Eukaryoottinen mRNA-sekvensointi - Illumina
Edut
ØKokenut: BMK:ssa on käsitelty yli 200 000 näytettä, jotka kattavat erilaisia näytetyyppejä, kuten soluviljelmiä, kudoksia, kehon nesteitä jne., ja yli 7 000 mRNA-Seq-projektia on suljettu eri tutkimusalueilta.
ØTiukka laadunvalvontajärjestelmä: Laadunvalvontapisteitä kaikissa vaiheissa, mukaan lukien näytteen valmistelu, kirjaston valmistelu, sekvensointi ja bioinformatiikka, seurataan tarkasti korkealaatuisten tulosten saamiseksi.
ØKäytettävissä on useita tietokantoja toimintomerkintöjä ja rikastustutkimuksia varten erilaisten tutkimustavoitteiden saavuttamiseksi.
ØMyynnin jälkeiset palvelut: Myynnin jälkeiset palvelut ovat voimassa 3 kuukautta projektin päätyttyä, mukaan lukien projektin seuranta, vianetsintä, tulosten kysymykset ja vastaukset jne.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Tietoja suositellaan | Laadunvalvonta |
| Poly A rikastettu | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85 % |
Esimerkkivaatimukset:
Nukleotidit:
| Puhtaus | Rehellisyys | Määrä |
| OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Geelissä näkyy rajoitettu proteiini- tai DNA-kontaminaatio tai ei ollenkaan. | Kasveille: RIN≥6,5;Eläimille: RIN≥7;28S/18S≥1,0;rajoitettu tai ei perustason nousua | Kons.≥30 ng/μl;Tilavuus ≥ 10 μl;Yhteensä ≥ 1,5 μg |
Kudos: Paino (kuiva):≥1 g
*Alle 5 mg:n kudokselle suosittelemme pakastetun (nestemäisessä typessä) kudosnäytteen lähettämistä.
Solususpensio:Solumäärä = 3×106- 1×107
* Suosittelemme pakastetun solulysaatin lähettämistä.Jos solujen lukumäärä on pienempi kuin 5 × 105, suositellaan pikapakastusta nestetypessä, mikä on parempi mikrouuttoon.
Verinäytteitä:Tilavuus≥1 ml
Mikro-organismi:Paino ≥ 1 g
Suositeltu näytetoimitus
Säiliö: 2 ml sentrifugiputki (tinafoliota ei suositella)
Näytemerkintä: Ryhmä+kopio esim. A1, A2, A3;B1, B2, B3.....
Lähetys:
- Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
- RNA-stabiilit putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja toimittaa huoneenlämmössä.
Palvelun työnkulku
Kokeilusuunnittelu
Näytteen toimitus
RNA:n uuttaminen
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Bioinformatiikka
Eukaryootti mRNA-sekvensointianalyysin työnkulku
Bioinformatiikka
ØRaakatietojen laadunvalvonta
ØViitegenomin kohdistus
ØTranskription rakenneanalyysi
ØIlmaisun kvantifiointi
ØDifferentiaalinen ilmentymisanalyysi
ØFunktiomerkintä ja rikastus
1.mRNA Data Saturaatiokäyrä
2.Differentiaalinen ilmentymisanalyysi - Tulivuorikaavio
3.KEGG-merkintä DEG:issä
4.GO-luokitus DEG:issä
