Koko genomin bisulfiittisekvensointi (WGBS)
Tämä tekniikka, joka perustuu DNA:n bisulfiittikäsittelyyn metyloimattomien sytosiinien muuntamiseksi urasiiliksi (C U:ksi) samalla kun metyloidut sytosiinit pysyvät muuttumattomina, on kultaisena standardimenetelmänä DNA:n metylaation, erityisesti sytosiinin viidennen aseman (5-mC), joka on keskeinen geenien ilmentymisen ja soluaktiivisuuden säätelijä, perusteelliseen tutkimukseen.
Tämä tekniikka tarjoaa yhden emäksen erottelukyvyn, jonka avulla tutkijat voivat tutkia metylomia kattavasti ja paljastaa näytteiden poikkeavia metylaatiomalleja. Käyttämällä WGBS:ää tiedemiehet voivat saada vertaansa vailla olevaa tietoa genominlaajuisista metylaatiomaisemista, mikä tarjoaa vivahteikkaan ymmärryksen epigeneettisistä mekanismeista, jotka ovat erilaisten biologisten prosessien ja sairauksien taustalla.
Palvelun ominaisuudet
● Sekvensointi Illumina NovaSeq -laitteella.
● Vaatii referenssigenomin.
● Lambda-DNA:ta lisätään bisulfiittikonversion tehokkuuden seuraamiseksi.
Palvelun edut
●DNA-metylaatiotutkimuksen kultastandardiTällä kypsällä teknologialla on korkea tarkkuus ja hyvä toistettavuus.
●Laaja kattavuus ja yhden tukiaseman resoluutio:Metylaatiokohtien havaitseminen tapahtuu koko genomin tasolla.
●Täydellinen alusta:Tarjoamme kokonaisvaltaista palvelua näytteenkäsittelystä kirjastojen rakentamiseen ja sekvensointiin sekä bioinformatiikan analysointiin.
●Laaja asiantuntemusMeillä on laaja kirjo projekteja, jotka kattavat monenlaisia lajeja. BMKGENE tuo mukanaan yli kymmenen vuoden kokemuksen, erittäin ammattitaitoisen analyysitiimin, kattavan sisällön ja erinomaisen myynnin jälkeisen tuen.
●Mahdollisuus liittyä transkriptomiikka-analyysiinMahdollistaa WGBS:n integroidun analysoinnin muiden omiikkatietojen, kuten RNA-sekvensoinnin, kanssa.
Näytetiedot
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositeltu datalähtö | Laadunvalvonta |
| Bisulfiittikäsitelty | Illumina PE150 | 30-kertainen syvyys | Q30 ≥ 85 % Bisulfiittikonversio > 99 % |
Näytteen vaatimukset
| Pitoisuus (ng/µL) | Kokonaismäärä (ng) | Lisävaatimukset | |
| Genominen DNA | ≥ 1,25 | ≥ 100 | Rajoitettu hajoaminen tai saastuminen |
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
DNA:n eristäminen
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Tiedon toimitus
Palvelu sisältää seuraavat analyysit:
● Raakakokeennuksen laadunvalvonta;
● Kartoitus referenssigenomiin;
● 5 mC:n metyloitujen emästen havaitseminen;
● Metylaatiojakauman analyysi ja annotointi;
● Differentiaalisesti metyloituneiden alueiden (DMR) analyysi;
● DMR:iin liittyvien geenien toiminnallinen annotointi.
5 mC:n metylaation havaitseminen: metyloitujen kohtien tyypit
Metylaatiokartta. 5 mC:n metylaation genominlaajuinen jakauma
Erittäin metyloituneiden alueiden merkinnät
Differentiaalisesti metyloituneet alueet: assosioituneet geenit
Differentiaalisesti metyloituneet alueet: assosioituneiden geenien merkinnät (geeniontologia)
Tutustu BMKGenen koko genomin bisulfiittisekvensointipalveluiden mahdollistamiin tutkimuksen edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Fan, Y. ym. (2020) 'DNA:n metylaatioprofiilien analyysi lampaan luustolihasten kehityksen aikana käyttäen koko genomin bisulfiittisekvensointia',BMC Genomics, 21(1), s. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. ym. (2022) 'Uudet deoksiribonukleiinihapon metylaatiohäiriöt vinyylikloridille altistuneilla työntekijöillä',Toksikologia ja työterveys, 38(7), s. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. ym. (2020) 'Genomin metylaation, ei-koodaavien RNA:iden, mRNA:iden ja metaboliittien tasojen väliset suhteet kypsyvissä tomaateissa',Kasvilehti, 103(3), s. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
