Nanopore-kokopitkä transkriptomi

Nanopore-transkriptomisekvensointi on tehokas menetelmä täyspitkien cDNA:iden sekvensointiin, transkripti-isoformien tarkkaan tunnistamiseen ja kvantifiointiin. BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline on suunniteltu analysoimaan Nanopore-alustalla tuotettua RNA-Seq-dataa korkealaatuista ja hyvin annotoitua referenssigenomia vasten, tarjoten kvalitatiivisen ja kvantitatiivisen analyysin sekä geeni- että transkriptitasolla. Laadunvalvonnan jälkeen saadaan täyspitkät ei-kimeeriset (FLNC) sekvenssit ja konsensussekvenssit kartoitetaan referenssigenomiin redundanttien transkriptien poistamiseksi. Tästä transkriptijoukosta ilmentyminen kvantifioidaan ja eri tavoin ilmentyvät geenit ja transkriptit tunnistetaan ja annotoidaan toiminnallisesti. Prosessi sisältää myös vaihtoehtoisen polyadenylaatioanalyysin (APA), vaihtoehtoisen silmukointianalyysin, yksinkertaisen sekvenssitoiston (SSR) analyysin, lncRNA:n ja vastaavien kohteiden ennustamisen, koodaavien sekvenssien ennustamisen (CDS), geeniperheanalyysin, transkriptiotekijäanalyysin, uusien geenien ennustamisen ja transkriptien toiminnallisen annotoinnin.