-
Täyspitkä mRNA-sekvensointi - Nanopore
RNA-sekvensointi on ollut korvaamaton työkalu kattavaan transkriptianalyysiin.Epäilemättä perinteinen lyhyen lukujakson sekvensointi saavutti täällä monia tärkeitä kehityskulkuja.Siitä huolimatta se kohtaa usein rajoituksia täyspitkien isoformien tunnistamisessa, kvantifioinnissa ja PCR-harhassa.
Nanopore-sekvensointi erottuu muista sekvensointialustoista siinä, että nukleotidit luetaan suoraan ilman DNA-synteesiä ja se tuottaa pitkän lukutunnin kymmenillä kiloemäksillä.Tämä mahdollistaa suoran lukemisen täyspitkien transkriptien ylittämiseen ja isoformitason tutkimusten haasteisiin vastaamisen.
Alusta：Nanopore PromethION
Kirjasto:cDNA-PCR
-
De novo Täyspitkä transkriptiosekvenssi -PacBio
De novotäyspitkä transkriptiosekvenssi, joka tunnetaan myös nimelläDe novoIso-Seq hyödyntää PacBio-sekvensserin edut lukupituudessa, mikä mahdollistaa täyspitkien cDNA-molekyylien sekvensoinnin ilman katkoja.Tämä välttää täysin transkription kokoonpanovaiheissa syntyvät virheet ja muodostaa unigeeniset joukot isoformitason resoluutiolla.Nämä unigeeniset sarjat tarjoavat voimakasta geneettistä informaatiota "viitegenomina" transkriptitason tasolla.Lisäksi yhdistettynä seuraavan sukupolven sekvensointitietoihin tämä palvelu mahdollistaa isoformitason ilmaisun tarkan kvantifioinnin.
Alusta: PacBio Sequel IIKirjasto: SMRT-kellokirjasto -
Eukaryoottinen mRNA-sekvensointi - Illumina
mRNA-sekvensointi mahdollistaa kaikkien soluista transkriptoitujen mRNA:iden profiloinnin tietyissä olosuhteissa.Se on tehokas tekniikka geenien ilmentymisprofiilin, geenirakenteiden ja tiettyjen biologisten prosessien molekyylimekanismien paljastamiseen.Tähän mennessä mRNA-sekvensointia on käytetty laajasti perustutkimuksessa, kliinisessä diagnostiikassa, lääkekehityksessä jne.
Alusta: Illumina NovaSeq 6000
-
Ei-referenssipohjainen mRNA-sekvensointi-Illumina
mRNA-sekvensointi ottaa käyttöön seuraavan sukupolven sekvensointitekniikan (NGS) lähetti-RNA:n (mRNA) kaappaamiseksi eukaryootista tiettynä ajanjaksona, jolloin jotkin erityistoiminnot aktivoivat.Pisin silmukoitu transkriptio oli nimeltään "Unigene" ja sitä käytettiin vertailusekvenssinä myöhempään analyysiin, joka on tehokas tapa tutkia lajin molekyylimekanismia ja säätelyverkostoa ilman viittausta.
Transkriptiotietojen kokoamisen ja unigeenisen toiminnallisen huomautuksen jälkeen
(1) SNP-analyysi, SSR-analyysi, CDS-ennuste ja geenirakenne tehdään etukäteen.
(2) Jokaisen näytteen unigeeniekspression kvantifiointi suoritetaan.
(3) Erilaisesti ilmentyvät unigeenit näytteiden (tai ryhmien) välillä löydetään unigeenisen ilmentymisen perusteella
(4) Erilaisesti ilmentyneiden unigeenien klusterointi, toiminnallinen annotaatio ja rikastusanalyysi suoritetaan
-
Pitkä koodaamaton sekvensointi - Illumina
Pitkät ei-koodaavat RNA:t (lncRNA:t) ovat yli 200 nt:n pituisia RNA-molekyylejä, joille on ominaista erittäin alhainen koodauspotentiaali.LncRNA:ta, joka on avainjäsen ei-koodaavissa RNA:issa, löytyy pääasiassa ytimestä ja plasmasta.Sekvensointiteknologian ja bioinformtiikan kehitys mahdollistaa lukuisten uusien lncRNA:iden tunnistamisen ja niiden yhdistämisen biologisiin toimintoihin.Kertyvät todisteet viittaavat siihen, että lncRNA osallistuu laajalti epigeneettiseen säätelyyn, transkription säätelyyn ja transkription jälkeiseen säätelyyn.
-
Pieni RNA-sekvensointi - Illumina
Pieni RNA viittaa luokkaan ei-koodaavia RNA-molekyylejä, jotka ovat yleensä pituudeltaan alle 200 nt, mukaan lukien mikro-RNA (miRNA), pieni interferenssi-RNA (siRNA) ja piwi-interacting RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) on endogeenisten pienten RNA:iden luokka, jonka pituus on noin 20-24 nt ja jolla on useita tärkeitä säätelyrooleja soluissa.miRNA osallistuu moniin elämänprosesseihin, jotka paljastavat kudosspesifisen ja vaihespesifisen ilmentymisen ja ovat erittäin konservoituneita eri lajeissa.
-
sircRNA-sekvensointi - Illumina
Koko transkriptoimisekvensointi on suunniteltu profiloimaan kaikentyyppisiä RNA-molekyylejä, mukaan lukien koodaavat (mRNA) ja ei-koodaavat RNA:t (mukaan lukien lncRNA, circRNA ja miRNA), jotka tietyt solut transkriptoivat tiettynä aikana.Koko transkriptoimisekvensointi, joka tunnetaan myös nimellä "kokonais-RNA-sekvensointi", pyrkii paljastamaan kattavia säätelyverkostoja transkriptitasolla.NGS-teknologiaa hyödyntäen kokonaisten transkriptituotteiden sekvenssit ovat saatavilla ceRNA-analyysiä ja yhteistä RNA-analyysiä varten, mikä on ensimmäinen askel kohti toiminnallista karakterisointia.SircRNA-miRNA-mRNA-pohjaisen ceRNA:n säätelyverkoston paljastaminen.
-
Koko transkription sekvensointi – Illumina
Koko transkriptoimisekvensointi on suunniteltu profiloimaan kaikentyyppisiä RNA-molekyylejä, mukaan lukien koodaavat (mRNA) ja ei-koodaavat RNA:t (mukaan lukien lncRNA, circRNA ja miRNA), jotka tietyt solut transkriptoivat tiettynä aikana.Koko transkriptoimisekvensointi, joka tunnetaan myös nimellä "kokonais-RNA-sekvensointi", pyrkii paljastamaan kattavia säätelyverkostoja transkriptitasolla.NGS-teknologiaa hyödyntäen kokonaisten transkriptituotteiden sekvenssit ovat saatavilla ceRNA-analyysiä ja yhteistä RNA-analyysiä varten, mikä on ensimmäinen askel kohti toiminnallista karakterisointia.SircRNA-miRNA-mRNA-pohjaisen ceRNA:n säätelyverkoston paljastaminen.
-
Prokaryoottisen RNA:n sekvensointi
Prokaryoottinen RNA-sekvensointi käyttää seuraavan sukupolven sekvensointia (NGS) paljastamaan RNA:n läsnäolo ja määrä tietyllä hetkellä analysoimalla muuttuvaa solun transkriptiota.Yrityksemme prokaryoottinen RNA-sekvensointi tähtää erityisesti prokaryooteihin, joilla on referenssigenomeja. Se tarjoaa sinulle transkriptioprofiilin, geenirakenneanalyysin jne. Sitä on käytetty laajasti perustieteen tutkimuksessa, lääketutkimuksessa ja -kehityksessä ja muussa.
Alusta: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranskriptoimisekvensointi
Metatranskripti-sekvensointi tunnistaa mikrobien (sekä eukaryoottien että prokaryoottien) geenin ilmentymisen luonnollisissa ympäristöissä (esim. maaperässä, vedessä, meressä, ulosteessa ja suolistossa). Tarkemmin sanottuna tämä palvelu mahdollistaa monimutkaisten mikrobiyhteisöjen kokonaisen geeniekspression profiloinnin, taksonomisen analyysin. lajien, eri tavalla ilmentyneiden geenien toiminnallisen rikastusanalyysin ja paljon muuta.
Alusta: Illumina NovaSeq 6000
