BMKCloud-kirjautuminen

Tuotteet

DNA/RNA-sekvensointi – Nanopore-sekvensointilaite

DNA/RNA-sekvensointi – Nanopore-sekvensointilaitteen esittelykuva

ONT-sekvensointi on yksittäisten molekyylien reaaliaikainen sähköisten signaalien sekvensointitekniikka, joka perustuu nanohuokosiin. Molempien alustojen sekvensointiperiaate on sama. Kaksijuosteinen DNA/RNA sitoutuu biofilmiin upotettuun nanohuokoiseen proteiiniin ja purkautuu purkautumalla moottoriproteiinin johdolla. Biofilmin molemmilta puolilta tulevan jännite-eron vaikutuksesta DNA/RNA-säikeet kulkevat nanohuokoskanavan proteiinin läpi tietyllä nopeudella. DNA/RNA-juosteen eri emästen kemiallisten ominaisuuksien erojen vuoksi yhden emäksen tai DNA-molekyylin kulkiessa nanohuokoskanavan läpi se aiheuttaa erilaisia sähköisiä signaaleja. Näiden signaalien havaitsemisen ja vastaavuuden avulla voidaan laskea vastaavat emästyypit ja suorittaa sekvenssin reaaliaikainen havaitseminen.

Ota yhteyttä

Palvelun tiedot

Demotulos

Palvelun tiedot Ominaisuudet

Alusta	Kirjaston koko	Teoreettinen datasaanto (solua kohden)	Yhden pohjan tarkkuus	Sovellukset
Nanopore	8 kb, 10 kb, 20 kb, ultrapitkä, cDNA-PCR	70–90 Gt/solu	85–92 %	SV-kutsu, De novo, täyspitkä sekvensointi, Iso-Seq, geeniannotaatio, DNA-metylaation havaitseminen

Palvelun edut

● Yli 5 vuoden kokemus PacBio-sekvensointialustasta ja tuhansista päättyneistä projekteista eri lajien kanssa.
● BMKGENE on Oxford Nanoporen virallinen kumppani, jolla on kaksoisalustainen RNA/DNA-sertifiointi.
● Saatavilla on valtavirran sekvenssereitä, joissa on täydellinen laitteisto ja riittävä sekvensointikapasiteetti.
● Nanopore-alustaan perustuen on julkaistu yli 10 eläin- ja kasvitutkimusta Denovosta kansainvälisesti tunnetuissa lehdissä.

Näytteen vaatimukset

Näytetyyppi

Määrä

Keskittyminen (Qubit ®)

Äänenvoimakkuus

Puhtaus

Muut

Genominen DNA

Riippuu tietovaatimuksista

≥20 ng/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1,7–2,2;

OD260/230≥1,5；

Kirkas piikki 260 nm:ssä, ei kontaminaatiota

Pitoisuus on mitattava Qubitilla ja Qubit/Nanopore ≤ 2

Kokonais-RNA

≥1,2 μg

≥100 μg/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1,7–2,5;

OD260/230 = 0,5–2,5, ei kontaminaatiota

RIN-arvo ≥7,5

Palvelun työnkulku

Näytteen valmistelu

Kirjaston rakentaminen

Sekvensointi

Data-analyysi

Projektin toimitus

Edellinen: Illuminan valmiit kirjastot

Seuraavaksi: Spesifisen lokuksen monistettujen fragmenttien sekvensointi (SLAF-Seq)

DNA-näytteen datan laadun arviointi

Taulukko 1. Puhtaan datan tilastot.

BMKID	raaka järjestysnro	raakaSummaBase	puhdasSarjanumero	puhdasSummaBase	cleanN50Len	cleanN90Len	puhdas keskipituus	cleanMaxLen	puhdas keskiarvolaatu
DNA_BMK01	1 218 239	26.37	1 121 736	25,90	28 014	15 764	23 090	143 181	9