De novo -bakteerigenomikokoonpano
Tarjoamme täydellisen bakteerien genomien kokoamispalvelun takaamalla, ettei genomeissa ole aukkoja. Tämä on mahdollista integroimalla pitkän lukuajan sekvensointitekniikat, kuten Nanopore ja PacBio kokoamista varten, ja lyhyen lukuajan sekvensointitekniikat Illuminan kanssa ONT-lukujen kokoamisen validointia ja virheiden korjausta varten. Palvelumme tarjoaa täydellisen bioinformatiikan työnkulun kokoamisesta toiminnalliseen annotointiin ja edistyneeseen bioinformaattiseen analyysiin, täyttäen tiettyjä tutkimustavoitteita. Tämä palvelu mahdollistaa tarkkojen referenssigenomien kehittämisen erilaisiin geneettisiin ja genomisiin tutkimuksiin. Lisäksi se muodostaa perustan sovelluksille, kuten kantojen optimoinnille, geenitekniikalle ja mikrobiteknologian kehittämiselle, varmistaen luotettavan ja aukottoman genomitiedon, joka on ratkaisevan tärkeää tieteellisen näkemyksen ja bioteknologisen innovaation edistämiselle.
Palvelun ominaisuudet
● Kaksi mahdollista vaihtoehtoa, joista valita halutun genomin täydellisyyden asteen mukaan.
● Luonnosgenomin vaihtoehto: Lyhytlukuinen sekvensointi Illumina NovaSeq PE150:llä.
● Täydellinen 0-aukkoinen genomi.
● Pitkälukuinen sekvensointi Nanopore PromethION 48- tai PacBio Revio -laitteella genomin kokoamista varten.
● Lyhytlukusekvensointi Illumina NovaSeq -laitteella genomin validointia ja virheenkorjausta varten (Nanopore) tai luonnosgenomin luomiseksi.
Palvelun edut
●Nolla-aukkoinen genomi taattuTämä johtuu Illumina-sekvensoinnin integroinnista pitkän lukuajan sekvensointiin (Nanopore tai PacBio).
●Täydellinen bioinformatiikan työnkulku:Tämä sisältää genomin kokoamisen ja useiden genomisten elementtien ennustamisen, toiminnallisen geenien annotoinnin ja genomin visualisoinnit, kuten Circos-kuvaajan.
●Laaja asiantuntemusYli 20 000 mikrobigenomin kokoamisen ansiosta BMKGENE:llä on yli vuosikymmenen kokemus, erittäin ammattitaitoinen analyysitiimi, kattava sisältö ja erinomainen myynnin jälkeinen tuki.
●Myynnin jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustilaisuuksia tuloksiin liittyvien kysymysten käsittelemiseksi.
●Useita sekvensointistrategioita saatavilla:Erilaisille tutkimustavoitteille ja genomin täydellisyyden vaatimuksille.
Palvelun tekniset tiedot
| Palvelu | Sekvensointistrategia |
| Luonnos genomista | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (valinnainen) |
Näytteen vaatimukset:
| Pitoisuus (ng/µL) | Kokonaismäärä (µg) | Tilavuus (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7–2,2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | 1,0–3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakteerit: ≥3,5x1010 solut
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
● Sekvensointitietojen laadunvalvonta
● Genomin kokoaminen
● Genomin komponenttianalyysi: CDS:n ja useiden genomisten elementtien ennustaminen
● Toiminnallinen annotointi useiden yleisten tietokantojen (GO, KEGG jne.) ja edistyneiden tietokantojen (CARD, VFDB jne.) avulla
● Genomin visualisointi
Tarjoamme genomin helposti saatavilla olevassa fasta-muodossa ja genomin annotaatiotiedoston (gff).
Geenimerkintä – GO
Geenimerkintä – CAZY-hiilihydraatit
Genomin visualisointi – Circos-kuvaaja
Tutustu BMKGenen bakteerien genomin kokoamispalveluiden mahdollistamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Dai, W. ym. (2023) "Bacteroides uniformis F18-22:n löytäminen turvallisena ja uutena probioottisena bakteerina haavaisen paksusuolentulehduksen hoitoon terveessä ihmisen paksusuolessa",Kansainvälinen molekyylitieteiden lehti, 24(19), s. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. ym. (2021) "Monilääkeresistentit Proteus mirabilis -isolaatit, jotka kantavat blaOXA-1:tä ja blaNDM-1:tä luonnonvaraisista eläimistä Kiinassa: kasvava kansanterveysriski",Integratiivinen eläintiede, 16(6), s. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT ym. (2017) "Endofyytti Bacillus flexus KLBMP 4941:n täydellinen genomisekvenssi paljastaa sen kasvien kasvua edistävän mekanismin ja geneettisen perustan suolansietokyvylle",Biotekniikan lehti, 260, s. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. ym. (2021) 'Klebsiella-bakteerin monireplikoniresistenssiplasmidit välittävät antimikrobisten geenien laajamittaista leviämistä',Mikrobiologian rajaseudut, 12, s. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
