● Ribosomaalisen cDNA:n poistamiseen käytetään erityisiä koettimia.
● Strand-kohtainen kirjastorakentaminen.
● Yksi työnkulku mRNA-, lncRNA- ja circRNA-tietojen samanaikaiseen hakemiseen.
● Tiukka laadunvalvonta: Käytämme keskeisiä valvontapisteitä kaikissa vaiheissa näytteen ja kirjaston valmistelusta sekvensointiin ja bioinformatiikkaan. Tämä huolellinen valvonta varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimittamisen.
● Myynnin jälkeinen tuki: Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustilaisuuksia tuloksiin liittyvien kysymysten käsittelemiseksi.
| Kirjasto | Alusta | Suositellut tiedot | Tietojen laadunvalvonta |
| rRNA:ta tyhjentänyt suuntakirjasto | Illumina PE150 | 10–16 Gt | Q30≥85% |
Nukleotidit:
| Määrä (ng) | Tilavuus (μL) |
| 40 | 20 |
Kudos:
Eksosomi: 100 μL; 40 μg; >10^9 hiukkasta/ml
Seerumi/plasma: 5 ml
Soluviljelyneste: 100 ml
Virtsa: 100 ml
Sylki: 15 ml
Nenävuoto: 15 ml
Aivo-selkäydinneste: 15 ml
Lapsivesi: 50 ml
Siemenneste: 5 ml
Sappi: 5 ml
Askites: 50 ml
Maito: 15 ml
Follikulaarinen neste: 15 ml
Ulosteen supernatantti: 50 ml
Mikrobiviljelysupernatantti: 100 ml
Eläinkudosta: 3 g
Kasvikudos: 1 g
Pakkaus: 2 ml:n sentrifugiputki (foliota ei suositella)
Näytteen merkintä: Ryhmittely + replikaatti, esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNAstable-putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja kuljettaa huoneenlämmössä.
Bioinformatiikka
CircRNA-ennuste: kromosomijakauma
Differentiaalisesti ilmentyvät circRNA:t – tulivuorikuvaaja
Differentiaalisesti ilmentyvät sirkRNA:t – hierarkkinen klusterointi
CircRNA:n isäntägeenien toiminnallinen rikastuminen
Differentiaalisen geeniekspression (DEG) analyysi
lncRNA-ilmentymisen kvantifiointi – klusterointi
lncRNA-kohdegeenien rikastaminen
mRNA:n ja lncRNA:n yhteissijaintianalyysi – Circos-kuvaaja (keskimmäinen ympyrä on mRNA ja sisempi ympyrä on lncRNA)