Kohokohdat
Tähän kaksituntiseen webinaariin on suuri kunnia saada kutsua kuusi viljelykasvien genomiikka-areenan asiantuntijaa.Puhujamme antavat syvällisen tulkinnan kahdesta Ruis-genomitutkimuksesta, jotka julkaistiin juuri äskettäinLuonnon genetiikka:
1. Kromosomimittakaavainen genomikokoonpano tarjoaa näkemyksiä rukiin biologiasta, evoluutiosta ja agronomisista mahdollisuuksista
2. Laadukas genomikokoonpano korostaa rukiin genomiominaisuuksia ja agronomisesti tärkeitä geenejä
Olemme myös iloisia saadessamme Biomarker Technologiesin vanhemman T&K-tutkijan jakamaan kokemuksensa de novo genomin kokoamisesta.
Agenda
09:00 CET
Tervetulleita huomautuksia
Zheng Hong-kun
Biomarker Technologiesin perustaja ja toimitusjohtaja
Deng Xing-wang
Pekingin yliopiston Advanced Agricultural Sciences Schoolin presidentti
09:15
Tehostaa rukiin, ruisvehnän ja vehnän parannusta käyttämällä korkealaatuista referenssigenomisekvenssiä
Tässä webinaarissa professori Wang antoi meille yleiskatsauksen triticeae-genomitutkimuksen nykytilasta ja osoitti rukiin genomitutkimuksen kahden erinomaisen työn menestystä ja läpimurtoja, jotka juuri julkaistiin Nature Geneticsissä ja esittelevät koko tutkimuksen. töitä johtavat ja niihin osallistuvat ryhmät.
klo 09:25
Viljan genomiikka @ IPK Gatersleben
Triticeae-heimon viljaheinät ovat olleet tärkeä ravinnonlähde lauhkealla vyöhykkeellä, jota on pitkään pidetty sadon parantamisen ja jalostuksen hotspot-alueena.Kaikista viljellyistä lajeista tämä heimo on kuuluisa äärimmäisen monimutkaisista genomiominaisuuksistaan, kuten suuresta genomikoosta, korkeasta TE:iden pitoisuudesta, polyploidiasta jne. Tässä istunnossa prof. Nils Stein esitteli meille yleisesittelyn IPK Gaterslebenistä ja viljan nykytilasta. genomitutkimus@IPK Gatersleben.
klo 09:35
Kromosomimittakaavainen genomikokoonpano tarjoaa oivalluksia rukiin biologiaan, evoluutioon ja agronomiseen potentiaaliin
Dr. M Timothy Rabanus-Wallace, Leibnizin kasvigenetiikan ja viljelysuunnitelmatutkimuksen instituutti (IPK)Ruis (Secale cereale L.) on poikkeuksellisen ilmastonkestävä viljakasvi, jota käytetään laajasti parannettujen vehnälajikkeiden tuottamiseen introgressiivisen hybridisaation avulla ja jolla on koko hybridijalostuksen mahdollistamiseen tarvittava geenivalikoima.Ruis on allogamia ja vasta äskettäin kesytetty, mikä antaa viljellylle rukiille pääsyn monipuoliseen ja hyödynnettävissä olevaan luonnonvaraiseen geenipooliin.Parantaaksemme entisestään rukiin agronomista potentiaalia, tuotimme kromosomimittakaavaisen annotoidun 7,9 Mbp rukiin genomin kokoonpanon ja validoimme laajasti sen laadun käyttämällä molekyyligeneettisiä resursseja.Esittelemme tämän resurssin sovelluksia laajalla valikoimalla tutkimuksia.Esittelemme havaintoja viljellyn rukiin epätäydellisestä geneettisestä eristäytymisestä luonnonvaraisista sukulaisista, genomin rakenteellisen evoluution mekanismeista, patogeenien vastustuskyvystä, matalan lämpötilan sietokyvystä, hybridijalostuksen hedelmällisyyden säätöjärjestelmistä sekä rukiin ja vehnän introgressioiden tuottoeduista.
klo 10:05
Laadukas genomikokonaisuus korostaa rukiin genomiominaisuuksia ja agronomisesti tärkeitä geenejä
Ruis on arvokas ravinto- ja rehukasvi, tärkeä geneettinen resurssi vehnän ja ruisvehnän parantamisessa sekä korvaamaton materiaali heinäkasvien tehokkaissa vertailevissa genomiikkatutkimuksissa.Täällä sekvensoimme Weining-rukiin genomin, kiinalaisen ruislajikkeen eliitin.Kokoonpanot (7,74 Gb) edustivat 98,47 % arvioidusta genomin koosta (7,86 Gb), ja 93,67 % jatkuvista (7,25 Gb) oli osoitettu seitsemään kromosomiin.Toistuvat elementit muodostivat 90,31 % kootusta genomista.Verrattuna aiemmin sekvensoituihin Triticeae-genomeihin Daniela, Sumaya ja Sumana retrotransposonit osoittivat voimakasta laajentumista rukiissa.Weining-kokoonpanon lisäanalyysit tuovat uutta valoa genomin laajuisiin geenien päällekkäisyyksiin ja niiden vaikutukseen tärkkelyksen biosynteesigeeneihin, monimutkaisten prolamiinilokusten fysikaalisiin organisaatioihin, varhaisen suuntausominaisuuden taustalla oleviin geeniekspressioominaisuuksiin ja oletettuihin kesytykseen liittyviin kromosomialueisiin ja -lokuksiin rukiissa.Tämä genomisekvenssi lupaa nopeuttaa rukiin ja siihen liittyvien viljakasvien genomiikkaa ja jalostustutkimuksia.
10:35
Genomin de novo -kokoonpanon haasteita, ratkaisuja ja tulevaisuutta
Laadukas genomi on genomitutkimuksen perusta.Vaikka sekvensoinnin ja algoritmien nopea kehitys on mahdollistanut paljon yksinkertaisemman ja tehokkaamman genomin kokoamisen, myös kokoonpanon tarkkuuden ja täydellisyyden vaatimukset nousevat tutkimustavoitteiden syvenemisen myötä.Tässä puheessa käsittelen tämänhetkisiä suosittuja tekniikoita genomin kokoamisessa useiden onnistuneiden tapausten kanssa ja katson tulevaa kehitystä.
Postitusaika: 08.01.2022