De novo sienigenomikokoonpano
BMKGENE tarjoaa monipuolisia ratkaisuja sienigenomeihin, jotka vastaavat erilaisiin tutkimustarpeisiin ja haluttuun genomin täydellisyyteen. Pelkkä lyhytlukuinen Illumina-sekvensointi mahdollistaa luonnosgenomin luomisen. Lyhytlukuiset ja pitkälukuiset sekvensoinnit Nanopore- tai Pacbio-ohjelmilla yhdistetään tarkemmaksi ja pidemmiksi kontigeiksi sienigenomiksi.
Palvelun ominaisuudet
Kaksi vaihtoehtoa valittavana halutun genomin täydellisyyden asteen mukaan:
● Luonnosgenomin vaihtoehto: Lyhytlukuinen sekvensointi Illumina NovaSeq PE150:llä.
● Sienen hienogenomin vaihtoehto:
Genomitutkimus: Illumina NovaSeq PE150.
Genomin kokoaminen: PacBio Revio (HiFi-luennot) tai Nanopore PromethION 48.
Palvelun edut
●Useita sekvensointistrategioita saatavillaErilaisille tutkimustavoitteille ja genomin täydellisyyden vaatimuksille
●Täydellinen bioinformatiikan työnkulku:Tämä sisältää genomin kokoamisen ja useiden genomisten elementtien ennustamisen, toiminnallisen geenien annotoinnin ja kontigin ankkuroinnin.
●Laaja asiantuntemusYli 12 000 kootun mikrobigenomin ansiosta meillä on yli vuosikymmenen kokemus, erittäin ammattitaitoinen analyysitiimi, kattava sisältö ja erinomainen myynnin jälkeinen tuki.
●Myynnin jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustunteja tuloksiin liittyvien kysymysten käsittelemiseksi.
Palvelun tekniset tiedot
| Palvelu | Sekvensointistrategia | Laadunvalvonta |
| Luonnos genomista | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Hieno genomi | Genomitutkimus: Illumina PE150 50 x Kokoonpano: PacBio HiFi 30x tai Nanopore 100x | jatkumo N50 ≥1 Mb (Pacbio Unicellular) jatkuva N50 ≥2 Mb (ONT yksisoluinen) jatkuva N50 ≥500kb (muut) |
Palveluvaatimukset
| Pitoisuus (ng/µL) | Kokonaismäärä (µg) | Tilavuus (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | ≥1,6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | 1,0–3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Yksisoluinen sieni: ≥3,5x1010 solut
Makrosieni: ≥10 g
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
Genomitutkimus:
- Sekvensointidatan laadunvalvonta
- Genomin arviointi: koko, heterotsygoottisuus, toistuvat elementit
Hieno genomin kokoaminen:
- Sekvensointitietojen laadunvalvonta
- De novoKokoonpano
- Genomin komponenttianalyysi: CDS:n ja useiden genomisten elementtien ennustaminen
- Toiminnallinen annotointi useiden yleisten tietokantojen (GO, KEGG jne.) ja edistyneiden tietokantojen (CARD, CAZy jne.) avulla
Genomitutkimus: k-mer-jakauma
Genomin kokoonpano: geenin homologinen annotaatio (NR-tietokanta)
Genomin kokoonpano: funktionaalinen geenimerkintä (GO)
Tutustu BMKGenen sienigenomin kokoamispalveluiden mahdollistamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Hao, J. ym. (2023) 'Lääkesienen Inonotus obliquus integroitu omiprofilointi upotusolosuhteissa',BMC Genomics, 24(1), sivut 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/KUVAT/3.
Lu, L. ym. (2023) 'Genomin sekvensointi paljastaa vehnän silmätäpläpatogeenin Rhizoctonia cerealis evoluution ja patogeneettiset mekanismit',Satolehti, 11(2), s. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. ym. (2023) 'Neljän Clarireedia-lajin genomiresurssit, jotka aiheuttavat dollarilaikkuja monimuotoisilla nurmikoilla',Kasvitauti, 107(3), sivut 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS ym. (2023) 'Geneettisiä ja molekyylitason todisteita tetrapolaarisesta parittelujärjestelmästä syötävässä sienessä Grifola frondosa',Sienien lehti, 9(10), s. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
