PacBio 2+3 täyspitkä mRNA-liuos
Ominaisuudet
● Tutkimusasetelma:
Yhdistetty näyte sekvensoitiin PacBiolla transkripti-isoformien tunnistamiseksi
Erilliset näytteet (kopiot ja testattavat olosuhteet) sekvensoitiinNGS transkriptin ilmentymisen kvantifioimiseksi
● PacBio-sekvensointi CCS-tilassa, HiFi-lukujen luominen
● Täyspitkien transkriptien sekvensointi
● Analyysi ei vaadi referenssigenomia, mutta sitä voidaan käyttää
● Bioinformaattinen analyysi sisältää paitsi geeni- ja isoformitasolla tapahtuvan ilmentymisen myös lncRNA:n, geenifuusioiden, polyadenylaation ja geenirakenteen analyysin.
Edut
● Korkea tarkkuusHiFi-lukemat tarkkuudella >99,9 % (Q30), verrattavissa NGS:ään
● Vaihtoehtoisten liitosten analyysiKaikkien transkriptien sekvensointi mahdollistaa isoformien tunnistamisen ja karakterisoinnin.
● PacBion ja NGS:n vahvuuksien yhdistelmäSe mahdollistaa ilmentymisen kvantifioinnin isoformitasolla, paljastaen muutokset, jotka saattavat peittyä analysoitaessa koko geenin ilmentymistä
● Laaja asiantuntemusOlemme käsitelleet yli 2300 näytettä, ja tiimimme tuo jokaiseen projektiin runsaasti kokemusta.
● Myynnin jälkeinen tukiSitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustunteja tuloksiin liittyvien kysymysten käsittelemiseksi.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositellut tiedot | Laadunvalvonta |
| PolyA-rikastettu mRNA CCS-kirjasto | PacBio-jatko-osa II PacBio Revio | 20/40 Gt 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A -rikastettu | Illumina PE150 | 6–10 Gt | Q30≥85% |
Nukleotidit
|
| Pitoisuus (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| Illuminan kirjasto | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Geelissä näkyy rajoitetusti tai ei lainkaan proteiini- tai DNA-kontaminaatiota. | Kasveille: RIN≥4,0; Eläimillä: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; rajoitettu tai ei lainkaan lähtötason korkeutta |
| PacBio-kirjasto | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Geelissä näkyy rajoitetusti tai ei lainkaan proteiini- tai DNA-kontaminaatiota. | Kasvit: RIN≥7.5 Eläimet: RIN≥8.0 5,0≥28S/18S≥1,0; rajoitettu tai ei lainkaan lähtötason korkeutta |
Suositeltu näytteen toimitus
Pakkaus: 2 ml:n sentrifugiputki (foliota ei suositella)
Näytteen merkintä: Ryhmittely + replikaatti, esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuivajää:Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNAstable-putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja kuljettaa huoneenlämmössä.
Sisältää seuraavan analyysin:
- Raakadata
- Laadunvalvonta
- Vaihtoehtoinen polyadenylaatioanalyysi (APA)
- Fuusiotranskriptianalyysi
- Vaihtoehtoisten liitosten analyysi
- Yleisten yksittäiskopio-ortologien (BUSCO) vertailuanalyysi
- Uusi transkriptioanalyysi: koodaavien sekvenssien ennustaminen (CDS) ja toiminnallinen annotointi
- lncRNA-analyysi: lncRNA:n ja kohteiden ennustaminen
- Mikrosatelliittien tunnistus (SSR)
- Differentiaalisesti ekspressoitujen transkriptien (DET) analyysi
- Differentiaalisesti ilmentyneiden geenien (DEG) analyysi
- DEG- ja DET-elementtien toiminnallinen annotointi
BUSCO-analyysi
Vaihtoehtoisten liitosten analyysi
Vaihtoehtoinen polyadenylaatioanalyysi (APA)
Differentiaalisesti ilmentyvien geenien (DEG) ja transkriptien (DET9) analyysi
DET- ja DEG-proteiinien proteiini-proteiini-vuorovaikutusverkostot
Tutustu BMKGenen PacBio 2+3 -täyspitkän mRNA:n sekvensoinnin mahdollistamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Chao, Q. ym. (2019) 'Populus-varren transkriptomin kehitysdynamiikka',Kasvibiotekniikan lehti, 17(1), sivut 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. ym. (2022) 'Askorbiinihappopitoisuuden dynaamiset muutokset Actinidia latifolian (askorbaattipitoinen hedelmäsato) hedelmänkehityksen ja kypsymisen aikana ja niihin liittyvät molekyylimekanismit',Kansainvälinen molekyylitieteiden lehti, 23(10), s. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. ym. (2022) 'Bioaktiivisiin polyfyliineihin liittyvien biosynteesireittigeenien tehokas ennustaminen Paris polyphylla -kasvissa',Viestintäbiologia2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. ym. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) -transkriptomin ja sytokromi P450 -geenien yhdistetty PacBio Iso-Seq- ja Illumina RNA-Seq -analyysi',Hyönteiset, 14(4), s. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun ym. (2019) 'Transkriptomin monimutkaisuuden tutkimus käyttäen PacBion yksittäismolekyylistä reaaliaikaista analyysiä yhdistettynä Illumina RNA -sekvensointiin risinoleiinihapon biosynteesin paremman ymmärtämisen saavuttamiseksi Ricinus communis -kasvissa',BMC Genomics, 20(1), sivut 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/KUVAT/7.
