De novo sienigenomikokoonpano
BMKGENE tarjoaa monipuolisia ratkaisuja sienigenomeille, jotka vastaavat erilaisiin tutkimustarpeisiin ja halutun genomin täydellisyyteen. Pelkästään lyhytlukuisen Illumina-sekvensoinnin hyödyntäminen mahdollistaa genomin luonnoksen luomisen. Lyhyet lukemat ja pitkän lukujakson sekvensointi Nanoporella tai Pacbiolla yhdistetään hienostuneemman sienigenomin saamiseksi pidemmillä jatkumoilla. Lisäksi Hi-C-sekvensoinnin integrointi parantaa entisestään ominaisuuksia, mikä mahdollistaa täydellisen kromosomitason genomin saavuttamisen.
Palvelun ominaisuudet
Valittavana on kolme vaihtoehtoa halutusta genomin täydellisyysasteesta riippuen:
● Luonnosgenomivaihtoehto: Lyhytlukuinen sekvensointi Illumina NovaSeq PE150:llä.
● Fungal Fine Genome -vaihtoehto:
Genomitutkimus: Illumina NovaSeq PE150.
Genomikokoonpano: PacBio Revio (HiFi lukee) tai Nanopore PromethION 48.
● Kromosomitason sienigenomi:
Genomitutkimus: Illumina NovaSeq PE150.
Genomikokoonpano: PacBio Revio (HiFi lukee) tai Nanopore PromethION 48.
Jatkuva ankkurointi Hi-C-kokoonpanolla.
Palvelun edut
●Saatavilla useita sekvensointistrategioita: Eri tutkimustavoitteisiin ja genomin täydellisyyden vaatimuksiin
●Täydellinen bioinformatiikan työnkulku:Tämä sisältää genomin kokoamisen ja useiden genomisten elementtien ennustamisen, funktionaalisen geenimerkinnän ja jatkuvan ankkuroinnin.
●Laaja asiantuntemus: Yli 12 000 mikrobigenomia koottaessa tuomme mukanamme yli vuosikymmenen kokemuksen, erittäin ammattitaitoisen analyysitiimin, kattavan sisällön ja erinomaisen myynnin jälkeisen tuen.
●Myynnin jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen lisäksi 3 kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja Q&A-istuntoja vastataksemme kaikkiin tuloksiin liittyviin kyselyihin.
Palvelun tiedot
| Palvelu | Sekvensointistrategia | Laadunvalvonta |
| Genomiluonnos | Illumina PE150 100x | Q30≥85 % |
| Hieno genomi | Genomitutkimus: Illumina PE150 50 x Asennus: PacBio HiFi 30x tai Nanopore 100x | Contig N50 ≥ 1 Mb (Pacbio Unicelllar) Contig N50 ≥2Mb (ONT Yksisoluinen) contig N50 ≥500 kb (muut) |
| Kromosomitason genomi | Genomitutkimus: Illumina PE150 50 x Asennus: PacBio HiFi 30x tai Nanopore 100x Hi-C Assembly 100x | Jatkuva ankkurointisuhde > 90 %
|
Palveluvaatimukset
| Pitoisuus (ng/µL) | Kokonaismäärä (µg) | Tilavuus (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Yksisoluinen sieni: ≥3,5x1010 soluja
Makrosieni: ≥10 g
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
Genomitutkimus:
- Sekvensointitietojen laadunvalvonta
- Genomin estimointi: koko, heterotsygoottisuus, toistuvat elementit
Hieno genomikokoonpano:
- Sekvensointitietojen laadunvalvonta
- De novoKokoonpano
- Genomikomponenttianalyysi: CDS:n ja useiden genomielementtien ennustaminen
- Toiminnallinen merkintä useilla yleisillä tietokannoilla (GO, KEGG jne.) ja kehittyneillä tietokantoilla (CARD, VFDB jne.)
Hi-C kokoonpano:
- Hi-C-kirjaston arviointi.
- Jatkuu klusteroinnin ankkurointia, tilaamista ja suuntaamista
- HI-C-kokoonpanon arviointi: Perustuu referenssigenomiin ja lämpökarttaan
Genomitutkimus: k-mer-jakauma
Genomikokoonpano: geenihomologinen annotaatio (NR-tietokanta)
Genomikokoonpano: toiminnallinen geenimerkintä (GO)
Tutustu BMKGenen sienigenomin kokoamispalvelujen tuomiin edistyksiin kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Hao, J. et ai. (2023) "Inonotus obliquus -lääkesienen integroitu omiprofilointi vedenalaisissa olosuhteissa",BMC Genomics, 24(1), s. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et ai. (2023) "Genomisekvensointi paljastaa vehnän terävän silmätäplän patogeenin Rhizoctonia cerealis evoluution ja patogeeniset mekanismit",The Crop Journal, 11(2), s. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et ai. (2023) "Genomiresurssit neljälle Clarireedia-lajille, jotka aiheuttavat dollaripilkkua erilaisissa nurmikasveissa",Kasvisairaus, 107(3), s. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et ai. (2023) "Geneettinen ja molekyylinen todiste tetrapolaarisesta parittelujärjestelmästä syötävässä sienessä Grifola frondosa",Sienilehti, 9(10), s. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
