Genominlaajuinen assosiaatioanalyysi
Työnkulku
Palvelun edut
●Laaja asiantuntemus ja julkaisutietueetBMKGene on kerännyt kokemuksensa GWAS-tutkimuksesta ja toteuttanut satoja lajihankkeita populaatioiden GWAS-tutkimuksessa, auttanut tutkijoita julkaisemaan yli 100 artikkelia, ja kumulatiivinen vaikuttavuuskerroin on noussut 500:aan.
● Kattava bioinformatiikan analyysiTyönkulku sisältää SNP-ominaisuusassosiaatioanalyysin, joka toimittaa joukon kandidaattigeenejä ja niitä vastaavan toiminnallisen merkinnän.
●Erittäin ammattitaitoinen bioinformatiikan tiimi ja lyhyt analyysisykliBMKGenen tiimillä on laaja kokemus edistyneestä genomiikan analysoinnista, ja se toimittaa kattavia analyysejä nopealla toimitusajalla.
●Myynnin jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustunteja tuloksiin liittyvien kysymysten käsittelemiseksi.
Palvelun määritykset ja vaatimukset
| Sekvensoinnin tyyppi | Suositeltu väestöasteikko | Sekvensointistrategia | Nukleotidivaatimukset |
| Koko genomin sekvensointi | 200 näytettä | 10 kertaa | Pitoisuus: ≥ 1 ng/µl Kokonaismäärä ≥ 30 ng Rajoitettu tai ei lainkaan hajoamista tai kontaminaatiota |
| Spesifisen lokuksen monistettu fragmentti (SLAF) | Tunnisteen syvyys: 10x Tunnisteiden lukumäärä: < 400 Mt: WGS on suositeltava < 1 Gt: 100 000 tunnistetta 1 Gt > 2 Gt: 300 000 tunnistetta Enintään 500 000 tunnistetta | Pitoisuus ≥ 5 ng/µl Kokonaismäärä ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6–2,5 Agaroosigeeli: ei hajoamista tai kontaminaatiota tai on rajoitettua
|
Materiaalivalinta
Eri lajikkeet, alalajit, maatiaiskannat/geenipankit/sekarotuiset heimot/villieläimet
Eri lajikkeet, alalajit, maatiaiskannat
Puoli-sisarusperhe/koko-sisarusperhe/villit resurssit
Palvelun työnkulku
Kokeen suunnittelu
Näytteen toimitus
RNA-uutto
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
- Genominlaajuinen assosiaatioanalyysi: LM-, LMM-, EMMAX- ja FASTLMM-mallit
- Ehdokasgeenien toiminnallinen merkintä
SNP-ominaisuusassosiaatioanalyysi – Manhattan-kuvaaja
SNP-ominaisuusassosiaatioanalyysi – QQ-käyrä
Tutustu BMKGenen de GWAS-palveluiden mahdollistamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman avulla:
Lv, L. ym. (2023) 'Tietoa Sinonovacula constricta -partasimpukkalajin ammoniakinsietokyvyn geneettisestä perustasta genominlaajuisen assosiaatiotutkimuksen avulla',Vesiviljely, 569, s. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. ym. (2022) "398 ketunhäntähirssi-yksilön multi-omiikka-analyysit paljastavat genomisia alueita, jotka liittyvät kesyttämiseen, metaboliittiominaisuuksiin ja tulehdusta ehkäiseviin vaikutuksiin",Molekyylitehdas, 15(8), s. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. ym. (2022) 'Hulless Barely -fenotyyppien genominlaajuinen assosiaatiokartoitus kuivuusympäristössä',Kasvitieteen rajaseudut, 13, s. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. ym. (2021) 'GmST1, joka koodaa sulfotransferaasia, antaa vastustuskyvyn soijapavun mosaiikkiviruskannoille G2 ja G3',Kasvi, solu ja ympäristö, 44(8), s. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
