Prokaryoottinen RNA-sekvensointi
Ominaisuudet
● RNA-näytteen käsittelyyn sisältyi rRNA:n ehtyminen, jota seurasi suunnattu RNA-kirjaston valmistelu.
● Bioinformaattinen analyysi, joka perustuu vertailugenomiin kohdistumiseen
● Analyysi sisältää geeniekspression ja DEG:t, mutta myös transkriptirakenteen ja sRNA-analyysin
Palvelun edut
●Tiukka laadunvalvonta: toteutamme ydinohjauspisteitä kaikissa vaiheissa näytteen ja kirjaston valmistelusta sekvensointiin ja bioinformatiikkaan. Tämä huolellinen seuranta varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimituksen.
●Säiekohtaiset sekvensointitiedot: koska RNA-kirjaston valmistus on suunnattua, mikä mahdollistaa antisense-transkriptien tunnistamisen.
●Täydellinen analyysi, joka on räätälöity prokaryoottisille transkriptomeille: bioinformaattinen putki ei sisällä vain geeniekspression analyysiä, vaan myös transkriptirakenteen analyysiä, mukaan lukien operonien, UTR:ien ja promoottorien tunnistaminen. Se sisältää myös sRNA:iden analyysin, nimittäin toissijaisen rakenteen ja kohteiden annotoinnin ja ennustamisen.
●Myynnin jälkeinen tuki: Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen lisäksi 3 kuukauden myynninjälkeiseen palveluun. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja Q&A-istuntoja vastataksemme kaikkiin tuloksiin liittyviin kyselyihin.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Tietoja suositellaan | Laadunvalvonta |
| rRNA-tyhjentynyt suuntakirjasto | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85 % |
Esimerkkivaatimukset:
| Konsentraatio (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1,0-2,5 Geelissä näkyy rajoitettu proteiini- tai DNA-kontaminaatio tai ei ollenkaan. | RIN≥6,5 |
Suositeltu näytetoimitus
Säiliö: 2 ml sentrifugiputki (tinafoliota ei suositella)
Näytemerkintä: Ryhmä+kopio esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNA-stabiilit putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja toimittaa huoneenlämmössä.
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Bioinformaattisen analyysin työnkulku
Sisältää seuraavan analyysin:
● Raakatietojen laadunvalvonta
● Kohdistus vertailugenomiin
● Library Quality Assessment: RNA-fragmentaation satunnaisuus, insertin koko ja sekvensoinnin kylläisyys
● Ennusteiden koodaavien geenien toiminnallinen annotaatio
● Expression Analysis: korrelaatio- ja pääkomponenttianalyysi (PCA)
● Differentiaalinen geeniekspressio (DEG)
● Toiminnallinen huomautus ja DEG:ien rikastus
● sRNA-analyysi: ennustus, huomautukset, kohteen ja toissijaisen rakenteen ennustaminen
● Transkriptiorakenneanalyysi: operonit, aloitus- ja loppukohdat, kääntämätön alue (UTS), promoottori ja SNP/InDel-analyysi
Sekvensoinnin kylläisyys
Koodaavien geenien toiminnallinen annotaatio
Näytteiden välinen korrelaatio
Differential Expressed Genes (DEGs) -analyysi
Toiminnallinen rikastusanalyysi
sRNA-merkintä
Tutustu BMKGenen Nanopore-täyspitkien mRNA-sekvensointipalvelujen edistämiin edistysaskeliin tässä julkaisussa.
Guan, CP et ai. (2018) "Biofilmiä muodostavan Staphylococcus epidermidiksen maailmanlaajuiset transkriptiomuutokset, jotka reagoivat Sophorea alopecuroidesin kokonaisalkaloideihin",Puolan mikrobiologian lehti, 67(2), s. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
