Genomin laajuinen assosiaatioanalyysi
1. Palvelun edut
● Runsaat projektitapaukset: Perustamisestaan vuonna 2009 lähtien BMKGENE on toteuttanut satoja lajiprojekteja populaatio-GWAS-tutkimuksessa, auttanut tutkijoita julkaisemaan yli 100 artikkelia, ja kumulatiivinen vaikutuskerroin oli 500.
● Ammattianalyytikot.
● Lyhyt analyysisykli.
● Tarkka tiedonlouhinta.
2. Palvelun tiedot
| Tyyppi | Väestöasteikko | Sekvensointistrategia ja syvyys |
| SLAF-GWAS | Näytenumero ≥200 | Genomin koko < 400M, ref-genomilla, WGS on suositeltavaa |
| Genomin koko ≤ 1G, 100K Tagit ja 10X | ||
| 1G ≤ Genomin koko ≤ 2G, 200K Tagit ja 10X | ||
| Genomin koko > 2G, 300K Tagit ja 10X | ||
| WGS-GWAS | Näytenumero ≥200 | 10X jokaiselle näytteelle |
3. Materiaalin valinta
Eri lajikkeet, alalajit, maarodut / geenipankit / sekaperheet / luonnonvarat
Erilaisia lajikkeita, alalajeja, maatiloja
Sisarpuolipuoli / kokosisarperhe / luonnonvarat
4. Bioinformaatioanalyysi
● Genominlaajuinen assosiaatioanalyysi
● Merkittävän SNP:n analyysi ja seulonta
● Ehdokasgeenin toiminnallinen annotaatio
5. Huollon työnkulku
Kokeilusuunnittelu
Näytteen toimitus
RNA:n uuttaminen
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
a.Fenotyyppi QC
Taajuusjakauman histogrammi
Fenotyyppitilastot
b.Assosiaatioanalyysi (malli: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)
QQ juoni
Manhattanin juoni
| vuosi | Journal | IF | Otsikko |
| 2022 | NC | 17.69 | Puupionin Paeonia ostii giga-kromosomien ja giga-genomin genominen perusta |
| 2015 | NP | 7.43 | Kesyttämisjalanjäljet ankkuroivat soijapavuissa agronomisesti tärkeitä genomialueita |
| 2018 | MP | 9.32 | Maailmanlaajuisen rapsin kokoelman koko genomin uudelleensekvensointi paljastaa niiden ekotyyppierojen geneettisen perustan |
| 2022 | HR | 7.29 | Genominlaajuinen assosiaatioanalyysi tarjoaa molekyylien näkemyksiä vesimelonin siemenkoon luonnollisesta vaihtelusta |
