● Saatavilla on kaksi eksomipaneelia, jotka perustuvat koettimilla rikastettuun kohteeseen: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) ja xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Sekvensointi Illumina NovaSeq -laitteella.
● Bioinformatiikan prosessi, joka on suunnattu tautien tai kasvainten analysointiin.
●Kohteet proteiinia koodaava alueTallentamalla ja sekvensoimalla proteiinia koodaavia alueita hWES:iä käytetään paljastamaan proteiinirakenteeseen liittyviä variantteja.
●Kustannustehokas:hWES tuottaa noin 85 % ihmisen sairauksiin liittyvistä mutaatioista 1 %:sta ihmisen genomista.
●Korkea tarkkuusKorkean sekvensointisyvyyden ansiosta hWES helpottaa sekä yleisten varianttien että harvinaisten, alle 1 %:n frekvensseillä varustettujen varianttien havaitsemista.
●Tiukka laadunvalvontaKäytämme viittä keskeistä valvontapistettä kaikissa vaiheissa näytteen ja kirjaston valmistelusta sekvensointiin ja bioinformatiikkaan. Tämä huolellinen valvonta varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimittamisen.
●Kattava bioinformatiikan analyysiTutkimusputkemme ulottuu referenssigenomin variaatioiden tunnistamista pidemmälle, sillä se sisältää edistyneitä analyysejä, jotka on suunniteltu erityisesti vastaamaan sairauksien geneettisiin näkökohtiin tai kasvainten analyysiin liittyviin tutkimuskysymyksiin.
●Myynnin jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustunteja tuloksiin liittyvien kysymysten käsittelemiseksi.
| Eksonin sieppausstrategia | Sekvensointistrategia | Suositeltu datalähtö |
| Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) tai xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5–10 Gt Mendelin sairauksien/harvinaisten sairauksien hoidossa: > 50x Kasvainnäytteille: ≥ 100x |
| Näytetyyppi
| Määrä(Qubit®)
| Keskittyminen | Äänenvoimakkuus
| Puhtaus (NanoDrop™) |
|
Genominen DNA
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280 = 1,8–2,0 ei hajoamista, ei saastumista
|
hWES-tautinäytteiden bioinformatiivinen analyysi sisältää:
● Sekvensointidatan laadunvalvonta
● Viite genomin linjaus
● SNP:ien ja InDelien tunnistaminen
● SNP:ien ja InDelien toiminnallinen annotointi
Kasvainnäytteiden bioinformaattinen analyysi sisältää:
● Sekvensointidatan laadunvalvonta
● Viite genomin linjaus
● SNP:ien, InDelien ja somaattisten variaatioiden tunnistaminen
● Sukusolulinjan varianttien tunnistaminen
● Mutaatiosignatuurien analyysi
● Ajurigeenien tunnistaminen toiminnanlisääntymismutaatioiden perusteella
● Mutaatiomerkintä lääkeherkkyyden tasolla
● Heterogeenisyysanalyysi – puhtauden ja ploidisuuden laskeminen
Data QC – Exome-kaappauksen tilastot
Varianttien tunnistus – InDels
Edistynyt analyysi: haitallisten SNP:ien/InDelien tunnistaminen ja jakautuminen – Circos-kuvaaja
Kasvainanalyysi: somaattisten mutaatioiden tunnistaminen ja jakautuminen – Circos-kuvaaja
Kasvaimen analyysi: klonaaliset linjat