Määritys transposaasia koskevalle kromatiinille, jolla on korkea läpimenon sekvensointi (ATAC-Seq)
Huoltoominaisuudet
● Huolto vaatii kudosnäytteitä uutettujen nukleiinihappojen sijasta DNA-proteiini-vuorovaikutusten säästämiseksi.
● ATAC -menetelmä sisältää kudoksen dissosiaation, jota seuraa ytimien eristäminen, TN5 -käsittely ja puhdistus, PCR -monistus, kokovalinta ja sekvensointi.
● Sekvensointi Illumina Novaseqissa
Palvelun edut
●Korkea herkkyys:Matala aloitussolumäärä on riittävä kirjaston valmistukseen ja sekvensointiin.
●Erittäin informatiivinen tekniikka: paljastaa samanaikaisesti avoimen kromatiinin ja aktiivisten säätelyelementtien, kuten transkriptiotekijän sitoutumiskohtien, genomiset sijainnit.
●Hyvä kokeellinen toistettavuus: Tekniset toistot osoittavat erinomaista toistettavuutta.
●Laaja asiantuntemus: Kun sadat ATAC-sekvensointihankkeet on onnistuneesti valmistunut, Bmkgene tuo yli vuosikymmenen kokemuksen, korkeasti koulutetun analyysiryhmän, kattavan sisällön ja erinomaisen myynnin jälkeisen tuen.
●Mahdollisuus liittyä transkriptiikanalyysiin: ATAC Seq: n integroidun analyysin salliminen muihin OMICS-tietoihin, kuten RNA-seq.
● Kattava bioinformaattinen analyysi: Kromatiinin avoimien alueiden tunnistamisen ja niiden vastaavan toiminnallisuuden (promoottorit, UT: t, eksonit, intronit) lisäksi myös näytteiden välillä kromatiinialueiden välisten erojen analysointi.
Palvelun tekniset tiedot
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositeltu tietojen tulos | Laadunvalvonta |
| Atac-seq | Illumina PE150 | > 20m lukee Genomin koosta riippuen (ihminen: 50 m lukee) | Q30 ≥85% |
Näytteenottovaatimukset
Näytteiden tyyppi: kudokset, elävät tai jäädytetyt solut, veri
● Solunumero: ≥ 106solut
● Kudoksen paino: ≥ 200 mg tuore kudos
● Veri: ≥ 4 ml
Huoltotyövirta
Kokeen suunnittelu
Näytteenotto
DNA: n uutto
Kirjaston rakennus
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
● Raakadatan laadunvalvonta;
● Peak -kutsu viiterenomin kartoittamiseen;
● Geenin merkintä huippupaikassa;
● Motiivianalyysi: transkriptiotekijän sitoutumiskohtien (TFB) tunnistaminen;
● Erotteleva piikkianalyysi ja merkintä.
1. ATAC: n lämmittelykartta lukee jakauman TSS: llä ja viereisillä alueilla (± 3 kb)
2. Avoimen kromatiinialueen jakautuminen eri genomikomponenteissa
3.Differentiaalinen huippukutsu ryhmien välillä
Tutustu Bmkgenen ATAC -sekvensointipalvelujen helpottamiin tutkimusaikaan kuratoidun julkaisujen avulla.
Fu, A.et ai.(2023) 'Telomeeri-to-telomeerien genomikokoonpano Bitter Melonin (Momordica Charantia L. Var. Abbreviata Ser.) Paljastaa hedelmien kehitystä, koostumusta ja kypsyviä geneettisiä ominaisuuksia ",Puutarhatutkimus, 10 (1). doi: 10.1093/h/UHAC228.
Gong, B.et ai.(2023) 'erityskinaasi fam20c: n epigeneettinen ja transkriptionaalinen aktivaatio gliooman onkogeenina',Genetics and Genomics -lehti, 50 (6), s. 422–433. doi: 10.1016/j.jgg.2023.01.008.
Hän, Y.et ai.(2023) 'Butyraatti kääntää ferroptoosiresistenssin kolorektaalisyövässä indusoimalla C-FOS-riippuvainen XCT-tukahduttaminen',Redox -biologia, 65, s. 102822. Doi: 10.1016/j.redox.2023.102822.
