Des produits

Séquençage du circRNA-Illumina

Le séquençage circulaire d'ARN (circRNA-seq) consiste à profiler et analyser les ARN circulaires, une classe de molécules d'ARN qui forment des boucles fermées en raison d'événements d'épissage non canoniques, offrant à ces ARN une stabilité accrue.Alors qu’il a été démontré que certains circARN agissent comme des éponges de microARN, séquestrant les microARN et les empêchant de réguler leurs ARNm cibles, d’autres circARN peuvent interagir avec des protéines, moduler l’expression des gènes ou jouer un rôle dans les processus cellulaires.L'analyse de l'expression des circARN fournit des informations sur les rôles régulateurs de ces molécules et leur importance dans divers processus cellulaires, stades de développement et pathologies, contribuant ainsi à une compréhension plus approfondie de la complexité de la régulation de l'ARN dans le contexte de l'expression des gènes.

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Détails des services

Bioinformatique

Résultats de la démonstration

Publications en vedette

Caractéristiques

● Épuisement de l'ARNr suivi d'une préparation directionnelle de bibliothèques, permettant le séquençage de données spécifiques à un brin.

● Le flux de travail bioinformatique permet la prédiction et la quantification de l'expression des circARN

Avantages des services

●Bibliothèques d'ARN plus complètes :nous utilisons l'épuisement de l'ARNr au lieu de l'épuisement linéaire de l'ARN dans notre préparation en pré-bibliothèque, garantissant que les données de séquençage incluent non seulement l'ARNcirc mais également l'ARNm et l'ARNnc, permettant une analyse conjointe de ces ensembles de données

●Analyse facultative des réseaux compétitifs d’ARN endogènes (ceRNA): fournir des informations plus approfondies sur les mécanismes de régulation cellulaire

●Une expertise étendue: avec une expérience dans le traitement de plus de 20 000 échantillons chez BMK, couvrant divers types d'échantillons et des projets lncRNA, notre équipe apporte une richesse d'expérience à chaque projet.

●Contrôle qualité rigoureux: nous mettons en œuvre des points de contrôle de base à toutes les étapes, de la préparation des échantillons et des bibliothèques au séquençage et à la bioinformatique.Ce suivi méticuleux garantit la fourniture de résultats constants de haute qualité.

● Assistance après-vente: Notre engagement s'étend au-delà de la réalisation du projet avec une période de service après-vente de 3 mois.Pendant cette période, nous proposons un suivi de projet, une assistance au dépannage et des séances de questions-réponses pour répondre à toute question liée aux résultats.

Exigences et livraison des échantillons

Bibliothèque	Plate-forme	Données recommandées	CQ des données
Poly A enrichi	Illumina PE150	16-20 Go	Q30≥85 %

Exigences de l'échantillon :

Nucléotides :

Conc. (ng/μl)

Quantité (μg)

Pureté

Intégrité

≥ 100

≥ 0,5

DO260/280=1,7-2,5

DO260/230=0,5-2,5

Contamination limitée ou inexistante en protéines ou en ADN indiquée sur le gel.

Pour les plantes : RIN≥6,5 ;

Pour les animaux : RIN≥7,0 ;

5,0≥28S/18S≥1,0 ;

élévation de la ligne de base limitée ou inexistante

● Plantes :

Racine, tige ou pétale : 450 mg

Feuille ou graine : 300 mg

Fruits : 1,2 g

●Animal :

Coeur ou Intestin : 450 mg

Viscères ou Cerveau : 240 mg

Muscles : 600 mg

Os, cheveux ou peau : 1,5 g

● Arthropodes :

Insectes : 9g

Crustacés : 450 mg

● Sang total :2 tubes

● Cellules : 10⁶cellules

● Sérum et Plasma: 6 ml

Livraison d’échantillon recommandée

Récipient : tube à centrifuger de 2 ml (le papier d'aluminium n'est pas recommandé)

Étiquetage des échantillons : Groupe + répétition, par exemple A1, A2, A3 ;B1, B2, B3... ...

Expédition:

1. Glace sèche : Les échantillons doivent être emballés dans des sacs et enterrés dans de la neige carbonique.

2. Tubes RNAstable : les échantillons d'ARN peuvent être séchés dans un tube de stabilisation d'ARN (par exemple RNAstable®) et expédiés à température ambiante.

Flux de travail des services

Conception d'expériences

Livraison d'échantillon

Extraction d'ARN

Construction d'une bibliothèque

Séquençage

L'analyse des données

Services après-vente

Précédent: Séquençage du transcriptome entier – Illumina

Suivant: Séquençage de petits ARN-Illumina

Bioinformatique

Prédiction des circARN : distribution chromosomique

CirARN exprimés différentiellement – Graphique du volcan

CirARN exprimés différentiellement – regroupement hiérarchique

Enrichissement fonctionnel des gènes hôtes du circRNA

Explorez les progrès de la recherche facilités par les services de séquençage des circARN de BMKGene grâce à une collection organisée de publications.

Wang, X. et coll.(2021) « CPSF4 régule la formation de circARN et l'inactivation génique médiée par les microARN dans le carcinome hépatocellulaire », Oncogene 2021 40:25, 40(25), pp. 4338-4351.est ce que je: 10.1038/s41388-021-01867-6.

Xia, K. et coll.(2023) « Le transcriptome sensible à X oo révèle le rôle de l'ARN circulaire 133 dans la résistance aux maladies en régulant l'expression d'OsARAB dans le riz », Phytopathology Research, 5(1), pp.est ce que je: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.

Y, H. et coll.(2023) « CPSF3 module l'équilibre des transcriptions circulaires et linéaires dans le carcinome hépatocellulaire ».est ce que je: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.

Zhang, Y. et al.(2023) « Évaluation complète des circARN dans la cardiomyopathie cirrhotique avant et après une transplantation hépatique », International Immunopharmacology, 114, p.109495. est ce que je : 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.