10x Transcriptome spatial de Visium génomique
Caractéristiques
● Résolution : 100 µM
● Diamètre du spot : 55 µM
● Nombre de places : 4992
● Zone de capture : 6,5 x 6,5 mm
● Chaque spot à code-barres est chargé d'amorces composées de 4 sections :
- queue poly(dT) pour l'amorçage de l'ARNm et la synthèse de l'ADNc
- Identificateur moléculaire unique (UMI) pour corriger le biais d'amplification
- Code-barres spatial
- Séquence de liaison de l'amorce de séquençage à lecture partielle 1
● Coloration H&E des coupes
Avantages
●Un service de guichet unique: intègre toutes les étapes basées sur l'expérience et les compétences, y compris la cryosection, la coloration, l'optimisation des tissus, le codage à barres spatial, la préparation de bibliothèques, le séquençage et la bioinformatique.
● Équipe technique hautement qualifiée: avec une expérience dans plus de 250 types de tissus et plus de 100 espèces, dont l'homme, la souris, les mammifères, les poissons et les plantes.
●Mise à jour en temps réel sur l'ensemble du projet: avec un contrôle total des progrès expérimentaux.
●Bioinformatique standard complète :Le package comprend 29 analyses et plus de 100 chiffres de haute qualité.
●Analyse et visualisation de données personnalisées: disponible pour différentes demandes de recherche.
●Analyse conjointe facultative avec séquençage d’ARNm unicellulaire
Caractéristiques
| Exemples d'exigences | Bibliothèque | Stratégie de séquençage | Données recommandées | Contrôle de qualité |
| Échantillons cryo intégrés à l'OCT, échantillons FFPE (Diamètre optimal : environ 6x6x6 mm3) 3 blocs par échantillon | Bibliothèque d'ADNc 10X Visium | Illumina PE150 | 50 000 lectures PE par spot (60 Go) | RIN>7 |
Pour plus de détails sur les conseils de préparation des échantillons et le flux de travail du service, n'hésitez pas à parler à unExpert BMKGENE
Flux de travail des services
Au cours de la phase de préparation des échantillons, un premier essai d’extraction d’ARN en vrac est effectué pour garantir l’obtention d’un ARN de haute qualité.Au cours de l’étape d’optimisation des tissus, les coupes sont colorées et visualisées et les conditions de perméabilisation pour la libération de l’ARNm des tissus sont optimisées.Le protocole optimisé est ensuite appliqué lors de la construction de la bibliothèque, suivi du séquençage et de l’analyse des données.
Le flux de travail complet du service implique des mises à jour en temps réel et des confirmations des clients pour maintenir une boucle de rétroaction réactive, garantissant ainsi une exécution fluide du projet.
Comprend l’analyse suivante :
Contrôle de la qualité des données :
o Sortie des données et distribution des scores de qualité
o Détection de gènes par spot
o Couverture des tissus
Analyse de l'échantillon interne :
o Richesse génétique
o Regroupement ponctuel, y compris l'analyse de dimensions réduites
o Analyse d'expression différentielle entre clusters : identification de gènes marqueurs
o Annotation fonctionnelle et enrichissement de gènes marqueurs
Analyse inter-groupes
o Recombinaison des spots des deux échantillons (par exemple malades et contrôle) et re-cluster
o Identification des gènes marqueurs pour chaque cluster
o Annotation fonctionnelle et enrichissement de gènes marqueurs
o Expression différentielle d'un même cluster entre groupes
Analyse d'échantillon interne
Regroupement ponctuel
Identification des gènes marqueurs et distribution spatiale
Analyse inter-groupes
Combinaison de données des deux groupes et recluster
Gènes marqueurs de nouveaux clusters
Explorez les avancées facilitées par le service de transcriptomique spatiale de BMKGene par 10X Visium Dans ces publications vedettes :
Chen, D. et coll.(2023) «mthl1, un homologue potentiel de la drosophile des GPCR d'adhésion des mammifères, est impliqué dans les réactions antitumorales des cellules oncogènes injectées chez les mouches», Actes de l'Académie nationale des sciences des États-Unis d'Amérique, 120(30), p.e2303462120.est ce que je: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) « STEEL permet une délimitation à haute résolution des données transcriptomiques spatio-temporelles », Briefings in Bioinformatics, 24(2), pp. 1–10.est ce que je: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et coll.(2022) « Un atlas spatio-temporel de l'organogenèse dans le développement des fleurs d'orchidées », Nucleic Acids Research, 50(17), pp. 9724-9737.est ce que je: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) « L'intégration de la transcriptomique spatiale et du séquençage de l'ARN mononucléaire révèle les stratégies thérapeutiques potentielles pour le léiomyome utérin », International Journal of Biological Sciences, 19(8), pp.est ce que je: 10.7150/IJBS.83510.
