CircRNA-sekvensointi - Illumina
Ominaisuudet
● rRNA:n poisto ja sitä seuraava suunnattu kirjaston valmistelu, mikä mahdollistaa juostekohtaiset sekvensointitiedot.
● Bioinformatiikan työnkulku mahdollistaa sirkRNA:n ennustamisen ja ilmentymisen kvantifioinnin.
Palvelun edut
●Laaja asiantuntemusOlemme käsitelleet yli 20 000 näytettä, jotka kattavat erilaisia näytetyyppejä, ja tuomme laajan asiantuntemuksen jokaiseen projektiin.
●Tiukka laadunvalvontaToteutamme keskeisiä valvontapisteitä kaikissa vaiheissa näytteen valmistelusta kirjaston valmisteluun, sekvensointiin ja bioinformatiikkaan. Huolellinen valvontamme varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimittamisen.
●Kattavammat RNA-kirjastot:Käytämme kirjastoa edeltävässä valmistelussa rRNA:n poistoa lineaarisen RNA:n poiston sijaan, mikä varmistaa, että sekvensointidata sisältää paitsi circRNA:ta myös mRNA:ta ja lncRNA:ta, mikä mahdollistaa näiden datajoukkojen yhteisanalyysin.
●Kilpailevien endogeenisten RNA-verkostojen (ceRNA) valinnainen analyysiTarjoaa syvempää tietoa solujen säätelymekanismeista.
● Myynnin jälkeinen tukiYmmärrämme läsnäolon tärkeyden, ja siksi sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustunteja, joissa vastataan tuloksiin liittyviin kysymyksiin.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Alusta | Suositellut tiedot | Tietojen laadunvalvonta |
| rRNA:ta tyhjentänyt suuntakirjasto | Illumina PE150 | 16–20 Gt | Q30≥85% |
Näytteen vaatimukset:
Nukleotidit:
| Pitoisuus (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Geelissä näkyy rajoitetusti tai ei lainkaan proteiini- tai DNA-kontaminaatiota. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; rajoitettu tai ei lainkaan lähtötason korkeutta |
● Kasvit:
Juuri, varsi tai terälehti: 450 mg
Lehti tai siemen: 300 mg
Hedelmä: 1,2 g
● Eläin:
Sydän tai suolisto: 450 mg
Sisäelimet tai aivot: 240 mg
Lihas: 600 mg
Luut, hiukset tai iho: 1,5 g
● Niveljalkaiset:
Hyönteiset: 9 g
Äyriäiset: 450 mg
● Kokoveri:2 putkea
● Solut: 106 solut
● Seerumi ja plasma6 ml
Suositeltu näytteen toimitus
Pakkaus: 2 ml:n sentrifugiputki (foliota ei suositella)
Näytteen merkintä: Ryhmittely + replikaatti, esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNAstable-putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja kuljettaa huoneenlämmössä.
Palvelun työnkulku
Kokeen suunnittelu
Näytteen toimitus
RNA-uutto
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Bioinformatiikka
- Tietojen laadunvalvonta
- Genomin linjaus
- CircRNA-tunnistus
- CircRNA-ilmentymä
- Differentiaalisen ilmentymisen analyysi
CircRNA-ennuste: kromosomijakauma
Differentiaalisesti ilmentyvät circRNA:t – tulivuorikuvaaja
Differentiaalisesti ilmentyvät sirkRNA:t – hierarkkinen klusterointi
CircRNA:n isäntägeenien toiminnallinen rikastuminen
Tutustu BMKGenen circRNA-sekvensointipalveluiden mahdollistamiin tutkimuksen edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Wang, X. ym. (2021) 'CPSF4 säätelee sirkRNA:n muodostumista ja mikroRNA:n välittämää geenien hiljentämistä maksasolukarsinoomassa',Onkogeeni2021 40:25, 40(25), sivut 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. ym. (2023) "X oo-responsiivinen transkriptomi paljastaa rengasmaisen RNA133:n roolin tautiresistenssissä säätelemällä OsARAB:n ilmentymistä riisissä",Fytopatologinen tutkimus, 5(1), sivut 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/KUVAT/6.
Y, H. ym. (2023) 'CPSF3 moduloi sirkulaaristen ja lineaaristen transkriptien tasapainoa maksasolukarsinoomassa'. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. ym. (2023) 'Kattava arviointi sirkRNA:ista kirroottisessa kardiomyopatiassa ennen maksansiirtoa ja sen jälkeen',Kansainvälinen immunofarmakologia, 114, s. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
