Proteomiikka
Ominaisuudet
●Kvalitatiivinen proteomiikka: Käyttää LC-MS/MS:ää proteiinikoostumuksen tunnistamiseen monimutkaisissa näytteissä (SDS-PAGE-geeliliuskat, IP, Co-IP, Pull-down). Edut: Ei näytemäärärajoitusta, nopea havaitseminen, yksinkertainen näytteenkäsittely, korkea suorituskyky ja kyky havaita vähäisiä proteiineja.
● Merkitsemätön kvantitatiivinen proteomiikka: Merkitsemätön teknologia yksittäisten näytteiden havaitsemiseen. Määrittää proteiinien määrän vertaamalla peptidisignaalien intensiteettejä massaspektrometriadatassa. Edut: Yksinkertainen käyttö, korkea suorituskyky (ei näytemäärän rajoitusta) ja laaja sovellettavuus (sopii "läsnäolo/poissaolo"-differentiaaliseen proteiinivertailuun eri lajien välillä).
● DIA-kvantitatiivinen proteomiikka: Käyttää datasta riippumatonta tiedonkeruutilaa (DIA), jossa kaikki ionit skannataan segmentoiduissa ikkunoissa täydellisen ionitiedon saamiseksi. Edut: Parempi toistettavuus, suurempi proteiinin peitto ja tarkempi kvantifiointi kuin DDA-tilassa (TMT/merkintävapaa), ihanteellinen suurten otosten tutkimuksiin.
● 4D-merkitsemätön kvantitatiivinen proteomiikka/4D-DIA kvantitatiivinen proteomiikka: Perustuu Brukerin timsTOF-massaspektrometriin, lisää ionien liikkuvuuden (törmäyspoikkileikkaus) perinteiseen 3D-erotteluun. Edut: Parannettu ionien hyödyntäminen ja tarkkuus, kattava parannus peittoalueella, herkkyydessä ja läpäisykyvyssä; suurempi tunnistussyvyys kuin perinteisessä 3D-menetelmässä.
● Astral Label Free Quantitative Proteomics/Astral DIA Quantitative Proteomics: Perustuu OrbitrapTM AstralTM -korkean resoluution massaspektrometriin. Edut: Suurempi läpäisykyky (yli 100 näytettä päivässä 8 minuutin gradientilla), laajempi peittoalue (yli 8 000 proteiinia havaittu HeLa-soluissa 8 minuutissa) ja suurempi herkkyys (vähemmän näytettä tarvitaan).
● TMT-kvantitatiivinen proteomiikka: Käyttää 18 isotooppimerkkiä peptidien leimaamiseen 18 näytteen samanaikaista havaitsemista varten. Edut: Korkea stabiilius (minimaalinen laitteen stabiiliushäiriö, pieni järjestelmävirhe) ja korkea herkkyys (fraktiointi vähentää näytteen monimutkaisuutta, mikä parantaa alhaisen proteiinipitoisuuden havaitsemista).
● PRM-kohdennettu proteomiikka: Tarkka kohdennettu teknologia kohdeproteiinien/peptidien selektiiviseen havaitsemiseen. Edut: Mahdollistaa suhteellisen/absoluuttisen kvantifioinnin ja kvantitatiivisten proteomiikkatulosten varmentamisen; ei vasta-ainerajoituksia, laajempi sovellettavuus kuin Western Blotilla ja ELISA:lla.
Edut
● Edistykselliset laitteet: Varusta sekä perinteisillä proteomiikka-alustoilla että edistyneillä syvämittausmassaspektrometreillä (esim. 4D, Astral).
● Vakaa havaitseminen: Tiukat laadunvalvontajärjestelmät varmistavat yhdenmukaiset ja vakaat testausprosessit.
● Luotettavat tulokset: Samanaikainen kvalitatiivinen ja kvantitatiivinen analyysi tuottaa kunkin ryhmän suhteellisen ilmentymisen, molekyylipainon, runsauden ja muita keskeisiä tietoja.
● Korkea automaatiotaso: Automaattiset LC-MS-järjestelmät mahdollistavat nopean analyysin ja erinomaisen erotuskyvyn.
Palvelun tekniset tiedot
| Kohdistamattomien proteomiikkatekniikoiden vertailu | ||||
| Merkitsemätön | DIA | TMT | ||
| Merkinnät | NO | NO | KYLLÄ | |
| Datan skannaustila | DDA | DDA | DIA | DDA |
| Toistettavuus | Alentaa | Korkea | Korkea | |
| Herkkyys | Alentaa | Korkea | Korkea | |
| Multipleksointi | NO | KYLLÄ | NO | KYLLÄ |
| Hakemus | Proteiinin läsnäolon/poissaolon vertailu | Laajamittaiset näytteet | Eri näyte-erien analysointi | Differentiaalisen proteiiniekspression vertailu samassa lajissa ja kudoksessa |
| Tarkkuus | ★ | ★★(4D/Astral DlA ★★★) | ★★ | |
| Havaintomäärä | ★ | ★★(4D/Astral D|A★★★) | ★★ | |
Näytteen vaatimukset
Mietitkö, täyttävätkö näytteesi kriteerimme? Klikkaa tästä saadaksesi lisätietoja.uusimmat näytevaatimukset.
Palvelun työnkulku
Näytekokoelma
Proteiinin uuttaminen
Entsymaattinen pilkkominen
Erottaminen
Tiedonkeruu
Data-analyysi
Tiedon toimitus
Laadullinen proteomiikka
1. Proteiiniliuos/geeli: kvalitatiivinen tulostaulukko
2. Tietokannan hakutulokset
2.1 Tietokantahaussa löydettyjen peptidisegmenttien luettelo
2.2 Tietokantahaussa löydettyjen proteiinien luettelo
2.3 Tietokannan haussa löydettyjen modifikaatioiden luettelo (fosforylaatio, ubikitinaatio jne.)
3. Raakadatan
Kvantitatiivinen proteomiikka(Etikettivapaa/DIA/TMT)
1. Tiedon esikäsittely
1.1 Proteiinitietokannan haku
2. Proteiinien ilmentymisen analyysi
2.1 Pääkomponenttianalyysi (PCA)
2.2 Suhteellinen keskihajonta (RSD)
2.3 K-keskiarvojen trendijakauma
2.4 Toistettavuuden arviointi
2.5 Proteiinien ilmentymisen lämpökartta
3. Toiminnallinen annotaatio
3.1 GO:n toiminnallinen annotaatio
3.2 KEGG:n toiminnallinen annotaatio
3.3 COG-funktionaalinen annotaatio
3.4 GOslimin toiminnallinen annotaatio
3.5 Pfam-proteiinin rakennedomeenin annotaatio
4. Proteiinien differentiaalianalyysi (biologiset toistot ≥ 3)
4.1 Proteiinien differentiaalianalyysin tulokset
4.2 Proteiinien differentiaalisten kertalukumuutosten (FC) jakauma
4.3 Proteiinimäärän eron tilastollinen analyysi
4.4 Differentiaalisen proteiinin tulivuorikuvaaja
4.5 Proteiinien erilaistumisen lämpökartta
4.6 Differentiaalisen proteiinin GO-funktionaalinen annotaatio ja rikastusanalyysi
4.7 Differentiaalisen proteiinin KEGG-funktionaalinen annotaatio ja rikastusanalyysi
4.8 Differentiaalisen proteiinin COG-funktionaalinen annotaatio
4.9 Differentiaalisen proteiinin GOslim-annotaatio ja rikastusanalyysi
4.10 Proteiinirakenteen domeeniannotaatio ja rikastusanalyysi
5. Proteiiniverkostojen vuorovaikutusanalyysi
6. Proteiinireaktomireitin annotaatio
7. Signaalipeptidin ennustaminen
8. Proteiinien subsellulaarinen lokalisaatio
Kvantitatiivinen proteomiikka(Liikuntarajoitteinen)
1. PRM-proteiinin kvantifioinnin tulokset
1.1 Yleiskatsaus kvantifiointituloksiin
1.2 Fragmentti-ionien piikkien pinta-alojen jakauma peptidisegmenteille
Kvantitatiivinen proteomiikka
1.Proteiinien ilmentymisanalyysi
↑Pääkomponenttianalyysi (PCA)↑Suhteellinen keskihajonta (RSD)
↑K-keskiarvot Trendijakauma ↑KorrelaatioAanalyysiPproteiiniEilmaisuLevelit
↑ Proteiinien ilmentymisen lämpökartta
2. Toiminnallinen annotaatio
↑GO-funktionaalinen annotaatio↑KEGG-funktionaalinen annotaatio
↑ COG-funktionaalinen annotaatio ↑ GOslim-funktionaalinen annotaatio
↑ Pfam-proteiinin rakennedomeenin annotaatio
3.Proteiiniverkoston vuorovaikutusanalyysi
↑ Proteiiniverkostojen vuorovaikutusanalyysi
4.Signaalipeptidin ennustaminen
↑ Signaalipeptidin ennustaminen
5. Proteiinien subsellulaarinen lokalisaatio
↑Proteiinien subsellulaarinen lokalisaatio
| 2025 | Mesenkymaalisista kantasoluista peräisin olevat apoptoosivesikkelit lievittävät yliherkkyysvasteita indusoimalla CD8+ T-solujen apoptoosia kalsiumin ylikuormituksella ja mitokondrioiden toimintahäiriöillä | Edistynyt tiede |
| 2024 | Integroitu multiomiikka osoittaa tehostettua kasvaimia torjuvaa tehoa | Translationaalinen onkologia |
| 2024 | Multi-omiikka-analyysi paljastaa aineenvaihduntareittien erityispiirteet, jotka tukevat Jättiläiskurpitsan hedelmän koko ja värivaihtelu | Int. J. Mol. Sci. |
| 2024 | Transkriptomi- ja metabolomiprofilointi tarjoaa uusia näkemyksiä lihasatrofiasta ilman käyttöä Kanassa: Nopeasti supistuvien lihaskuitujen mahdollinen rooli | Int. J. Mol. Sci. |
| 2023 | Multi-omiikka-analyysi paljastaa tetrasykliinin vaikutuksen raiheinän juuren kasvuun. | Vaarallisten aineiden lehti |
