بالا ترکیب می شود، امکان مطالعات بیان ژن را بر اساس سلول به سلول فراهم می کند.این یک تجزیه و تحلیل سیستم عمیق تر و کامل را بر روی جمعیت های سلولی پیچیده امکان پذیر می کند، که در آن تا حد زیادی از پوشاندن ناهمگنی آنها با در نظر گرفتن میانگین همه سلول ها جلوگیری می کند.
با این حال، برخی از سلول ها برای تبدیل شدن به سوسپانسیون تک سلولی مناسب نیستند، بنابراین روش های دیگر آماده سازی نمونه - استخراج هسته از بافت ها مورد نیاز است، یعنی هسته مستقیماً از بافت یا سلول استخراج می شود و به سوسپانسیون تک هسته ای برای تک هسته آماده می شود. توالی یابی سلولی
BMK سرویس توالی یابی RNA تک سلولی مبتنی بر ژنومیکس کرومیوم TM 10 را ارائه می دهد.این سرویس به طور گسترده ای در مطالعات مربوط به مطالعات مربوط به بیماری مانند تمایز سلول های ایمنی، ناهمگنی تومور، توسعه بافت و غیره استفاده شده است.
تراشه رونویسی فضایی: 10× ژنومیک
پلتفرم: پلتفرم Illumina NovaSeq
-
توالی یابی ژنوم کل گیاه/حیوان
توالی‌یابی مجدد کل ژنوم، که به عنوان WGS نیز شناخته می‌شود، امکان آشکارسازی جهش‌های رایج و نادر را در کل ژنوم از جمله پلی‌مورفیسم تک نوکلئوتیدی (SNP)، حذف درج (InDel)، تنوع ساختار (SV) و تنوع تعداد کپی (CNV) فراهم می‌کند. ).SV ها نسبت به SNP ها بخش بزرگ تری از پایه تغییرات را تشکیل می دهند و تأثیر بیشتری روی ژنوم دارند که تأثیر قابل توجهی بر موجودات زنده دارد.توالی خوانی طولانی امکان شناسایی دقیق تر قطعات بزرگ و تغییرات پیچیده را فراهم می کند، زیرا خواندن طولانی، عبور کروموزومی از مناطق پیچیده مانند تکرارهای پشت سر هم، مناطق غنی از GC/AT و مناطق بیش از حد متغیر را بسیار آسان تر می کند.
پلتفرم: Illumina، PacBio، Nanopore
-
رونوشت فضایی BMKMANU S1000
رونویسی فضایی در خط مقدم نوآوری علمی قرار دارد و محققان را قادر می‌سازد تا در الگوهای بیان ژن پیچیده در بافت‌ها و در عین حال حفظ بافت فضایی آنها تحقیق کنند.در میان پلتفرم های مختلف، BMKGene تراشه رونویسی فضایی BMKManu S1000 را توسعه داده است که دارای یکوضوح بهبود یافته5 میکرومولار، رسیدن به محدوده درون سلولی، و فعال کردنتنظیمات وضوح چند سطحی.تراشه S1000 که دارای تقریباً 2 میلیون نقطه است، از ریزچاه‌های لایه‌بندی شده با مهره‌های بارگذاری شده با کاوشگرهای بارکد فضایی استفاده می‌کند.یک کتابخانه cDNA، غنی شده با بارکدهای فضایی، از تراشه S1000 تهیه شده و متعاقباً بر روی پلت فرم Illumina NovaSeq توالی یابی می شود.ترکیبی از نمونه های بارکد فضایی و UMI ها، دقت و ویژگی داده های تولید شده را تضمین می کند.ویژگی منحصر به فرد تراشه BMKManu S1000 در تطبیق پذیری آن نهفته است که تنظیمات وضوح چند سطحی را ارائه می دهد که می توانند به خوبی با بافت ها و سطوح مختلف جزئیات تنظیم شوند.این سازگاری تراشه را به عنوان یک انتخاب برجسته برای مطالعات رونویسی فضایی متنوع قرار می‌دهد و از خوشه‌بندی دقیق فضایی با حداقل نویز اطمینان می‌دهد.
با استفاده از تراشه BMKManu S1000 و دیگر فناوری‌های رونویسی فضایی، محققان می‌توانند درک بهتری از سازمان‌دهی فضایی سلول‌ها و فعل و انفعالات مولکولی پیچیده‌ای که در بافت‌ها رخ می‌دهد به دست آورند و بینش ارزشمندی را در مورد مکانیسم‌های نهفته در فرآیندهای بیولوژیکی در طیف گسترده‌ای از زمینه‌ها از جمله ارائه دهند. انکولوژی، علوم اعصاب، زیست شناسی رشد، ایمونولوژی و مطالعات گیاه شناسی.
پلتفرم: تراشه BMKManu S1000 و Illumina NovaSeq
-
رونوشت فضایی 10x Genomics Visium
رونویسی فضایی یک فناوری پیشرفته است که به محققان اجازه می دهد تا الگوهای بیان ژن را در بافت ها بررسی کنند و در عین حال بافت فضایی آنها را حفظ کنند.یکی از پلتفرم های قدرتمند در این حوزه، 10 برابر Genomics Visium همراه با توالی Illumina است.اصل 10X Visium بر روی یک تراشه تخصصی با یک منطقه ضبط مشخص است که در آن بخش‌های بافت قرار می‌گیرد.این منطقه ضبط شامل نقاط بارکد شده است که هر کدام مربوط به یک مکان فضایی منحصر به فرد در بافت است.سپس مولکول‌های RNA گرفته‌شده از بافت با شناسه‌های مولکولی منحصربه‌فرد (UMIs) در طول فرآیند رونویسی معکوس برچسب‌گذاری می‌شوند.این نقاط بارکد شده و UMI ها نقشه برداری فضایی دقیق و تعیین کمیت بیان ژن را در وضوح تک سلولی امکان پذیر می کنند.ترکیبی از نمونه های بارکد فضایی و UMI ها، دقت و ویژگی داده های تولید شده را تضمین می کند.با استفاده از این فناوری رونویسی فضایی، محققان می‌توانند درک عمیق‌تری از سازمان فضایی سلول‌ها و فعل و انفعالات مولکولی پیچیده‌ای که در بافت‌ها اتفاق می‌افتد به دست آورند و بینش‌های ارزشمندی را در مورد مکانیسم‌های نهفته در فرآیندهای بیولوژیکی در زمینه‌های مختلف، از جمله سرطان‌شناسی، علوم اعصاب، زیست‌شناسی رشدی، ایمونولوژی ارائه دهند. ، و مطالعات گیاه شناسی.
پلتفرم: 10X Genomics Visium و Illumina NovaSeq
-
توالی mRNA تمام طول - نانوحفره
در حالی که توالی یابی mRNA مبتنی بر NGS به عنوان یک ابزار همه کاره برای تعیین کمیت بیان ژن عمل می کند، اتکای آن به خواندن کوتاه، کارایی آن را در آنالیزهای پیچیده ترانسکریپتومی محدود می کند.از سوی دیگر، توالی‌یابی نانوحفره‌ها از فناوری خواندن طولانی استفاده می‌کند و توالی‌یابی رونوشت‌های mRNA با طول کامل را امکان‌پذیر می‌سازد.این رویکرد یک کاوش جامع از پیوند جایگزین، همجوشی ژن، پلی آدنیلاسیون، و کمی سازی ایزوفرم های mRNA را تسهیل می کند.
توالی‌یابی نانوحفره بر سیگنال‌های الکتریکی تک مولکولی نانوحفره تکیه دارد.DNA دو رشته‌ای با هدایت پروتئین‌های موتور به پروتئین‌های نانوحفره‌ای که در یک بیوفیلم تعبیه شده‌اند متصل می‌شود و در حین عبور از کانال نانوحفره تحت اختلاف ولتاژ باز می‌شود.سیگنال های الکتریکی متمایز تولید شده توسط پایگاه های مختلف در رشته DNA در زمان واقعی شناسایی و طبقه بندی می شوند و توالی نوکلئوتیدی دقیق و پیوسته را تسهیل می کنند.این رویکرد نوآورانه بر محدودیت‌های خواندن کوتاه غلبه می‌کند و یک پلتفرم پویا برای تجزیه و تحلیل ژنومی پیچیده فراهم می‌کند، که شامل مطالعات پیچیده رونویسی می‌شود.
پلتفرم: نانوپور Promethion P48
-
تعیین توالی mRNA تمام طول - PacBio
در حالی که توالی یابی mRNA مبتنی بر NGS یک ابزار همه کاره برای تعیین کمیت بیان ژن است، اتکای آن به خواندن کوتاه، استفاده از آن را در آنالیزهای پیچیده رونویسی محدود می کند.از سوی دیگر، توالی‌یابی PacBio (Iso-Seq)، از فناوری خواندن طولانی استفاده می‌کند و امکان توالی‌یابی رونوشت‌های mRNA تمام‌قد را فراهم می‌کند.این رویکرد یک کاوش جامع از پیوند جایگزین، همجوشی ژن و پلی آدنیلاسیون را تسهیل می‌کند، اگرچه به دلیل حجم بالای داده‌های مورد نیاز، انتخاب اولیه برای تعیین کمیت بیان ژن نیست.
فناوری توالی یابی PacBio بر توالی یابی تک مولکولی و بلادرنگ (SMRT) متکی است که مزیت مشخصی را در گرفتن رونوشت های mRNA با طول کامل ارائه می دهد.این رویکرد نوآورانه شامل استفاده از موجبرهای حالت صفر (ZMWs)، چاه های میکروساختی است که امکان مشاهده بلادرنگ فعالیت DNA پلیمراز را در طول توالی یابی فراهم می کند.در داخل این ZMW ها، DNA پلیمراز PacBio یک رشته مکمل از DNA را سنتز می کند و خوانش های طولانی را ایجاد می کند که کل رونوشت های mRNA را در بر می گیرد.عملیات PacBio در حالت توالی یابی اجماع دایره ای (CCS) با توالی یابی مکرر یک مولکول، دقت را افزایش می دهد.خواندن HiFi تولید شده دارای دقت قابل مقایسه با NGS است، که بیشتر به تجزیه و تحلیل جامع و قابل اعتماد ویژگی های پیچیده رونویسی کمک می کند.پلتفرم: PacBio Sequel II
-
توالی mRNA یوکاریوتی-Illumina
توالی‌یابی mRNA، پروفیل جامع تمام رونوشت‌های mRNA درون سلول‌ها را تحت شرایط خاص، توانمند می‌سازد.این فناوری پیشرفته به عنوان یک ابزار قوی عمل می کند و پروفایل های پیچیده بیان ژن، ساختارهای ژنی و مکانیسم های مولکولی مرتبط با فرآیندهای بیولوژیکی متنوع را آشکار می کند.توالی‌یابی mRNA که به طور گسترده در تحقیقات بنیادی، تشخیص بالینی و توسعه دارو مورد استفاده قرار می‌گیرد، بینش‌هایی را در مورد پیچیدگی‌های دینامیک سلولی و تنظیم ژنتیکی ارائه می‌دهد.
پلتفرم: Illumina NovaSeq X
-
توالی mRNA مبتنی بر غیر مرجع-Illumina
توالی‌یابی mRNA، پروفیل جامع تمام رونوشت‌های mRNA درون سلول‌ها را تحت شرایط خاص، توانمند می‌سازد.این فناوری پیشرفته به عنوان یک ابزار قوی عمل می کند و پروفایل های پیچیده بیان ژن، ساختارهای ژنی و مکانیسم های مولکولی مرتبط با فرآیندهای بیولوژیکی متنوع را آشکار می کند.توالی‌یابی mRNA که به طور گسترده در تحقیقات بنیادی، تشخیص بالینی و توسعه دارو مورد استفاده قرار می‌گیرد، بینش‌هایی را در مورد پیچیدگی‌های دینامیک سلولی و تنظیم ژنتیکی ارائه می‌دهد.
پلتفرم: Illumina NovaSeq X
-
توالی بدون کدگذاری طولانی-Illumina
RNAهای غیرکدکننده طولانی (lncRNA) RNAهایی طولانی‌تر از 200 نوکلئوتید هستند که حداقل پتانسیل کدگذاری را دارند و عناصر محوری در RNA غیرکدکننده هستند.این RNA ها که در هسته و سیتوپلاسم یافت می شوند، نقش مهمی در تنظیم اپی ژنتیک، رونویسی و پس از رونویسی دارند و بر اهمیت آن ها در شکل دادن به فرآیندهای سلولی و مولکولی تاکید می کنند.توالی یابی LncRNA یک ابزار قدرتمند در تمایز سلولی، آنتوژنز و بیماری های انسانی است.
پلتفرم: Illumina NovaSeq
-
توالی RNA کوچک-Illumina
مولکول‌های کوچک RNA (sRNA) که معمولاً کمتر از 200 نوکلئوتید طول دارند، شامل microRNAها (miRNAs)، RNAهای تداخلی کوچک (siRNA) و RNAهای برهمکنش piwi (piRNAs) هستند.در این میان، miRNA ها با طول حدود 20 تا 24 نوکلئوتید، به ویژه به دلیل نقش تنظیمی محوری خود در فرآیندهای مختلف سلولی قابل توجه هستند.با الگوهای بیان خاص بافت و مرحله خاص، miRNA ها حفاظت بالایی را در گونه های مختلف نشان می دهند.
پلتفرم: Illumina NovaSeq
-
توالی یابی circRNA-Illumina
توالی یابی RNA دایره ای (circRNA-seq) برای پروفایل و تجزیه و تحلیل RNA های حلقوی است، دسته ای از مولکول های RNA که حلقه های بسته را به دلیل رویدادهای اتصال غیر متعارف تشکیل می دهند و پایداری بیشتری برای این RNA فراهم می کنند.در حالی که برخی از circRNA ها به عنوان اسفنج های microRNA عمل می کنند، microRNA ها را جدا می کنند و از تنظیم mRNA های هدف خود جلوگیری می کنند، سایر circRNA ها ممکن است با پروتئین ها تعامل داشته باشند، بیان ژن را تعدیل کنند یا در فرآیندهای سلولی نقش داشته باشند.تجزیه و تحلیل بیان circRNA بینش هایی را در مورد نقش های تنظیمی این مولکول ها و اهمیت آنها در فرآیندهای سلولی مختلف، مراحل رشد و شرایط بیماری فراهم می کند و به درک عمیق تر از پیچیدگی تنظیم RNA در زمینه بیان ژن کمک می کند.
-
توالی رونوشت کامل - ایلومینا
توالی یابی کل رونویسی یک رویکرد جامع برای پروفایل مولکول های RNA متنوع ارائه می دهد که هم RNA های کد کننده (mRNA) و هم RNA های غیر کد کننده (lncRNA، circRNA و miRNA) را در بر می گیرد.این تکنیک رونوشت کامل سلول‌های خاص را در یک لحظه مشخص می‌کند و امکان درک جامع از فرآیندهای سلولی را فراهم می‌کند.همچنین به عنوان "توالی RNA کل" شناخته می شود، هدف آن پرده برداری از شبکه های نظارتی پیچیده در سطح رونوشت است که امکان تجزیه و تحلیل عمیق مانند RNA درون زا (ceRNA) و تجزیه و تحلیل RNA مشترک را فراهم می کند.این نشان‌دهنده گام اولیه به سمت خصوصیات عملکردی است، به‌ویژه در کشف شبکه‌های تنظیمی که شامل تعاملات ceRNA مبتنی بر circRNA-miRNA-mRNA است.
