Illuminan valmiit kirjastot
Ominaisuudet
●Alustat:Illumina NovaSeq 6000 ja NovaSeq X Plus
●Sekvensointitilat:PE150 ja PE250
●Kirjastojen laadunvalvonta ennen sekvensointia
●Sekvensointidatan laadunvalvonta ja toimitus:QC-raportin ja raakadatan toimitus fastq-muodossa Q30-lukemien demultipleksoinnin ja suodatuksen jälkeen
Palvelun edut
●Sekvensointipalveluiden monipuolisuus:Asiakas voi valita sekvensoinnin kaistan, virtauskammion tai tarvittavan datan määrän mukaan (osittainen kaistasekvensointi).
●Laaja kokemus Illumina-sekvensointialustasta:tuhansien päättyneiden projektien kanssa, joissa on mukana eri lajeja.
●Sekvensoinnin laadunvalvontaraportin toimitus:laatumittareiden, datan tarkkuuden ja sekvensointiprojektin kokonaissuorituskyvyn kanssa.
●Kypsä sekvensointiprosessi:lyhyellä läpimenoajalla.
●Tiukka laadunvalvontaNoudatamme tiukkoja laadunvalvontavaatimuksia taataksemme jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimittamisen.
Näytealustat
| Alusta | Virtauskenno | Sekvensointitila | Yksikkö | Arvioitu tuotos |
| NovaSeq X | 10B (8 kaistaa) | PE150 | Yksi kaista Osittainen kaista | 375 Gt / kaista |
| 25B (8 kaistaa) | PE150 | Yksi kaista Osittainen kaista | 1000 Gb/kaista | |
| NovaSeq 6000 | SP-virtauskenno (2 kaistaa) | PE250 | Virtauskenno Yksi kaista Osittainen kaista | 325–400 miljoonaa lukukertaa / kaista |
| S4-virtauskenno (4-kaistainen) | PE150 | Virtauskenno Yksi kaista Osittainen kaista | ~800 Gt / kaista |
Näytteen vaatimukset
| Datamäärä (Gb) | Konsentroitu (qPCR) PE150 | Konsentroitu (qPCR) PE250 | Äänenvoimakkuus | |
| Osittainen kaista
| G ≤ 10 | ≥ 1 nM | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl |
| 10 < G ≤ 50 | ≥ 2 nM | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 < G ≤ 100 | ≥ 3 nM | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| G > 100 | ≥ 4 nM | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Yksi kaista | Kaistaa kohden | ≥ 1,5 nM/kirjastopooli | ≥ 2 nM/kirjastopooli | ≥ 25 µL/kirjastopooli |
Pitoisuuden ja kokonaismäärän lisäksi tarvitaan myös sopiva piikkikuvio.
Huomautus: Alhaisen monimuotoisuuden kirjastojen kaistasekvensointi vaatii PhiX-täydennyksen luotettavan emästunnistuksen varmistamiseksi.
Suosittelemme lähettämään valmiiksi yhdistetyt kirjastot näytteiksi kaistasekvensointia varten. Jos tarvitset BMKGENE:ltä kirjastojen yhdistämisen, katso kirjaston osittaista kaistasekvensointia koskevat vaatimukset.
Kirjaston koko (huippukartta)
PE150-sekvensoinnissa insertin koon tulisi olla 300–400 bp (ilman adaptereita); PE250-sekvensoinnissa insertin koon tulisi olla 150–500 bp (ilman adaptereita).
Kirjastoissa tulisi olla yksi pääpiikki, ei adapterikontaminaatiota eikä alukedimeerejä.
Ota meihin yhteyttä, jos näytteesi eivät täytä lähtöainevaatimuksia.
Palvelun työnkulku
Kirjaston laadunvalvonta
Sekvensointi
Tiedon laadunvalvonta
Projektin toimitus
Kirjaston laadunvalvontaraportti
Kirjaston laatua koskeva raportti toimitetaan ennen sekvensointia, kirjaston määrän arviointia ja fragmentoitumista.
Sekvensoinnin laadunvalvontaraportti
Taulukko 1. Sekvensointidatan tilastotiedot.
| Näytetunnus | BMKID | Raakalukemat | Raakadata (bp) | Puhtaat lukemat (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | Yleinen viljely (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22 870 120 | 6 861 036 000 | 96.48 | 99.14 | 94,85 | 36.67 |
| C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4 415 360 100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
Kuva 1. Laadun jakautuminen lukemien mukaan kussakin otoksessa
Kuva 2. Perussisällön jakauma
Kuva 3. Luetun sisällön jakautuminen sekvensointidatassa
