Eukaryoottinen mRNA-sekvensointi-NGS
Ominaisuudet
● Valinnainen suuntaava mRNA-kirjaston valmistelu juostekohtaisten sekvensointitietojen saamiseksi
● Erilaiset BI-analyysit kattavat kaikki asiakkaidemme tarpeet
Edut
●Laaja asiantuntemusOlemme käsitelleet yli 600 000 näytettä, jotka kattavat erilaisia näytetyyppejä, kuten soluviljelmiä, kudoksia ja kehon nesteitä. Tuomme laajan asiantuntemuksemme jokaiseen projektiin.
●Tiukka laadunvalvontaToteutamme keskeisiä valvontapisteitä kaikissa vaiheissa näytteen valmistelusta kirjaston valmisteluun, sekvensointiin ja bioinformatiikkaan. Huolellinen valvontamme varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimittamisen.
●Kattava merkintäKäytämme useita tietokantoja differentiaalisesti ilmentyvien geenien (DEG) toiminnalliseen annotointiin ja vastaavien rikastusanalyysien suorittamiseen. Tämä kattava lähestymistapa tarjoaa tietoa transkriptomivasteen taustalla olevista solu- ja molekyyliprosesseista varmistaen, että saat kaikki mahdolliset tiedot kokeesi tiedoista.
●Myynnin jälkeinen tukiYmmärrämme läsnäolon tärkeyden, ja siksi sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastausosioita, joissa vastataan tuloksiin liittyviin kysymyksiin.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositellut tiedot | Laadunvalvonta |
| Poly A -rikastettu | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6–10 Gt | Q30≥85% |
Näytevaatimukset:
Nukleotidit:
Näytteen vähimmäisvaatimukset:
| Pitoisuus (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys | |
| Standardikirjasto | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Geelissä näkyy rajoitetusti tai ei lainkaan proteiini- tai DNA-kontaminaatiota. | Kasveille: RIN≥4,0; Eläimillä: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; rajoitettu tai ei lainkaan lähtötason korkeutta |
| Suuntakirjasto | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Geelissä näkyy rajoitetusti tai ei lainkaan proteiini- tai DNA-kontaminaatiota. | Kasveille: RIN≥4,0; Eläimillä: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; rajoitettu tai ei lainkaan lähtötason korkeutta |
| Kasvit | Eläin | Niveljalkaiset | Kokoveri | Solut |
| Juuri, varsi tai terälehti: 450 mg Lehti tai siemen: 300 mg Hedelmä: 1,2 g | Sydän tai suolisto: 300 mg Sisäelimet tai aivot: 240 mg Lihas: 450 mg Luut, hiukset tai iho: 1 g | Hyönteiset: 6 g Äyriäiset: 300 mg | 1 putki | 106 solua |
Suositeltu näytteen toimitus
Pakkaus: 2 ml:n sentrifugiputki (foliota ei suositella)
Näytteen merkintä: Ryhmittely+replikointi esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNA-pöytäputket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja kuljettaa huoneenlämmössä.
Näytevaatimukset ja toimitus
Kokeen suunnittelu
Näytteen toimitus
RNA-uutto
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Bioinformatiikka
Näytteille, joilla on saatavilla oleva referenssigenomi, BI-analyysi on seuraava:
ØRaakadatan laadunvalvonta
ØViite genomin linjaus
ØTranskriptiorakenteen analyysi
ØLausekkeen kvantifiointi
ØDifferentiaalisen ilmentymisen analyysi
ØToimintojen annotointi ja rikastaminen
Näytteille, joilla ei ole referenssigenomia, tämä on käytettävissä oleva vaihtoehto:
• Raakadatan laadunvalvonta
•Kokoonpano rakenteen optimoinnilla
•Differentiaalisen ilmentymisen analyysi
•Toimintojen annotointi ja rikastaminen
Viite genomin linjaus
Datan kylläisyys
Näytteiden korrelaatio ja biologisten toistojen arviointi
Differentiaalisesti ilmentyvät geenit (DEG)
DEG-yhdisteiden toiminnallinen merkintä
DEG-yhdisteiden toiminnallinen rikastaminen
Tutustu BMKGenen eukaryoottisten NGS-mRNA-sekvensointipalveluiden mahdollistamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Huang, L. ym. (2023) "Triklosaani ja triklokarbaani heikentävät kultakalojen hajuaistia rajoittamalla hajuntunnistusta, häiritsemällä hajusignaalien välittymistä ja häiritsemällä hajutiedon käsittelyä",Vesitutkimus, 233, s. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ ym. (2023) 'Aspergillus fumigatus kaappaa ihmisen p11:n ohjatakseen sieniä sisältävät fagosomit ei-hajoavalle reitille',Solu-isäntä ja mikrobi, 31(3), s. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. ym. (2022) 'TCP-transkriptiotekijät, jotka osallistuvat Ma-bambun (Dendrocalamus latiflorus Munro) verson kehitykseen',Kasvitieteen rajaseudut, 13, s. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. ym. (2022) 'Chrysanthemum lavandulifoliumin genomi ja erilaisten päämaketyyppien taustalla oleva molekyylimekanismi',Puutarhatutkimus, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie ym. (2023) 'Kaskadipohjainen nanoreaktori kolorektaalisyövän sonodynaamisen hoidon tehostamiseksi synergistisen ROS-lisäyksen ja autofagian estämisen avulla',Nano tänään, 49, s. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
