Metabolomiikka
Ominaisuudet
●Ei-kohdennettu metabolomiikka (löytömetabolomiikka)
Nestekromatografia-massaspektrometria (LC-MS) -tekniikkaan perustuva kohdentamaton metabolomiikka mahdollistaa mahdollisimman monen pienimolekyylisen metaboliitin puolueettoman havaitsemisen biologisissa näytteissä, kuten soluissa, kudoksissa, elimissä tai kehon nesteissä. Se suorittaa vertailevaa analyysia koe- ja kontrolliryhmien välillä ja seuloo erilaisia metaboliitteja tilastollisen analyysin avulla.
● Kohdistamaton lipidien metabolomiikka
Hyödyntämällä nestekromatografia-massaspektrometria (LC-MS) -teknologiaa,nKohdennettu lipidien metabolomiikka mahdollistaa mahdollisimman monen lipidimolekyylin puolueettoman havaitsemisen biologisissa näytteissä, kuten soluissa, kudoksissa, elimissä tai kehon nesteissä.
● Leveä-Kohdennettu metabolomiikka
Tämä palvelu yhdistää täydellisesti kohdentamattoman teknologian korkean resoluution ja laajan kattavuuden edut kohdennetun MRM (Multiple Reaction Monitoring) -teknologian korkeaan herkkyyteen ja tarkkaan kvantifiointikykyyn. Työnkulku on seuraava: Ensin näytteille suoritetaan erittäin kattava MS²-skannaus korkean resoluution massaspektrometrialla, jotta saadaan kaikkien metaboliittien MS²-spektrit. Sitten suoritetaan tarkka metaboliittien tunnistus yhdistämällä tiedot korkean resoluution MS²-kirjastoon (joka kattaa yli 25 000 metaboliittia ja useita standardin mukaisia korkean resoluution MS²-spektrejä jokaiselle metaboliitille). Seuraavaksi massaspektreistä erotetaan MRM-ioniparitiedot, jotta näytteille voidaan luoda erityinen kirjasto. Lopuksi tarkkaa kvantifiointia varten käytetään kolmoiskvadrupolimassaspektrometriaa MRM-teknologialla.
● Kohdennettu aineenvaihdunta
Kohdennettu metabolomiikka keskittyy useisiin kohdeyhdisteisiin tai kaikkiin/osittain metaboliitteihin, jotka osallistuvat tiettyyn reittiin. Standardiaineiden avulla se luo havaitsemismenetelmän, jolla on vahva spesifisyys, korkea herkkyys ja hyvä toistettavuus kohdeyhdisteiden kvantifiointiin ja analysointiin. Se käyttää ulkoista standardia yhdistettynä sisäiseen standardiin absoluuttista kvantifiointia varten, standardikäyrän lineaarisuuden ollessa yli 0,99 ja herkkyyden jopa ng/ml-tasolle asti.
Edut
●Edistynyt tunnistusalusta
-Varustettu huippuluokan korkean resoluution massaspektrometreillä ja kolmoiskvadrupolimassaspektrometreillä, jotka mahdollistavat tuhansien metaboliittien samanaikaisen havaitsemisen ja analysoinnin.
●Kattavat tietokannat
- Julkiset tietokannat: Kattavat METLINin, KEGGin, HMDB:n, NP Atlasin ja Lipidmapsin, ja sisältävät yli 500 000 metaboliittia.
- SisäinenKasvikohtainen tietokanta: Sisältää yli 25 000 metaboliittia, mukaan lukien primaariset ja sekundaariset metaboliitit.
- SisäinenEläin-/lääketieteellinen tietokanta: Sisältää yli 12 000 metaboliittia.
●Tiukka laadunvalvontajärjestelmä
-Tiukka laadunvalvonta, joka kattaa laitteen stabiilisuuden, ainejäämät, laadunvalvonnan, näytteen PCA:n ja korrelaatioanalyysin luotettavan datan laadun varmistamiseksi.
●Korkea metaboliittien havaitsemiskyky
- Ei-kohdennettu metabolomiikka: Havaitsee keskimäärin yli 4 200 metaboliittia ajoa kohden, mikä on ihanteellinen tuntemattomien metaboliittien tutkimiseen näytteissä ja metaboliittien tunnistamiseen monimutkaisissa näytteissä.
- Leveä-Kohdennettu metabolomiikka (kasvi): Havaitsee keskimäärin yli 2 410 metaboliittia ajoa kohden, mukaan lukien primaariset ja sekundaariset metaboliitit.
- Leveä-Kohdennettu metabolomiikka (eläin): Havaitsee keskimäärin yli 1 250 metaboliittia ajoa kohden.
- Kohdennettu metabolomiikka: Paneelitvartenuseita metaboliittiluokkia.
●Kattava analyysi
-Tarjoaa yli 10 analyysikohtaa ja yli 20 visualisointikaaviota.
●Huolellinen huoltopalvelu
-Tarjoaa myynnin jälkeistä konsultointia ja loppuraportin tulkintatukea.
Palvelun tekniset tiedot
| Ratkaisu | Alusta | Suositellut biologiset toistot |
|---|---|---|
| Kohdentamaton metabolomiikka | UHPLC-TOF-MS (Waters Xevo G2-XS QTof) | Kasvi- ja mikrobinäyte: ≥ 6 Eläinnäyte: ≥ 10 Kliininen näyte: ≥ 30 Kaikki biologiset replikaattinäytteet analysoitiin erikseen. |
| Laaja-kohdennettu metabolomiikka | Vesi Xevo G2-XS QTOF + AB Sciex QTRAP 6500+ | Kasvinäyte: ≥ 3 |
| Kohdennettu metabolomiikka | UHPLC-QQQ-MS (AB Sciex QTRAP 6500+) GC-MS (Agilent 7890-5977, Agilent 7820-5977) | Kasvinäyte: ≥ 3 Eläinnäyte: ≥ 6 |
Näytteen vaatimukset
Mietitkö, täyttävätkö näytteesi kriteerimme? Klikkaa tästä saadaksesi lisätietoja.uusimmat näytevaatimukset.
Palvelun työnkulku
Näytekokoelma
Metaboliittien uuttaminen
Tiedonkeruu
Data-analyysi
Tiedon toimitus
1. Taustamelu ja raakadatan heikkolaatuinen datankäsittely
2. Tiedon laadun arviointi
2.1 Pääkomponenttianalyysi
2.2 Toistettavuuden arviointi
3. Metaboliittimerkintä
3.1 KEGG-tietokannan annotaatio
3.2 HMDB-tietokannan annotaatio
3.3 Lipidmaps-tietokannan annotaatio
4. Näytteiden ryhmittelytietojen analyysi (biologiset toistot≥3)
4.1 Ryhmän pääkomponenttianalyysi
4.2 Ortogonaalinen osittaisten pienimpien neliöiden erotteluanalyysi (OPLS-DA)
4.3 Ryhmäkohtainen metaboliittien erotusanalyysi
5. Differentiaalinen metaboliittien valinta (biologiset replikaatit≥3)
5.1 Differentiaalisen kertymismuutoksen analyysi
5.2 Differentiaalisen metaboliitin tulivuorikuvaaja
5.3 Differentiaalisten metaboliittien klusterointilämpökartta
5.4 Differentiaalisen metaboliitin korrelaatiokuvaaja
5.5 Differentiaalisen metaboliitin Z-pisteytyskäyrä
5.6 Differentiaalisen metaboliitin tutkakuvaaja-analyysi
5.7 Differentiaalisen metaboliitin viulukuvaaja
5.8 Differentiaalisen metaboliitin laatikkodiagrammi
5.9 Differentiaalisen metaboliitin KEGG:n funktionaalinen annotaatio ja rikastusanalyysi
5.10 ROC-käyrän analyysi
5.11 Differentiaalisen metaboliitin k-keskiarvojen klusterointi
5.12 Differentiaalisen metaboliitin Venn-diagrammi
1. Tiedon laadun arviointi
↑Ckorrelaatioanalyysi(Testinäyte/laadunvalvontanäyte)
↑Pääkomponenttianalyysi ↑Metaboliittien klusterointianalyysi
2. Metaboliittimerkintä
↑KEGG-tietokannan annotaatio↑HMDB-tietokannan annotaatio
↑Lipidmaps-tietokannan annotaatio
3. Näytteiden ryhmittelytietojen analyysi (biologiset toistot≥3)
↑Ryhmän pääkomponenttianalyysi(2D/3D)
↑Ortogonaalinen osittaisten pienimpien neliöiden erotteluanalyysi (OPLS-DA)
4. Metaboliittien erotusvalinta (biologiset replikaatit≥3)
↑Differentiaalisen kertymämuutoksen analyysi↑Differentiaalisen metaboliitin tulivuorikuvaaja
↑Eri metaboliittien klusterointilämpökartta↑Differentiaalisen metaboliitin korrelaatiokuvaaja
↑Differentiaalisen metaboliitin Z-pisteytyskäyrä↑Differentiaalisen metaboliitin tutkakuvaaja-analyysi
↑Differentiaalisen metaboliitin viulukuvaaja↑Differentiaalisen metaboliitin laatikkodiagrammi
↑Differentiaalisen metaboliitin KEGG:n toiminnallinen annotaatio ja rikastusanalyysi
↑ROC-käyrän analyysi↑Differentiaalisen metaboliitin k-keskiarvojen klusterointi
↑Differentiaalimetaboliitin Venn-kaavio
Wang X, Wang D, Liu X, Zhang H, Chen G, Xu M, Shen X, You C. BEL1:n kaltainen homeodomeenitranskriptiotekijä SAWTOOTH1 (MdSAW1) Malus domestica -puussa parantaa transgeenisen omenan ja Arabidopsis-puun sietokykyä sinkkiylimääräiselle stressille. Int J Biol Macromol. Toukokuu 2025;307(Pt 3):141948. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2025.141948. Epub 10. maaliskuuta 2025. PMID: 40074134.
Ain QU, Hussain HA, Rahman L, Zhang Q, Rehman A, Hussain S, Uddin S, Imran A. Moringa oleiferan välittämien vihreiden nanopartikkelien ja arbuskulaarisen mykorritsasienen vuorovaikutteinen vaikutus maissin (Zea mays L.) kasvuun, juuriston rakenteeseen ja ravinteiden ottoon. Plant Physiol Biochem. Syyskuu 2025;226:110063. doi: 10.1016/j.plaphy.2025.110063. Epub 24. toukokuuta 2025. PMID: 40441096.
Wang X, Luo J, Wang Q, Zhang Q, Zhao T, Liu Y, Li T, Liu X, Jiang J. Jasmonaatti aktivoi SlJAZ2/3-SlMYC3:n kaltaisen moduulin, joka säätelee K+:n ottoa tomaatissa vasteena alhaiseen K+-stressiin. J Integr Plant Biol. Elokuu 2025;67(8):2058-2077. doi: 10.1111/jipb.13941. Epub 28. toukokuuta 2025. PMID: 40432500.
