BMKCloud Log in
条形banneri-03

Tuotteet

DNA/RNA-sekvensointi - PacBio Sequencer

PacBio-sekvensointialusta on pitkään luettava sekvensointialusta, joka tunnetaan myös yhtenä Third-Generation Sequencing (TGS) -tekniikoista.Ydinteknologia, yksimolekyylinen reaaliaikainen (SMRT), mahdollistaa kymmenien kilometrien pituisten lukujen luomisen."Sequencing-by-Synthesis" -menetelmän perusteella yhden nukleotidin resoluutio saavutetaan Zero-mode waveguide (ZMW), jossa vain rajoitettu tilavuus alaosassa (molekyylisynteesin kohta) on valaistu.Lisäksi SMRT-sekvensoinnilla vältetään suurelta osin sekvenssispesifinen harha NGS-järjestelmässä, koska suurinta osaa PCR-monistusvaiheista ei vaadita kirjaston rakennusprosessissa.

 

Alusta: Sequel II, Revio


Palvelun tiedot

Demon tulokset

ominaisuudet

PacBio-sekvensserin kaksi sekvensointitilaa: Continuous Long Read (CLR) ja Circular Consensus Read (CCS)

Sekvensointitila Kirjaston koko Teoreettiset tiedotTuotto (solua kohti) YksipohjainenTarkkuus Sovellukset
CLR 20Kb, 30Kb jne. 80 Gt - 130 Gb Noin85 % De novo, SV-puhelut jne.
CCS 15-20 kb

14–40 Gb/solu (jatko-osa II)

70–110 Gt/solu (Revio)

Riippuu näytteistä

Noin99 % De novo, SNP/Indel/SV-soitto, Iso-Seq,

Revion ja Sequel II:n suorituskyvyn ja ominaisuuksien vertailu

Ehdot

Jatko II -järjestelmä

Revio järjestelmä

Lisääntyä

Suurempi tiheys

8 miljoonaa ZMW:tä

25 miljoonaa ZMW:tä

3x

Itsenäiset vaiheet

1

4

4x

Lyhyemmät ajoajat

30 tuntia

24 tuntia

1,25x

30X HiFi-ihmisen genomia / vuosi

88

1 300

15x kaiken kaikkiaan

Palvelun edut

● Yli 8 vuoden kokemus PacBio-sekvensointialustasta, jossa on tuhansia suljettuja projekteja eri lajien kanssa.

● Täysin varustettu uusimmilla PacBio Sequencing -alustoilla, Reviolla, joka takaa riittävän sekvensoinnin suorituskyvyn.

● Nopeampi läpimenoaika, suurempi tiedon tuotto ja tarkempi data.

● Osallistunut sadoissa vaikuttavissa PacBio-pohjaisissa julkaisuissa.

Esimerkkivaatimukset


Näytteen tyyppi Määrä Keskittyminen (Qubit®) Äänenvoimakkuus Puhtaus muut
Genominen DNA Riippuu tietovaatimuksista ≥50 ng/μl ≥15μl OD260/280 = 1,7-2,2;
OD260/230 = 1,8-2,5;
Selkeä huippu 260 nm:ssäei saasteita
Pitoisuus on mitattava Qubitilla ja Qubit/Nanopore = 0,8-2,5
Kokonais-RNA ≥1,2 μg ≥120 ng/μl ≥15μl OD260/280 = 1,7-2,5;
OD260/230 = 0,5-2,5;ei saasteita

RIN-arvo ≥7,5

5≥28S/18S≥1

 

Palvelun työnkulku

näytteen valmistus

näytteen valmistus

Kirjaston valmistelu

Kirjaston rakentaminen

Jaksotus

Jaksotus

Tietojen analysointi

Tietojen analysointi

Näyte QC

Projektin toimitus


  • Edellinen:
  • Seuraava:

  • 1. In-house Data Yield

    Data luotu 63 CCS-solusta (26 lajista)

    TIEDOT-PacBio-CCS-15 Kb Keskiverto Max Min Mediaani
    Tuotto - osalukemat (Gb) 421.12 544,27 221,38 426,58
    Yiled - CCS (Gb) 25.93 38.59 10.86 25.43
    Polymeraasi N50 145,651 175 430 118,118 144,689
    Subreads N50 17,509 23,924 12,485 17,584
    CCS N50 14 490 19,034 9,876 14,747
    Keskipituus - Polymeraasi 67,995 89,379 49,664 66,433
    Keskimääräinen pituus - alarivit 15,866 21,036 11,657 16,012
    Keskipituus-CCS 14,489 19,074 8,575 14,655

    Data luotu 16 CLR-solusta (76 lajista)

    DATA-PacBio-CLR-30Kb Keskiverto Max Min Mediaani
    Tuotto - osalukemat (Gb) 142,20 291,40 50,55 142,49
    Polymeraasi N50 39,456 121,191 15,389 35,231
    Subreads N50 28 490 41,012 14 430 29,063
    Keskipituus - Polymeraasi 22,063 48,886 8,747 21,555
    Keskimääräinen pituus - alarivit 17,720 27,225 8,293 17,779

    2. Data QC – DemoTilastot datan tuotosta

    Näyte

    ccs Lukee Num

    ccs yhteensä (bp)

    ccs Lukee N50 (bp)

    ccs:n keskimääräinen pituus (bp)

    ccs Pisin luettu (bp)

    osalukemat perusteet (bp)

    ccs (%)

    PB_BMKxxx

    3,444,159

    54,164,122,586

    15,728

    15,726

    36,110

    863 326 330 465

    6.27

     

    saada tarjous

    Kirjoita viestisi tähän ja lähetä se meille

    Lähetä viestisi meille: