16S/18S/ITS-amplikonisekvensointi - PacBio
Palvelun ominaisuudet
● Sekvensointialusta: PacBio Revio
● Sekvensointitila: CCS (HiFi-lukemat)
● Kohdealueen monistus ja sen jälkeen amplikonien tandemlinkitys ennen HiFi SMRT -kellokirjaston valmistelua
Palvelun edut
●Korkeampi taksonominen resoluutio: Than-lyhytamplikonisekvensointi,mahdollistaen korkeammat OTU-luokitteluasteet lajitasolla.
●Erittäin tarkka tukiaseman tunnistusPacBio CCS-tilan sekvensointi (HiFi-lukemat).
●EristysvapaaMikrobikoostumuksen nopea tunnistaminen ympäristönäytteistä.
●Laajasti sovellettavissaMonimuotoisten mikrobiyhteisöjen tutkimukset.
●Kattava bioinformatiikan analyysiUusin QIIME2-paketti (kvantitatiivinen näkemys mikrobiekologiasta) monipuolisilla analyyseillä tietokannan, annotaatioiden ja OTU/ASV:n muodossa.
●Laaja asiantuntemusBMKGENE toteuttaa vuosittain tuhansia amplikonisekvensointiprojekteja, ja sillä on yli vuosikymmenen kokemus, erittäin ammattitaitoinen analyysitiimi, kattava sisältö ja erinomainen myynnin jälkeinen tuki.
Palvelun tekniset tiedot
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositellut tiedot |
| Amplikoni | PacBio Revio | 10/30/50 000 tunnistetta (CCS) |
Näytteen vaatimukset
| Pitoisuus (ng/µL) | Kokonaismäärä (µg) | Tilavuus (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Suositeltu näytteen toimitus
Pakasta näytteet nestemäisessä typessä 3–4 tuntia ja säilytä niitä nestemäisessä typessä tai -80 asteessa tai pitkäaikaissäilytyksessä. Näytteiden lähettäminen hiilihappojäällä on pakollista.
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
●Raakadatan laadunvalvonta
●OTU-klusterointi/kohinan poisto (ASV)
●OTU-merkintä
●Alfan monimuotoisuusanalyysi: useita indeksejä, mukaan lukien Shannon, Simpson ja ACE.
●Beeta-diversiteettianalyysi
●Ryhmien välinen analyysi
●Korrelaatioanalyysi: ympäristötekijöiden ja OUT-koostumuksen ja monimuotoisuuden välillä
●16S-funktionaalisen geenin ennustaminen
Taksonomisen jakauman histogrammi
Yhteisön levinneisyyden fylogeneettinen puu
Alfa-diversiteettianalyysi: ACE
indeksi
Beeta-diversiteettianalyysi: PCoA
Ryhmien välinen analyysi: ANOVA
Tutustu BMKGenen amplikonisekvensointipalveluiden ja PacBion mahdollistamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Gao, X. ja Wang, H. (2023) 'Pötsin bakteeriprofiilien ja -toimintojen vertaileva analyysi sopeutumisessa erilaisiin fenologioihin (uudelleenkasvu vs. ruohomainen) kahdessa kasvuvaiheessa olevilla alppiniityllä kasvavilla merinolampailla', Fermentation, 9(1), s. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. ym. (2023) 'Mikrobiaalisen pimeän aineen talteenotto aavikkomaassa käyttämällä kulturomiikkaan perustuvaa metagenomiikkaa ja korkean resoluution analyysiä', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. ym. (2022) 'Rasvahappojen suolojen vaikutukset alfalfasta, riisinoljesta ja vehnäleseistä valmistetun sekoitetun säilörehun käymisominaisuuksiin, bakteerien monimuotoisuuteen ja aerobiseen stabiilisuuteen', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), s. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. ym. (2023) 'Oksidatiivisen stressin biomarkkereiden ja suoliston mikrobiotan välinen vuorovaikutus Sonchus brachyotus DC.:stä saatujen uutteiden antioksidanttivaikutuksissa oksatsolonin aiheuttamassa suoliston oksidatiivisessa stressissä aikuisilla seeprakaloilla', Antioxidants 2023, Vol. 12, Page 192, 12(1), p. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
