Täyspitkä mRNA-sekvensointi - Nanopore
Ominaisuudet
● Poly-A-mRNA:n talteenotto, jota seuraa cDNA:n synteesi ja kirjaston valmistelu
● Täyspitkien transkriptien sekvensointi
● Bioinformatiivinen analyysi, joka perustuu vertailugenomiin kohdistukseen
● Bioinformatiikan analyysiin kuuluu paitsi geeni- ja isoformitasolla tapahtuva ilmentyminen, myös lncRNA:n, geenifuusioiden, polyadenylaation ja geenirakenteen analyysi.
Palvelun edut
●Ilmentymisen kvantifiointi isoformitasolla: mahdollistaa yksityiskohtaisen ja tarkan ilmentymisanalyysin, paljastaen muutokset, jotka saattavat peittyä analysoitaessa koko geenien ilmentymistä
●Vähentynyt datantarve:Verrattuna seuraavan sukupolven sekvensointiin (NGS), Nanopore-sekvensointi vaatii vähemmän dataa, mikä mahdollistaa vastaavan geenien ilmentymisen kvantifioinnin kyllästymistasot pienemmällä datamäärällä.
●Ilmentymisen kvantifioinnin parempi tarkkuussekä geeni- että isoformitasolla
●Lisätranskriptoomisen tiedon tunnistaminenvaihtoehtoinen polyadenylaatio, fuusiogeenit ja lcnRNA sekä niiden kohdegeenit
●Laaja asiantuntemusTiimimme tuo jokaiseen projektiin runsaasti kokemusta. Olemme toteuttaneet yli 850 Nanopore-kokopitkää transkriptomiprojektia ja käsitelleet yli 8 000 näytettä.
●Myynnin jälkeinen tukiSitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustunteja tuloksiin liittyvien kysymysten käsittelemiseksi.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositellut tiedot | Laadunvalvonta |
| Poly A -rikastettu | Nanopore PromethION 48 | 6/12 Gt | Keskimääräinen laatupistemäärä: Q10 |
Näytteen vaatimukset:
Nukleotidit:
| Pitoisuus (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Geelissä näkyy rajoitetusti tai ei lainkaan proteiini- tai DNA-kontaminaatiota. | Kasveille: RIN≥7,0; Eläimillä: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; rajoitettu tai ei lainkaan lähtötason korkeutta |
● Kasvit:
Juuri, varsi tai terälehti: 450 mg
Lehti tai siemen: 300 mg
Hedelmä: 1,2 g
● Eläin:
Sydän tai suolisto: 300 mg
Sisäelimet tai aivot: 240 mg
Lihas: 450 mg
Luut, hiukset tai iho: 1 g
● Niveljalkaiset:
Hyönteiset: 6 g
Äyriäiset: 300 mg
● Kokoveri1 putki
● Solut: 106 solut
Suositeltu näytteen toimitus
Pakkaus: 2 ml:n sentrifugiputki (foliota ei suositella)
Näytteen merkintä: Ryhmittely + replikaatti, esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNAstable-putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja kuljettaa huoneenlämmössä.
Palvelun työnkulku
Nukleotidit:
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Palvelun työnkulku
Kudos:
Kokeen suunnittelu
Näytteen toimitus
RNA-uutto
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
● Raakadatan käsittely
● Opinto-oikeuden tunnistaminen
● Vaihtoehtoinen liitos
● Ilmentymisen kvantifiointi geeni- ja isoformitasolla
● Differentiaalisen ilmentymisen analyysi
● Funktioiden annotointi ja rikastaminen (DEG:t ja DET:t)
Vaihtoehtoinen liitosanalyysi
Vaihtoehtoinen polyadenylaatioanalyysi (APA)
lncRNA-ennuste
Uusien geenien merkinnät
DET-ryhmittely
Proteiini-proteiiniverkot differentiaalisesti hajoavissa geeneissä
Tutustu BMKGenen Nanopore-kokopitkien mRNA-sekvensointipalveluiden mahdollistamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Gong, B. ym. (2023) 'Sekretorisen kinaasi FAM20C:n epigeneettinen ja transkriptionaalinen aktivaatio onkogeeninä glioomassa', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), s. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. ym. (2023) 'IFN-γ:lle reagoivien lymfosyyttien täyspitkä transkriptomisekvensointi paljastaa Th1-vinoutuneen immuunivasteen kampelalla (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, s. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. ym. (2023) 'PacBio- ja ONT-RNA-sekvensointimenetelmien vertaileva analyysi Nemopilema Nomurai -myrkyn tunnistamiseksi', Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. ym. (2023) 'Nano-sekvensointianalyysi paljastaa erilaisen toiminnallisen taipumuksen hUMSC:stä peräisin olevien eksosomien ja mikrovesikkelien välillä', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), s. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
