Pacbio Täyspitkä transkriptomi

PacBio Full-Length Transcriptome Sequencing, Isoseq, mahdollistaa transkripti-isoformien tarkan tunnistamisen, valaisee vaihtoehtoista polyadenylaatiota ja silmukointia ja johtaa tarkempaan geenien ilmentymisen analyysiin. BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome -prosessi on suunniteltu analysoimaan Circular Consensus Sequencing (CCS) -tilassa sekvensoituja cDNA-kirjastoja ja tunnistamaan täysimittaisia ​​ei-kimeerisiä (FLNC) sekvenssejä, jotka sitten ryhmitellään ei-redundantteiksi transkripteiksi. Seuraava BUSCO-analyysi arvioi transkriptomikokoonpanon täydellisyyttä. Kootusta transkriptomista suoritetaan useita analyysejä: vaihtoehtoinen silmukointi, yksinkertainen sekvenssitoisto (SSR), lncRNA:n ja vastaavien kohdegeenien ennustaminen, uusien geenien ennustaminen, geeniperheanalyysi, transkriptiotekijäanalyysi ja transkriptien toiminnallinen annotointi.