Ei-referenssipohjainen mRNA-sekvensointi-NGS
Ominaisuudet
● Poly-mRNA:n talteenotto ennen kirjaston valmistelua
● Riippumaton referenssigenomista: transkriptien de novo -kokoamisen perusteella, luoden luettelon unigeeneistä, jotka annotoidaan useilla tietokannoilla (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Kattava bioinformatiivinen analyysi geenien ilmentymisestä ja transkriptirakenteesta
Palvelun edut
●Laaja asiantuntemusTiimimme on käsitellyt BMKGENE:ssä yli 600 000 näytettä, jotka kattavat erilaisia näytetyyppejä, kuten soluviljelmiä, kudoksia ja kehon nesteitä, joten tuomme runsaasti kokemusta jokaiseen projektiin. Olemme onnistuneesti saattaneet päätökseen yli 100 000 mRNA-sekvensointiprojektia eri tutkimusaloilla.
●Tiukka laadunvalvontaKäytämme keskeisiä kontrollipisteitä kaikissa vaiheissa näytteen ja kirjaston valmistelusta sekvensointiin ja bioinformatiikkaan. Tämä huolellinen seuranta varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimittamisen.
● Kattava merkintöjen luetteloKäytämme useita tietokantoja differentiaalisesti ilmentyvien geenien (DEG) toiminnalliseen annotointiin ja vastaavan rikastusanalyysin suorittamiseen, mikä tarjoaa tietoa transkriptomisvasteen taustalla olevista solu- ja molekyyliprosesseista.
●Myynnin jälkeinen tukiSitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustunteja tuloksiin liittyvien kysymysten käsittelemiseksi.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositellut tiedot | Laadunvalvonta |
| Poly A -rikastettu | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6–10 Gt | Q30≥85% |
Näytteen vaatimukset:
Nukleotidit:
| Pitoisuus (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Geelissä näkyy rajoitetusti tai ei lainkaan proteiini- tai DNA-kontaminaatiota. | Kasveille: RIN≥4,0; Eläimillä: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; rajoitettu tai ei lainkaan lähtötason korkeutta |
● Kasvit:
Juuri, varsi tai terälehti: 450 mg
Lehti tai siemen: 300 mg
Hedelmä: 1,2 g
● Eläin:
Sydän tai suolisto: 300 mg
Sisäelimet tai aivot: 240 mg
Lihas: 450 mg
Luut, hiukset tai iho: 1 g
● Niveljalkaiset:
Hyönteiset: 6 g
Äyriäiset: 300 mg
● Kokoveri1 putki
● Solut: 106 solut
Suositeltu näytteen toimitus
Pakkaus: 2 ml:n sentrifugiputki (foliota ei suositella)
Näytteen merkintä: Ryhmittely + replikaatti, esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNAstable-putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja kuljettaa huoneenlämmössä.
Palvelun työnkulku
Kokeen suunnittelu
Näytteen toimitus
RNA-uutto
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Bioinformatiikka
Transkriptomikokoonpano ja unigeenivalinta
Unigene-merkintä
Näytteiden korrelaatio ja biologisten toistojen arviointi
Differentiaalisesti ilmentyvät geenit (DEG)
DEG-yhdisteiden toiminnallinen merkintä
DEG-yhdisteiden toiminnallinen rikastaminen
Tutustu BMKGenen eukaryoottisten NGS-mRNA-sekvensointipalveluiden mahdollistamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Shen, F. ym. (2020) 'De novo -transkriptomin kokoonpano ja sukupuoleen painottunut geenien ilmentyminen amurimonnin (Silurus asotus) sukurauhasissa', Genomics, 112(3), s. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. ym. (2016) 'Sakkaroosimetabolian transkriptomianalyysi sipulin (Allium cepa L.) sipulin turpoamisen ja kehityksen aikana', Frontiers in Plant Science, 7 (syyskuu), s. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. ym. (2017) 'Sarcocheilichthys sinensis -sienen transkriptomin de novo -kokoaminen, karakterisointi ja annotointi', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. ym. (2021) 'De novo -transkriptomianalyysi antaa tietoa Podocarpus macrophylluksen suolankestävyydestä suolapitoisuusstressin aikana', BMC Plant Biology, 21(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
