-
Yksiytiminen RNA-sekvensointi
Edistys yksittäisen solun sieppaamisessa ja yksittäisen kirjaston rakennustekniikassa yhdistettynä korkean suorituskyvyn sekvensointiin mahdollistaa geenien ilmentymisen tutkimukset solukohtaisesti.Se mahdollistaa syvemmän ja täydellisen järjestelmäanalyysin monimutkaisista solupopulaatioista, joissa se suurelta osin välttää niiden heterogeenisyyden peittämisen ottamalla kaikkien solujen keskiarvon.
Jotkut solut eivät kuitenkaan sovellu valmistettavaksi yksisolususpensioksi, joten tarvitaan muita näytteenvalmistusmenetelmiä – kudosten ytimen uuttaminen eli tuma uutetaan suoraan kudoksesta tai solusta ja valmistetaan yksitumainen suspensio yksitumaiseksi suspensioksi. solujen sekvensointi.
BMK tarjoaa 10× Genomics ChromiumTM -pohjaisen yksisoluisen RNA-sekvensointipalvelun.Tätä palvelua on käytetty laajasti tutkimuksissa sairauksiin liittyvistä tutkimuksista, kuten immuunisolujen erilaistumisesta, kasvaimen heterogeenisyydestä, kudosten kehityksestä jne.
Spatiaalinen transkriptiosiru: 10× Genomics
Alusta: Illumina NovaSeq Platform
-
Kasvin/eläimen koko genomin sekvensointi
Koko genomin uudelleensekvensointi, joka tunnetaan myös nimellä WGS, mahdollistaa sekä yleisten että harvinaisten mutaatioiden paljastamisen koko genomissa, mukaan lukien yhden nukleotidin polymorfismi (SNP), lisäysdeleetion (InDel), rakennemuunnelman (SV) ja kopionumeron vaihtelun (CNV) ).SV:t muodostavat suuremman osan variaatiopohjasta kuin SNP:t ja niillä on suurempi vaikutus genomiin, jolla on merkittävä vaikutus eläviin organismeihin.Pitkään luettu uudelleensekvensointi mahdollistaa suurten fragmenttien ja monimutkaisten muunnelmien tarkemman tunnistamisen, koska pitkät lukemat tekevät kromosomien risteyttämisestä paljon helpompaa monimutkaisten alueiden, kuten tandemtoistojen, GC/AT-rikkaiden alueiden ja hypervariaabelien alueiden yli.
Alusta: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Spatiaalinen transkriptomiikka on tieteellisen innovaation eturintamassa, ja se antaa tutkijoille mahdollisuuden syventyä monimutkaisiin geenien ilmentymismalleihin kudoksissa säilyttäen samalla niiden avaruudellisen kontekstin.BMKGene on kehittänyt useille eri alustoille BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chipin, joka tarjoaaparannettu resoluutio5 µM, saavuttaen subsellulaarisen alueen ja mahdollistavatmonitasoiset resoluutioasetukset.S1000-siru, jossa on noin 2 miljoonaa täplää, käyttää mikrokuoppia, jotka on kerrostettu helmillä, jotka on ladattu spatiaalisesti viivakoodatuilla sieppausantureilla.cDNA-kirjasto, joka on rikastettu spatiaalisilla viivakoodeilla, valmistetaan S1000-sirusta ja sekvensoidaan sen jälkeen Illumina NovaSeq -alustalla.Tilallisesti viivakoodattujen näytteiden ja UMI:iden yhdistelmä varmistaa tuotettujen tietojen tarkkuuden ja tarkkuuden.BMKManu S1000 -sirun ainutlaatuinen ominaisuus piilee sen monipuolisuudessa, sillä se tarjoaa monitasoisia resoluutioasetuksia, jotka voidaan hienosäätää eri kudoksiin ja yksityiskohtiin.Tämä mukautumiskyky asettaa sirun erinomaiseksi valinnaksi erilaisiin spatiaalisen transkriptomiikan tutkimuksiin, mikä varmistaa tarkan spatiaalisen klusteroinnin minimaalisella kohinalla.
Käyttämällä BMKManu S1000 -sirua ja muita spatiaalisia transkriptomiikkateknologioita tutkijat voivat saada paremman käsityksen solujen tilaorganisaatiosta ja kudoksissa tapahtuvista monimutkaisista molekyylivuorovaikutuksista, mikä tarjoaa arvokasta tietoa biologisten prosessien taustalla olevista mekanismeista monilla eri aloilla, kuten onkologia, neurotiede, kehitysbiologia, immunologia ja kasvitieteelliset tutkimukset.
Alusta: BMKManu S1000 -siru ja Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatiaalinen transkriptomiikka on huipputeknologiaa, jonka avulla tutkijat voivat tutkia geenien ilmentymismalleja kudoksissa säilyttäen samalla niiden avaruudellisen kontekstin.Yksi tehokas alusta tällä alalla on 10x Genomics Visium yhdistettynä Illumina-sekvensointiin.10X Visiumin periaate perustuu erikoissiruun, jossa on määritetty sieppausalue, johon kudosleikkeitä sijoitetaan.Tämä sieppausalue sisältää viivakoodipisteitä, joista jokainen vastaa ainutlaatuista spatiaalista sijaintia kudoksessa.Kudoksesta siepatut RNA-molekyylit leimataan sitten ainutlaatuisilla molekyylitunnisteilla (UMI:t) käänteistranskriptioprosessin aikana.Nämä viivakoodipisteet ja UMI:t mahdollistavat tarkan spatiaalisen kartoituksen ja geeniekspression kvantifioinnin yhden solun resoluutiolla.Tilallisesti viivakoodattujen näytteiden ja UMI:iden yhdistelmä varmistaa tuotettujen tietojen tarkkuuden ja tarkkuuden.Käyttämällä tätä Spatial Transcriptomics -tekniikkaa tutkijat voivat saada syvemmän ymmärryksen solujen tilaorganisaatiosta ja kudoksissa tapahtuvista monimutkaisista molekyylivuorovaikutuksista, mikä tarjoaa arvokasta tietoa biologisten prosessien taustalla olevista mekanismeista useilla aloilla, mukaan lukien onkologia, neurotiede, kehitysbiologia ja immunologia. ja kasvitieteelliset tutkimukset.
Alusta: 10X Genomics Visium ja Illumina NovaSeq
-
Täyspitkä mRNA-sekvensointi-nanopore
Vaikka NGS-pohjainen mRNA-sekvensointi toimii monipuolisena työkaluna geenin ilmentymisen kvantifiointiin, sen riippuvuus lyhyistä lukemista rajoittaa sen tehokkuutta monimutkaisissa transkriptomin analyyseissä.Nanopore-sekvensointi sen sijaan käyttää pitkään luettavaa tekniikkaa, mikä mahdollistaa täysimittaisten mRNA-transkriptien sekvensoinnin.Tämä lähestymistapa helpottaa vaihtoehtoisten silmukointien, geenifuusioiden, polyadenylaation ja mRNA-isoformien kvantifioinnin kattavaa tutkimista.
Nanohuokosekvensointi perustuu nanohuokosten yksimolekyylisiin reaaliaikaisiin sähkösignaaleihin.Moottoriproteiinien ohjaama kaksijuosteinen DNA sitoutuu biofilmiin upotettuihin nanohuokosproteiineihin ja purkautuu kulkiessaan nanohuokoskanavan läpi jännite-eron alaisena.DNA-juosteen eri emästen tuottamat erottuvat sähköiset signaalit havaitaan ja luokitellaan reaaliajassa, mikä helpottaa tarkkaa ja jatkuvaa nukleotidisekvensointia.Tämä innovatiivinen lähestymistapa voittaa lyhyen lukemisen rajoitukset ja tarjoaa dynaamisen alustan monimutkaiselle genomianalyysille, joka sisältää monimutkaisia transkriptomisia tutkimuksia.
Alusta: Nanopore Promethion P48
-
Täyspitkä mRNA-sekvensointi - PacBio
Vaikka NGS-pohjainen mRNA-sekvensointi on monipuolinen työkalu geenin ilmentymisen kvantifiointiin, sen riippuvuus lyhyistä lukemista rajoittaa sen käyttöä monimutkaisissa transkriptomisissa analyyseissä.PacBio-sekvensointi (Iso-Seq) sen sijaan käyttää pitkään luettua tekniikkaa, joka mahdollistaa täysimittaisten mRNA-transkriptien sekvensoinnin.Tämä lähestymistapa helpottaa vaihtoehtoisten silmukointien, geenifuusioiden ja polyadenylaation kattavaa tutkimista, vaikka se ei olekaan ensisijainen valinta geeniekspression kvantifiointiin tarvittavan suuren datamäärän vuoksi.
PacBio-sekvensointitekniikka perustuu yksimolekyyliseen, reaaliaikaiseen (SMRT) sekvensointiin, mikä tarjoaa selkeän edun täyspitkien mRNA-transkriptien sieppaamisessa.Tämä innovatiivinen lähestymistapa sisältää nollamoodin aaltoputkien (ZMW) käytön, mikrovalmisteisia kuoppia, jotka mahdollistavat DNA-polymeraasiaktiivisuuden reaaliaikaisen havainnoinnin sekvensoinnin aikana.Näissä ZMW:issä PacBion DNA-polymeraasi syntetisoi komplementaarisen DNA-juosteen, joka tuottaa pitkiä lukuja, jotka kattavat kaikki mRNA-transkriptit.PacBion toiminta Circular Consensus -sekvensointitilassa (CCS) parantaa tarkkuutta sekvensoimalla toistuvasti samaa molekyyliä.Luotujen HiFi-lukemien tarkkuus on verrattavissa NGS:ään, mikä osaltaan edistää monimutkaisten transkriptomisten ominaisuuksien kattavaa ja luotettavaa analyysiä.Alusta: PacBio Sequel II
-
Eukaryoottinen mRNA-sekvensointi-Illumina
mRNA-sekvensointi mahdollistaa kaikkien solujen sisällä olevien mRNA-transkriptien kattavan profiloinnin tietyissä olosuhteissa.Tämä huipputeknologia toimii tehokkaana työkaluna, joka paljastaa monimutkaisia geeniekspressioprofiileja, geenirakenteita ja molekyylimekanismeja, jotka liittyvät erilaisiin biologisiin prosesseihin.Perustutkimuksessa, kliinisessä diagnostiikassa ja lääkekehityksessä laajalti käytetty mRNA-sekvensointi tarjoaa oivalluksia soludynamiikan ja geneettisen säätelyn monimutkaisuuteen.
Alusta: Illumina NovaSeq X
-
Ei-referenssipohjainen mRNA-sekvensointi-Illumina
mRNA-sekvensointi mahdollistaa kaikkien solujen sisällä olevien mRNA-transkriptien kattavan profiloinnin tietyissä olosuhteissa.Tämä huipputeknologia toimii tehokkaana työkaluna, joka paljastaa monimutkaisia geeniekspressioprofiileja, geenirakenteita ja molekyylimekanismeja, jotka liittyvät erilaisiin biologisiin prosesseihin.Perustutkimuksessa, kliinisessä diagnostiikassa ja lääkekehityksessä laajalti käytetty mRNA-sekvensointi tarjoaa oivalluksia soludynamiikan ja geneettisen säätelyn monimutkaisuuteen.
Alusta: Illumina NovaSeq X
-
Pitkä koodaamaton sekvensointi-Illumina
Pitkät ei-koodaavat RNA:t (lncRNA:t) ovat yli 200 nukleotidin pituisia RNA:ita, joilla on minimaalinen koodauspotentiaali ja jotka ovat keskeisiä elementtejä ei-koodaavassa RNA:ssa.Näillä tumassa ja sytoplasmassa löydetyillä RNA:illa on keskeinen rooli epigeneettisessä, transkription ja transkription jälkeisessä säätelyssä, mikä korostaa niiden merkitystä solu- ja molekyyliprosessien muokkaamisessa.LncRNA-sekvensointi on tehokas työkalu solujen erilaistumiseen, ontogeneesiin ja ihmisen sairauksiin.
Alusta: Illumina NovaSeq
-
Pieni RNA-sekvensointi - Illumina
Pienet RNA (sRNA) -molekyylit, tyypillisesti alle 200 nukleotidin pituiset, sisältävät mikroRNA:t (miRNA:t), pienet häiritsevät RNA:t (siRNA:t) ja piwi-interacting RNA:t (piRNA:t).Näistä noin 20-24 nukleotidin pituiset miRNA:t ovat erityisen huomionarvoisia niiden keskeisistä säätelyrooleista erilaisissa soluprosesseissa.Kudosspesifisten ja vaihespesifisten ilmentymismallien avulla miRNA:t osoittavat suurta säilyvyyttä eri lajeissa.
Alusta: Illumina NovaSeq
-
sircRNA-sekvensointi - Illumina
Sirkulaarinen RNA-sekvensointi (circRNA-seq) on profiloimaan ja analysoimaan pyöreitä RNA:ita, RNA-molekyylien luokkaa, joka muodostaa suljettuja silmukoita ei-kanonisten silmukointitapahtumien vuoksi ja tarjoaa näille RNA:ille lisääntyneen stabiilisuuden.Vaikka joidenkin sircRNA:iden on osoitettu toimivan mikroRNA-sieninä, jotka eristävät mikroRNA:ita ja estävät niitä säätelemästä kohde-mRNA:ta, muut sircRNA:t voivat olla vuorovaikutuksessa proteiinien kanssa, moduloida geenien ilmentymistä tai niillä voi olla rooleja soluprosesseissa.circRNA-ilmentymisanalyysi antaa käsityksen näiden molekyylien säätelyrooleista ja niiden merkityksestä erilaisissa soluprosesseissa, kehitysvaiheissa ja sairaustiloissa, mikä auttaa ymmärtämään RNA:n säätelyn monimutkaisuutta geeniekspression yhteydessä.
-
Koko transkription sekvensointi – Illumina
Koko transkriptomin sekvensointi tarjoaa kattavan lähestymistavan erilaisten RNA-molekyylien profilointiin, joka kattaa sekä koodaavat (mRNA) että ei-koodaavat RNA:t (lncRNA, circRNA ja miRNA).Tämä tekniikka kaappaa tiettyjen solujen täydellisen transkription tietyllä hetkellä, mikä mahdollistaa soluprosessien kokonaisvaltaisen ymmärtämisen.Se tunnetaan myös nimellä "kokonais-RNA-sekvensointi", ja sen tarkoituksena on paljastaa monimutkaisia säätelyverkostoja transkriptitasolla, mikä mahdollistaa syvällisen analyysin, kuten kilpailevan endogeenisen RNA:n (ceRNA) ja yhteisen RNA-analyysin.Tämä merkitsee ensimmäistä askelta kohti funktionaalista karakterisointia, erityisesti sircRNA-miRNA-mRNA-pohjaisia ceRNA-vuorovaikutuksia sisältävien säätelyverkostojen purkamisessa.
