توالییابی قطعه تکثیر شده با جایگاه ژنی خاص (SLAF-Seq)
گردش کار
این سرویس دارای برخی پیشطراحیها در نرمافزار (in silico) است تا انتخاب بهینه آنزیم را در هنگام آمادهسازی کتابخانه تضمین کند.
طرح فنی
ویژگیهای خدمات
● تعیین توالی روی NovaSeq با PE150.
● آمادهسازی کتابخانه با بارکدگذاری دوگانه، که امکان جمعآوری بیش از ۱۰۰۰ نمونه را فراهم میکند.
● مستقل از ژنوم مرجع:
با ژنوم مرجع: کشف SNP و InDel
بدون ژنوم مرجع: خوشهبندی نمونه و کشف SNP
● دردرون سیلیکونیدر مرحله پیش از طراحی، ترکیبات آنزیمهای محدودکننده چندگانه غربالگری میشوند تا ترکیباتی که توزیع یکنواختی از برچسبهای SLAF را در طول ژنوم ایجاد میکنند، پیدا شوند.
● در طول پیشآزمایش، سه ترکیب آنزیمی در ۳ نمونه آزمایش میشوند تا ۹ کتابخانه SLAF ایجاد شود و از این اطلاعات برای انتخاب ترکیب بهینه آنزیم محدودکننده برای پروژه استفاده میشود.
مزایای خدمات
●کشف نشانگر ژنتیکی با کیفیت بالاما یک سیستم بارکد دوگانه با توان عملیاتی بالا را ادغام میکنیم که امکان توالییابی همزمان جمعیتهای بزرگ و افزایش کارایی تکثیر اختصاصی لوکوس را فراهم میکند و تضمین میکند که شمارههای برچسب، الزامات متنوع سوالات تحقیقاتی مختلف را برآورده میکنند.
● وابستگی کم به ژنوم: میتواند برای گونههایی با یا بدون ژنوم مرجع اعمال شود.
●طراحی طرح انعطافپذیرهضم تک آنزیمی، دو آنزیمی، چند آنزیمی و انواع مختلف آنزیمها میتوانند برای اهداف تحقیقاتی یا گونههای مختلف انتخاب شوند.
● راندمان بالا در هضم آنزیمی: هدایت یکدرون سیلیکونیپیشطراحی و پیشآزمایش، طراحی بهینه با توزیع یکنواخت برچسبهای SLAF روی کروموزوم (1 برچسب SLAF/4Kb) و کاهش توالی تکراری (کمتر از 5%) را تضمین میکند.
●تخصص گستردهما با سابقهی انجام بیش از ۵۰۰۰ پروژهی SLAF-Seq روی صدها گونه، از جمله گیاهان، پستانداران، پرندگان، حشرات و موجودات آبزی، گنجینهای از تجربه را برای هر پروژه به ارمغان میآوریم.
● گردش کار بیوانفورماتیکی خود-توسعهیافتهما یک گردش کار بیوانفورماتیکی یکپارچه برای SLAF-Seq توسعه دادیم تا از قابلیت اطمینان و دقت خروجی نهایی اطمینان حاصل کنیم.
مشخصات خدمات
| نوع تحلیل | مقیاس جمعیتی توصیه شده | استراتژی تعیین توالی | |
| عمق توالییابی برچسب | شماره برچسب | ||
| نقشههای ژنتیکی | ۲ والد و بیش از ۱۵۰ فرزند | والدین: 20 برابر WGS تعداد فرزندان: 10 برابر | اندازه ژنوم: کمتر از ۴۰۰ مگابایت: WGS توصیه میشود <1 گیگابایت: 100 هزار برچسب ۱-۲ گیگابایت:: ۲۰۰ هزار تگ >2 گیگابایت: 300 هزار برچسب حداکثر ۵۰۰ هزار برچسب |
| مطالعات پیوستگی در سطح ژنوم (GWAS) | ≥200 نمونه | ۱۰ برابر | |
| تکامل ژنتیکی | ≥30 نمونه، با بیش از 10 نمونه از هر زیرگروه | ۱۰ برابر | |
الزامات خدمات
غلظت ≥ ۵ نانوگرم در میکرولیتر
مقدار کل ≥ ۸۰ نانوگرم
نانودراپ OD260/280=1.6-2.5
ژل آگارز: بدون تخریب یا آلودگی یا با تخریب یا آلودگی محدود
تحویل نمونه توصیه شده
ظرف: لوله سانتریفیوژ ۲ میلیلیتری
(برای اکثر نمونهها، توصیه میکنیم در اتانول نگهداری نشوند)
برچسبگذاری نمونه: نمونهها باید به وضوح برچسبگذاری شده و با فرم اطلاعات نمونه ارسالی یکسان باشند.
حمل و نقل: یخ خشک: نمونهها ابتدا باید در کیسه بستهبندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
گردش کار خدمات
کنترل کیفیت نمونه
آزمایش آزمایشی
آزمایش SLAF
آمادهسازی کتابخانه
توالییابی
تحلیل دادهها
خدمات پس از فروش
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی ما شامل موارد زیر است:
کنترل کیفیت دادهها و حذف دادههای حجیم (N-rich)، دادههای با کیفیت پایین (adapter) یا دادههای با کیفیت پایین (low quality).
کنترل کیفی دوم خوانشهای تمیز برای بررسی توزیع باز، کیفیت توالی و ارزیابی دادهها، و همچنین برای بررسی راندمان هضم و درجهای بهدستآمده.
پس از بررسی خوانشها، دو گزینه وجود دارد:
- نقشهبرداری به ژنوم مرجع
- بدون ژنوم مرجع: خوشهبندی
پس از آن، از تجزیه و تحلیل برچسبهای SLAF برای انجام برخی فراخوانیهای متغیر برای کمک به کشف نشانگر استفاده میشود: فراخوانی SNP، InDel، SNV، CV و حاشیهنویسی.
توزیع برچسبهای SLAF روی کروموزومها:
توزیع SNPها روی کروموزومها:
حاشیهنویسی SNP
جیانگ اس، لی اس، لو جی، وانگ ایکس و شی سی (2023) نقشه برداری QTL و تجزیه و تحلیل رونویسی از محتوای قند در طول رسیدن میوهپیروس پیریفولیا.جبهه. علوم گیاهی.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
لی، جی.، ژانگ، وای.، ما، آر.، هوانگ، دبلیو.، هو، جی.، فانگ، سی.، و سان، ال. (2022). شناسایی st1 نشاندهندهی گزینشی است که شامل جابهجایی مورفولوژی دانه و محتوای روغن در طول اهلیسازی سویا میشود.مجله بیوتکنولوژی گیاهی، 20(6)، 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
خو، پی، ژانگ، ایکس، وانگ، ایکس.و همکارانتوالی ژنوم و تنوع ژنتیکی ماهی کپور معمولیکپور معمولی.نات ژنت 46، 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
ژوانگ، دبلیو، چن، اچ، یانگ، ام.و همکارانژنوم بادام زمینی کشت شده، بینشی در مورد کاریوتیپهای حبوبات، تکامل پلیپلوئیدی و اهلیسازی محصولات کشاورزی ارائه میدهد.نات ژنت 51، 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| سال | مجله | IF | عنوان | کاربردها |
| ۲۰۲۲ | ارتباطات طبیعت | ۱۷.۶۹۴ | اساس ژنومی گیگا کروموزومها و گیگا ژنوم گل صد تومانی پائونیا اوستی | SLAF-GWAS |
| ۲۰۱۵ | گیاهشناس جدید | ۷.۴۳۳ | ردپای اهلیسازی، مناطق ژنومی با اهمیت زراعی را تثبیت میکند. سویا | SLAF-GWAS |
| ۲۰۲۲ | مجله تحقیقات پیشرفته | ۱۲.۸۲۲ | ورود مصنوعی ژنومی گونه Gossypium barbadense به G. hirsutum آشکار کردن جایگاههای برتر برای بهبود همزمان کیفیت و عملکرد الیاف پنبه صفات | SLAF - ژنتیک تکاملی |
| ۲۰۱۹ | گیاه مولکولی | ۱۰.۸۱ | تجزیه و تحلیل ژنومی جمعیت و مونتاژ De Novo منشأ علفهای هرز را آشکار میکند برنج به عنوان یک بازی تکاملی | SLAF - ژنتیک تکاملی |
| ۲۰۱۹ | ژنتیک طبیعت | ۳۱.۶۱۶ | توالی ژنوم و تنوع ژنتیکی ماهی کپور معمولی، Cyprinus carpio | نقشه SLAF-Linkage |
| ۲۰۱۴ | ژنتیک طبیعت | ۲۵.۴۵۵ | ژنوم بادام زمینی کشت شده، بینشی در مورد کاریوتیپهای حبوبات و پلیپلوئیدی ارائه میدهد تکامل و اهلی سازی محصولات کشاورزی | نقشه SLAF-Linkage |
| ۲۰۲۲ | مجله بیوتکنولوژی گیاهی | ۹.۸۰۳ | شناسایی ST1، گزینشی شامل مهاجرت از طریق جابهجایی مورفولوژی بذر را آشکار میکند. و میزان روغن در طول اهلی سازی سویا | توسعه نشانگر SLAF |
| ۲۰۲۲ | مجله بینالمللی علوم مولکولی | ۶.۲۰۸ | شناسایی و توسعه نشانگر DNA برای 2Ns گندم-لیموس مولیس (2D) جایگزینی کروموزوم دیزومی | توسعه نشانگر SLAF |
| سال | مجله | IF | عنوان | کاربردها |
| ۲۰۲۳ | مرزهای علم گیاهشناسی | ۶.۷۳۵ | نقشهبرداری QTL و تجزیه و تحلیل ترانسکریپتوم محتوای قند در طول رسیدن میوه Pyrus pyrifolia | نقشه ژنتیکی |
| ۲۰۲۲ | مجله بیوتکنولوژی گیاهی | ۸.۱۵۴ | شناسایی ST1 نشاندهندهی گزینشی است که شامل جابهجایی مورفولوژی دانه و محتوای روغن در طول اهلیسازی سویا میشود.
| تماس SNP |
| ۲۰۲۲ | مرزهای علم گیاهشناسی | ۶.۶۲۳ | نقشهبرداری ارتباطی در سطح ژنوم فنوتیپهای جو بدون پوست در محیط خشکسالی.
| GWAS |
