Tuotteet

Ei-referenssipohjainen mRNA-sekvensointi-Illumina

Ei-viitepohjainen mRNA-sekvensointi-Illumina Featured Image

mRNA-sekvensointi ottaa käyttöön seuraavan sukupolven sekvensointitekniikan (NGS) lähetti-RNA:n (mRNA) kaappaamiseksi eukaryootista tiettynä ajanjaksona, jolloin jotkin erityistoiminnot aktivoivat.Pisin silmukoitu transkriptio oli nimeltään "Unigene" ja sitä käytettiin vertailusekvenssinä myöhempään analyysiin, joka on tehokas tapa tutkia lajin molekyylimekanismia ja säätelyverkostoa ilman viittausta.

Transkriptiotietojen kokoamisen ja unigeenisen toiminnallisen huomautuksen jälkeen

(1) SSR-analyysi, CDS-ennuste ja geenirakenne tehdään etukäteen.

(2) Jokaisen näytteen unigeeniekspression kvantifiointi suoritetaan.

(3) Erilaisesti ilmentyvät unigeenit näytteiden (tai ryhmien) välillä löydetään unigeeniekspression perusteella

(4) Erilaisesti ilmentyneiden unigeenien klusterointi, toiminnallinen annotaatio ja rikastusanalyysi suoritetaan

Ota meihin yhteyttä

Palvelun tiedot

Bioinformatiikka

Demon tulokset

Tapaustutkimus

ominaisuudet

● Riippumaton viitegenomista,

● Tietoja voitaisiin käyttää transkriptien rakenteen ja ilmentymisen analysointiin

● Tunnista muuttuvat leikkauspaikat

Palvelun edut

● BMKCloud-pohjainen tulostoimitus: Tulokset toimitetaan datatiedostona ja interaktiivisena raporttina BMKCloud-alustan kautta, mikä mahdollistaa monimutkaisten analyysitulosten käyttäjäystävällisen lukemisen ja mukautetun tiedon louhinnan standardin bioinformatiikan analyysin perusteella.

● Myynnin jälkeiset palvelut: Myynnin jälkeiset palvelut ovat voimassa 3 kuukautta projektin päätyttyä, mukaan lukien projektin seuranta, vianetsintä, tulosten kysymykset ja vastaukset jne.

Näytevaatimukset ja toimitus

Esimerkkivaatimukset:

Nukleotidit:

Konsentraatio (ng/μl)

Määrä (μg)

Puhtaus

Rehellisyys

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280 = 1,7-2,5

OD260/230 = 0,5-2,5

Geelissä näkyy rajoitettu proteiini- tai DNA-kontaminaatio tai ei ollenkaan.

Kasveille: RIN≥6,5;

Eläimet: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

rajallinen tai ei ollenkaan perustason nousua

Kudos: Paino (kuiva): ≥1 g
*Alle 5 mg:n kudokselle suosittelemme pakastetun (nestemäisessä typessä) kudosnäytteen lähettämistä.

Solususpensio: Solumäärä = 3 x 10⁷
* Suosittelemme pakastetun solulysaatin lähettämistä.Jos solujen määrä on pienempi kuin 5 × 10⁵, suositellaan pikajäädytystä nestemäisessä typessä.

Verinäytteitä:
PA×geeniBloodRNATube;
6 ml TRIzolia ja 2 ml verta (TRIzol:Blood = 3:1)

Suositeltu näytetoimitus

Säiliö:
2 ml sentrifugiputki (tinafoliota ei suositella)
Näytemerkintä: Ryhmä+kopio esim. A1, A2, A3;B1, B2, B3.....

Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNA-stabiilit putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA:n stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja toimittaa huoneenlämmössä.

Palvelun työnkulku

Kokeilusuunnittelu

Näytteen toimitus

RNA:n uuttaminen

Kirjaston rakentaminen

Jaksotus

Tietojen analysointi

Myynnin jälkeiset palvelut

Edellinen: Pitkä koodaamaton sekvensointi-Illumina

Seuraava: Eukaryoottinen mRNA-sekvensointi-Illumina

Bioinformatiikka

1.mRNA(denovo) Kokoonpanoperiaate

Trinityn mukaan lukemat pilkkoutuvat pienempiin osiin, jotka tunnetaan nimellä K-mer.Näitä K-meerejä käytetään sitten siemeninä, jotka jatketaan jatkuviksi ja sitten komponenteiksi jatkuvien päällekkäisyyksien perusteella.Lopuksi De Bruijnia käytettiin täällä tunnistamaan transkriptit komponenteista.

mRNA-(De-novo)-Overview of-Trinity

mRNA (De novo) Trinityn yleiskatsaus

2. mRNA (De novo) Geeniekspressiotason jakautuminen

RNA-Seq pystyy saavuttamaan erittäin herkän arvion geeniekspressiosta.Normaalisti transkriptien FPKM-ilmentymisen havaittavissa oleva alue on 10^-2 - 10^6

mRNA-(De-novo)-FPKM-tiheyden jakauma kussakin näytteessä

mRNA (De novo) FPKM-tiheyden jakautuminen kussakin näytteessä

3. mRNA (De novo) DEG:ien GO-rikastusanalyysi

GO (Gene Ontology) -tietokanta on jäsennelty biologinen merkintäjärjestelmä, joka sisältää vakiosanaston geenien ja geenituotteiden toiminnoista.Se sisältää useita tasoja, joissa mitä alempi taso on, sitä tarkempia toiminnot ovat.

mRNA-(De-novo)-GO-DEG-luokitus toisella tasolla

mRNA (De novo) DEG:ien GO-luokitus toisella tasolla

BMK kotelo

Sakkaroosiaineenvaihdunnan transkriptioanalyysi sipulin turvotuksen ja kehittymisen aikana (Allium cepa L.)

Julkaistu: kasvitieteen rajoja，2016

Sekvensointistrategia

Illumina HiSeq2500

Näytekokoelma

Tässä tutkimuksessa käytettiin Utah Yellow Sweet Spain -lajiketta "Y1351".Kerättyjen näytteiden määrä oli
15. päivä sipulin turpoamisen (DAS) jälkeen (halkaisija 2 cm ja paino 3–4 g), 30. DAS (halkaisija 5 cm ja paino 100–110 g) ja n. 3. 40. DAS (halkaisija 7 cm ja paino) 260-300 grammaa).

Tärkeimmät tulokset

1. Venn-kaaviossa havaittiin yhteensä 146 DEG:tä kaikissa kolmessa kehitysvaiheparissa
2. "Hiilihydraattien kuljetusta ja aineenvaihduntaa" edusti vain 585 unigeeniä (eli 7 % annotoidusta COG:stä).
3. GO-tietokantaan onnistuneesti annotoidut Unigenes luokiteltiin kolmeen pääluokkaan sipulien kolmea eri kehitysvaihetta varten.Eniten edustettuina "biologisen prosessin" pääkategoriassa olivat "aineenvaihduntaprosessi", jota seurasi "soluprosessi"."Molekulaarisen toiminnan" pääkategoriassa kaksi eniten edustettua luokkaa olivat "sitoutuminen" ja "katalyyttinen aktiivisuus".

PB-täyspitkä-RNA-sekvensointi-tapaustutkimus

Ortologisten ryhmien (COG) klustereiden histogrammi

Geeniontologian (GO) luokituksen histogrammi sipuleista johdetuille unigeeneille kolmessa kehitysvaiheessa

Venn-kaavio, joka esittää geenejä, jotka ilmentyvät eri tavalla missä tahansa kahdessa sipulisipulin kehitysvaiheessa

Viite

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et ai.Sakkaroosiaineenvaihdunnan transkriptioanalyysi sipulin (Allium cepa L.) sipulin turvotuksen ja kehityksen aikana [J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425