Pacbio täyspitkä transkripti

Pacbio täyspitkä transkriptomekvensointi, isoseq, mahdollistaa transkriptio-isomuotojen tarkan tunnistamisen, valaisee vaihtoehtoista polyadenylaatiota ja silmukointia ja johtaa tarkempiin geeniekspressioanalyysiin. BMKCLOUD PACBIO: n täyspitkä transkriptopöytäputki on suunniteltu analysoimaan cDNA-kirjastoja, jotka on sekvensoitu pyöreällä konsensus sekvensointitilan (CCS) ja tunnistaa täysipitkät ei-kimeeriset (FLNC) sekvenssit, jotka sitten klusteroidaan ei-tasaisiksi transkriptioiksi. Seuraava Busco -analyysi arvioi transkriptomikokoonpanon täydellisyyttä. Kokotun transkription perusteella suoritetaan useita analyysejä: vaihtoehtoinen silmukointi, yksinkertainen sekvenssitoisto (SSR), lncRNA: n ennustaminen ja vastaavat kohdegeenit, uusien geenien ennustaminen, geeniperheen analyysi, transkriptiotekijäanalyysi ja transkriptioiden funktionaalinen merkintä.