Täyspitkän mRNA:n sekvensointi -PacBio
Ominaisuudet
● cDNA:n synteesi poly-A-mRNA:sta ja sen jälkeen kirjaston valmistus
● Sekvensointi CCS-tilassa, HiFi-lukujen luominen
● Täyspitkien transkriptien sekvensointi
● Analyysi ei vaadi referenssigenomia, mutta sitä voidaan käyttää
● Bioinformatiikan analyysi mahdollistaa transkriptien isoformin lncRNA:n, geenifuusioiden, polyadenylaation ja geenirakenteen analysoinnin
Palvelun edut
●Korkea tarkkuusHiFi-lukemat tarkkuudella >99,9 % (Q30), verrattavissa NGS:ään
● Vaihtoehtoisten liitosten analyysiKoko transkriptien sekvensointi mahdollistaa isoformien tunnistamisen ja karakterisoinnin
●Laaja asiantuntemusTiimimme tuo jokaiseen projektiin runsaasti kokemusta, sillä olemme toteuttaneet yli 1100 PacBion täyspitkää transkriptomiprojektia ja käsitelleet yli 2300 näytettä.
●Myynnin jälkeinen tukiSitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustunteja tuloksiin liittyvien kysymysten käsittelemiseksi.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositellut tiedot | Laadunvalvonta |
| PolyA-rikastettu mRNA CCS-kirjasto | PacBio-jatko-osa II PacBio Revio | 20/40 Gt 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Näytteen vaatimukset:
Nukleotidit:
● Kasvit:
Juuri, varsi tai terälehti: 450 mg
Lehti tai siemen: 300 mg
Hedelmä: 1,2 g
● Eläin:
Sydän tai suolisto: 300 mg
Sisäelimet tai aivot: 240 mg
Lihas: 450 mg
Luut, hiukset tai iho: 1 g
● Niveljalkaiset:
Hyönteiset: 6 g
Äyriäiset: 300 mg
● Kokoveri1 putki
● Solut: 106 solut
| Pitoisuus (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Geelissä näkyy rajoitetusti tai ei lainkaan proteiini- tai DNA-kontaminaatiota. | Kasveille: RIN≥7,5; Eläimille: RIN≥8,0; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; rajoitettu tai ei lainkaan lähtötason korkeutta |
Suositeltu näytteen toimitus
Säiliö: 2 ml:n sentrifugiputki (foliota ei suositella)
Näytteen merkintä: Ryhmittely + replikaatti, esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNAstable-putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja kuljettaa huoneenlämmössä.
Palvelun työnkulku
Kokeen suunnittelu
Näytteen toimitus
RNA-uutto
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
● Raakadatan laadunvalvonta
● Vaihtoehtoinen polyadenylaatioanalyysi (APA)
● Fuusiotranskriptianalyysi
● Vaihtoehtoisten liitosten analyysi
● Vertailuanalyysi Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) -analyysistä
● Uusien transkriptien analyysi: koodaavien sekvenssien ennustaminen (CDS) ja toiminnallinen annotointi
● lncRNA-analyysi: lncRNA:n ja kohteiden ennustaminen
● Mikrosatelliittien tunnistus (SSR)
BUSCO-analyysi
Vaihtoehtoisten liitosten analyysi
Vaihtoehtoinen polyadenylaatioanalyysi (APA)
Uusien transkriptien toiminnallinen annotointi
Tutustu tässä julkaisussa BMKGenen Nanopore-täyspitkien mRNA-sekvensointipalveluiden mahdollistamiin edistysaskeliin.
Ma, Y. ym. (2023) 'PacBio- ja ONT-RNA-sekvensointimenetelmien vertaileva analyysi Nemopilema Nomurai -myrkyn tunnistamiseksi', Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. ym. (2019) 'Populus-varren transkriptomin kehitysdynamiikka', Plant Biotechnology Journal, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. ym. (2022) 'Askorbiinihappopitoisuuden dynaamiset muutokset Actinidia latifolian (askorbaattipitoinen hedelmäsato) hedelmänkehityksen ja kypsymisen aikana ja niihin liittyvät molekyylimekanismit', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), s. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. ym. (2022) 'Bioaktiivisiin polyfyliineihin liittyvien biosynteesireittigeenien tehokas ennustaminen Paris polyphylla -kasvissa', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. ym. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) -transkriptomin ja sytokromi P450 -geenien yhdistetty PacBio Iso-Seq- ja Illumina RNA-Seq -analyysi', Insects, 14(4), s. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun ym. (2019) 'Transkriptomin monimutkaisuuden tutkimus PacBion yksittäismolekyylisen reaaliaikaisen analyysin ja Illumina RNA -sekvensoinnin avulla risiiniöljyhapon biosynteesin paremman ymmärtämisen saavuttamiseksi Ricinus communis -kasvissa', BMC Genomics, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
