mRNA-sekvensointi (NGS) – De novo

mRNA-sekvensointi mahdollistaa kaikkien solujen mRNA-transkriptien profiloinnin tietyissä olosuhteissa, ja se on laajalti käytetty teknologia useilla tutkimusalueilla. BMKCloud De novo mRNA-sekvensointiprosessi on suunniteltu analysoimaan poly-A-rikastettuja sekvensointikirjastoja, kun referenssigenomia ei ole saatavilla. Prosessi alkaa laadunvalvonnalla, jota seuraade novotranskriptin kokoaminen ja unigeenijoukon valinta. Unigeenirakenneanalyysi ennustaa koodaavan sekvenssin (CDS) ja yksinkertaiset sekvenssitoistot (SSR). Seuraavaksi differentiaalisen ilmentymisen analyysi löytää testattujen olosuhteiden joukosta differentiaalisesti ilmentyviä geenejä (DEG), minkä jälkeen DEG-geenejä annotoidaan ja rikastetaan biologisten näkökulmien saamiseksi.