De novo -bakteerien genomikokoonpano
Tarjoamme täydellisen bakteerien genomikokoonpanon, joka takaa 0 aukkoa. Tämä on mahdollista integroimalla pitkän lukeman sekvensointitekniikat, kuten nanopore ja pacbio kokoonpanoon ja lyhytaikaiset sekvensointi Illuminan kanssa kokoonpanon validointia ja virheenkorjausta varten. Palvelumme tarjoaa täydellisen bioinformaattisen työnkulun kokoonpanosta, toiminnallisesta merkinnästä ja edistyneestä bioinformaattisesta analyysistä, joka täyttää erityiset tutkimustavoitteet. Tämä palvelu mahdollistaa tarkkojen vertailugenomien kehittämisen erilaisille geneettisille ja genomisille tutkimuksille. Lisäksi se muodostaa perustan sovelluksille, kuten kannan optimointi, geenitekniikka ja mikrobitekniikan kehittäminen, varmistaen luotettavan ja aukkovapaan genomitiedot, jotka ovat tärkeitä tieteellisten näkemysten ja bioteknologisen innovaatioiden edistämisessä.
Huoltoominaisuudet
● Kahdella mahdollisella vaihtoehdolla, joista valita halutusta genomin täydellisyydestä riippuen.
● Luonnos Genomi -vaihtoehto: Lyhytaikainen sekvensointi Illumina Novaseq PE150: llä.
● Täytä 0 aukon genomi.
● Pitkän lukenut sekvensointi nanopore-promethion 48: lla tai Pacbio Revotio -tapahtumassa genomikokoonpanoon.
● Lyhytaikainen sekvensointi Illumina Novaseq: llä genomin validointia ja virheenkorjausta varten (nanopore) tai luonnosgenomin luomiseksi.
Palvelun edut
●Nolla-aukon genomi taattu: Tämä johtuu Illumina -sekvensoinnin integroinnista pitkään luettuun sekvensointiin (nanopore tai pacbio).
●Täydellinen bioinformatiikan työnkulku:Tähän sisältyy genomikokoonpano ja useiden genomisten elementtien, funktionaalisen geenimerkinnän ja genomien visualisointien, kuten Circos -kuvaajan, ennustaminen.
●Laaja asiantuntemus: Yli 20 000 mikrobien genomia on koottu, Bmkgene tuo yli vuosikymmenen kokemuksen, korkeasti koulutetun analyysiryhmän, kattavan sisällön ja erinomaisen myynnin jälkeisen tuen.
●Mahtamisen jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen 3 kuukauden jälkeisellä palvelujaksolla. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua sekä Q & A-istuntoja tuloksiin liittyvien kyselyjen ratkaisemiseksi.
●Useita käytettävissä olevia sekvensointistrategioita:Genomin täydellisyyden erilaisten tutkimustavoitteiden ja vaatimusten saavuttamiseksi.
Palvelun tekniset tiedot
| Huolto | Sekvensointistrategia |
| Luonnosgenomi | Illumina PE150 100X |
| 0 GAP -genomi | Nanopore 100x + Illumina PE150 100X Or Pacbio HIFI 30x + Illumina PE150 100X (valinnainen) |
Näytteen vaatimukset:
| Pitoisuus (ng/µl) | Kokonaismäärä (µg) | Tilavuus (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| Nanopori | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Valaistus | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakteerit: ≥3,5x1010 solut
Huoltotyövirta
Näytteenotto
Kirjaston rakennus
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
● Tietojen laadunvalvonnan sekvensointi
● Genomikokoonpano
● Genomikomponentin analyysi: CD -levyjen ja useiden genomisten elementtien ennustaminen
● Funktionaalinen merkintä useilla yleisillä tietokannoilla (GO, KEGG jne.) Ja lisätietokannat (kortti, VFDB jne.)
● Genomin visualisointi
Tarjoamme genomin helposti saavutettavissa olevassa FASTAA -muodossa ja genomin merkintätiedostossa (GFF).
Geenin merkintä - mene
Geenin merkintä - cazy hiilihydraatit
Genomin visualisointi - Circos -juoni
Tutustu Bmkgenen bakteerien genomikokoonpanopalvelujen helpottamiin edistyksiin kuratoidun julkaisujen avulla.
Dai, W. et ai. (2023) 'Bacteroides Uniformis F18-22: n löytäminen turvallisena ja uutena probioottina bakteerina haavaisen koliitin hoidossa terveellisestä ihmisen paksusuolesta',International Journal of Molecular Sciences, 24 (19), s. 14669. doi: 10.3390/ijms241914669/s1.
Kang, Q. et ai. (2021) 'Monilääkeresistentti proteus mirabilis -isolaatit, jotka kantavat Blaoxa-1: tä ja blandm-1: tä KiinassaIntegroiva eläintiede, 16 (6), s. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et ai. (2017) 'Bacillus flexus KLBMP 4941: n endofyytin täydellinen genomisekvenssi paljastaa sen kasvien kasvun edistämismekanismin ja suolatoleranssin geneettisen perustan ",Journal of Bioteknologia, 260, s. 38–41. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.09.001.
Wang, X. et ai. (2021) 'Klebsiellan monikerrosresistenssiplasmidit välittävät antimikrobisten geenien laajaa leviämistä',Mikrobiologian rajat, 12, s. 754931. Doi: 10.3389/fmicb.2021.754931/bibtex.
