● Kaksi käytettävissä olevaa exome -paneelia, jotka perustuvat kohteen rikastumiseen koettimilla: Varmista, että valitse ihminen All Exon V6 (Agilent) ja XGEN Exome -hybridisaatiopaneeli V2 (IDT).
● Sekvensointi Illumina Novaseq.
● Bioinformaattinen putkilinja, joka on suunnattu sairausanalyysiin tai kasvainanalyysiin.
●Kohdistaa proteiinia koodaava alue: Kaappaamalla ja sekvensointiin proteiinia koodaavia alueita, HWE: tä käytetään paljastamaan proteiinirakenteeseen liittyviä variantteja.
●Kustannustehokas:HWE: t tuottavat noin 85% ihmisen sairauteen liittyvistä mutaatioista 1%: n ihmisen genomista.
●Korkea tarkkuus: Korkealla sekvensointisyvyydellä HWES helpottaa sekä yleisten varianttien että harvinaisten varianttien havaitsemista, joiden taajuudet ovat alle 1%.
●Tiukka laadunvalvonta: Otamme käyttöön viisi ydinohjauspistettä kaikissa vaiheissa näytteen ja kirjaston valmistelusta sekvensointiin ja bioinformatiikkaan. Tämä huolellinen seuranta varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimittamisen.
●Kattava bioinformatiikkaanalyysi: Putkilinjamme ylittää variaatioiden tunnistamisen vertailugenomiin, koska se sisältää edistyneen analyysin, joka on suunniteltu käsittelemään erityisesti tutkimuskysymyksiä, jotka liittyvät sairauksien geneettisiin näkökohtiin tai kasvainanalyysiin.
●Mahtamisen jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen 3 kuukauden jälkeisellä palvelujaksolla. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua sekä Q & A-istuntoja tuloksiin liittyvien kyselyjen ratkaisemiseksi.
Eksonin sieppausstrategia | Sekvensointistrategia | Suositeltu tietojen tulos |
Varmista valitse ihminen All Exon V6 (Agilent) tai XGEN Exome -hybridisaatiopaneeli V2 (IDT)
| Illumina Novaseq PE150 | 5-10 Gt Mendelian häiriöt/harvinaiset sairaudet:> 50x Kasvaimenäytteille: ≥ 100x |
Näytetyyppi
| Määrä(QUBIT®)
| Pitoisuus | Tilavuus
| Puhtaus (Nanodrop ™) |
Genominen DNA
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μl | ≥ 15 μl | OD260/280 = 1,8-2,0 Ei hajoamista, ei saastumista
|
HWES-Disease-näytteiden bioinformaattinen analyysi sisältää:
● Sekvensointitiedot QC
● Viitegenomin kohdistus
● SNP: n ja Indelin tunnistaminen
● SNP: n ja INDS: n toiminnallinen merkintä
Kasvaimenäytteiden bioinformaattinen analyysi sisältää:
● Sekvensointitiedot QC
● Viitegenomin kohdistus
● SNP: n, indellien ja somaattisten variaatioiden tunnistaminen
● ituradan varianttien tunnistaminen
● Mutation allekirjoitusanalyysi
● Taajuusmuutosgeenien tunnistaminen funktion vahvistuksen mutaatioiden perusteella
● Mutaation merkintö lääkkeen alttiuden tasolla
● Heterogeenisyysanalyysi - puhtauden ja ploidian laskenta
Data QC - Exome -sieppauksen tilastot
Vaihtoehtojen tunnistaminen - Indels
Edistynyt analyysi: Haitallisten SNP: ien/Indelien tunnistaminen ja jakautuminen - Circos -kuvaaja
Kasvainanalyysi: Somaattisten mutaatioiden tunnistaminen ja jakautuminen - Circos -kuvaaja
Kasvainanalyysi: Klonaaliset linjat