Transposaasien saavutettavan kromatiinin määritys suuren läpimenon sekvensoinnilla (ATAC-seq)
Palvelun ominaisuudet
● Palvelu vaatii kudosnäytteitä uutettujen nukleiinihappojen sijaan DNA:n ja proteiinin välisten vuorovaikutusten säilyttämiseksi.
● ATAC-menetelmään kuuluu kudosten dissosiaatio, jota seuraa tumien eristäminen, Tn5-käsittely ja -puhdistus, PCR-monistus, koon valinta ja sekvensointi.
● Sekvensointi Illumina NovaSeq -ohjelmassa
Palvelun edut
●Korkea herkkyys:Alhainen lähtösolumäärä riittää kirjaston valmisteluun ja sekvensointiin.
●Erittäin informatiivinen tekniikkapaljastaa samanaikaisesti avoimen kromatiinin ja aktiivisten säätelyelementtien, kuten transkriptiotekijöiden sitoutumiskohtien, genomiset sijainnit.
●Hyvä kokeellinen toistettavuusTekniset toistot osoittavat erinomaista toistettavuutta.
●Laaja asiantuntemusBMKGENE:lla on satoja onnistuneesti toteutettuja ATAC-sekvensointiprojekteja, yli vuosikymmenen kokemus, erittäin ammattitaitoinen analyysitiimi, kattava sisältö ja erinomainen myynnin jälkeinen tuki.
●Mahdollisuus liittyä transkriptomiikka-analyysiin: mahdollistaa ATAC-sekvenssin integroidun analysoinnin muiden omiikkatietojen, kuten RNA-sekvenssin, kanssa.
● Kattava bioinformatiikan analyysi: mahdollistaa paitsi kromatiinin avointen alueiden ja niitä vastaavan toiminnallisuuden (promoottorit, UT:t, eksonit, intronit) tunnistamisen myös kromatiinin avointen alueiden välisten erojen analysoinnin näytteiden välillä.
Palvelun tekniset tiedot
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositeltu datalähtö | Laadunvalvonta |
| ATAC-sekvenssi | Illumina PE150 | > 20 miljoonaa lukukertaa Genomin koosta riippuen (ihminen: 50 miljoonaa lukukertaa) | Q30≥85% |
Näytteen vaatimukset
Näytetyyppi: Kudokset, elävät tai pakastetut solut, veri
● Solujen lukumäärä: ≥ 106solut
● Kudospaino: ≥ 200 mg tuoretta kudosta
● Veri: ≥ 4 ml
Palvelun työnkulku
Kokeen suunnittelu
Näytteen toimitus
DNA:n eristäminen
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
● Raakadatan laadunvalvonta;
● Huippujen kutsuminen perustuu referenssigenomiin kartoitukseen;
● Geenimerkintä huipun sijainnissa;
● Motiivianalyysi: transkriptiotekijöiden sitoutumiskohtien (TFBS) tunnistaminen;
● Differentiaalihuippujen analyysi ja annotointi.
1. ATAC-lämmökartta näyttää jakautumisen TSS:ssä ja viereisillä alueilla (±3 kb)
2. Avoimen kromatiinialueen jakautuminen eri genomikomponenteissa
3. Ryhmien välinen ero huippupuheluissa
Tutustu BMKGenen ATAC-sekvensointipalveluiden mahdollistamiin tutkimuksen edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Fu, A.ym.(2023) 'Karvasmelonin (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) telomeeri-telomeeri-genomin kokoaminen paljastaa hedelmän kehityksen, koostumuksen ja kypsymisen geneettiset ominaisuudet',Puutarhatutkimus, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.ym.(2023) 'Sekretorisen kinaasi FAM20C:n epigeneettinen ja transkriptionaalinen aktivaatio onkogeeninä glioomassa',Genetiikan ja genomiikan lehti, 50(6), s. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Hän, Y.ym.(2023) 'Butyraatti kääntää ferroptoosiresistenssin kolorektaalisyövässä indusoimalla c-Fos-riippuvaisen xCT-suppression',Redox-biologia, 65, s. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
