10x Genomics Visium Spatial Transkriptomi
Tekninen kaavio
Ominaisuudet
● Resoluutio: 100 µM
● Täplän halkaisija: 55 µM
● Paikkojen määrä: 4992
● Tallennusalue: 6,5 x 6,5 mm
● Jokainen viivakooditettu täplä on ladattu alukkeilla, jotka koostuvat neljästä osasta:
- poly(dT)-häntä mRNA:n pohjustukseen ja cDNA:n synteesiin
- Yksilöllinen molekyylitunniste (UMI) monistusvirheen korjaamiseksi
- Spatiaalinen viivakoodi
- Osittaisen luetun 1 sekvensointialukkeen sitoutumissekvenssi
● Leikkeiden H&E-värjäys
Edut
●Yhden luukun palveluyhdistää kaikki kokemus- ja taitopohjaiset vaiheet, mukaan lukien kryosektioinnin, värjäyksen, kudosten optimoinnin, spatiaalisen viivakoodauksen, kirjaston valmistelun, sekvensoinnin ja bioinformatiikan.
● Korkeasti koulutettu tekninen tiimiKokemusta yli 250 kudostyypistä ja yli 100 lajista, mukaan lukien ihmiset, hiiret, nisäkkäät, kalat ja kasvit.
●Reaaliaikainen päivitys koko projektista: kokeellisen edistymisen täydellä hallinnalla.
●Kattava standardibioinformatiikka:Paketti sisältää 29 analyysia ja yli 100 korkealaatuista kuvaa.
●Räätälöity data-analyysi ja visualisointisaatavilla erilaisiin tutkimuspyyntöihin.
●Valinnainen yhteinen analyysi yksisoluisen mRNA:n sekvensoinnilla
Tekniset tiedot
| Näytteen vaatimukset | Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositellut tiedot | Laadunvalvonta |
| OCT-upotetut kryonäytteet (Optimaalinen halkaisija: noin 6x6x6 mm³) 2 lohkoa näytettä kohden | 10X Visium cDNA -kirjasto | Illumina PE150 | 50 000 PE-lukemaa per spot (60 Gt) | RIN > 7 |
Saat lisätietoja näytteenvalmistusohjeista ja palvelun työnkulusta keskustelemalla asiasta henkilön kanssa.BMKGENE-asiantuntija
Palvelun työnkulku
Näytteen valmisteluvaiheessa suoritetaan alustava RNA:n eristyskoe sen varmistamiseksi, että saadaan korkealaatuista RNA:ta. Kudosoptimointivaiheessa leikkeet värjätään ja visualisoidaan, ja permeabilisaatio-olosuhteet mRNA:n vapautumiseksi kudoksesta optimoidaan. Optimoitua protokollaa sovelletaan sitten kirjaston rakentamisen aikana, minkä jälkeen sekvensoidaan ja analysoidaan tietoja.
Palvelun koko työnkulku sisältää reaaliaikaisia päivityksiä ja asiakasvahvistuksia reagoivan palautekanavan ylläpitämiseksi ja projektin sujuvan toteutuksen varmistamiseksi.
Sisältää seuraavan analyysin:
Tiedon laadunvalvonta:
o Tiedon tuotos ja laatupisteiden jakauma
o Geenien havaitseminen täpläkohtaisesti
o Kudospeitto
Sisänäytteen analyysi:
o Geenirikkaus
o Pisteryhmittely, mukaan lukien supistetun ulottuvuuden analyysi
o Klusterien välinen differentiaalinen ilmentymisanalyysi: markkerigeenien tunnistaminen
o Markkerigeenien toiminnallinen annotointi ja rikastaminen
Ryhmien välinen analyysi
o Molempien näytteiden (esim. sairaiden ja kontrollinäytteiden) täplien uudelleenyhdistelmä ja uudelleenryhmittely
o Kunkin klusterin markkerigeenien tunnistaminen
o Markkerigeenien toiminnallinen annotointi ja rikastaminen
o Saman klusterin erilainen ilmentyminen ryhmien välillä
Sisänäytteen analyysi
Pisteryppäiden muodostuminen
Markkerigeenien tunnistaminen ja alueellinen jakauma
Ryhmien välinen analyysi
Datan yhdistäminen molemmista ryhmistä ja uudelleenryhmittely
Uusien klustereiden markkerigeenit
Tutustu 10X Visiumin BMKGenen spatiaalisen transkriptomiikkapalvelun mahdollistamiin edistysaskeliin näissä esitellyissä julkaisuissa:
Chen, D. ym. (2023) "mthl1, mahdollinen nisäkkäiden adheesio-GPCR:ien Drosophila-homologi, osallistuu kärpästen injektoituihin onkogeenisiin soluihin kohdistuviin kasvaimia estäviin reaktioihin",Yhdysvaltain kansallisen tiedeakatemian julkaisut, 120(30), s. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. ym. (2023) 'STEEL mahdollistaa spatiotemporaalisen transkriptoomisen datan tarkan rajaamisen',Bioinformatiikan tiedotustilaisuudet, 24(2), sivut 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. ym. (2022) 'Orkideakukkien kehityksen organogeneesin spatiaali-ajallinen atlas',Nukleiinihappojen tutkimus, 50(17), s. 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. ym. (2023) "Spatiaalisen transkriptomiikan ja yksitumaisen RNA-sekvensoinnin integrointi paljastaa kohdun leiomyooman mahdolliset hoitostrategiat",Kansainvälinen biologisten tieteiden lehti, 19(8), s. 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
